Le NCIS escorte le chef des opérations navales, menacé de mort par un groupe de défenseurs des droits de l'homme. Au cours de cette mission, McGee abat un homme qui semblait le menacer, seulement aucune arme n'est retrouvée. L'homme abattu se révèle être un policier en mission d'infiltration. Alors que Jenny Shepard collabore avec la police pour déterminer s'il y a eu bavure, Gibbs et son équipe font leur possible pour prouver l'innocence de McGee...