Trois années se sont écoulées depuis la conclusion des aventures de Tai et de ses compagnons, mais le Digimonde se retrouve à nouveau plongé dans l'obscurité par celui qui s'autoproclame « Empereur » des Digimon. Heureusement, l’arrivée d’une nouvelle génération de héros, venus prêter main-forte à Agumon, suscite un regain d’espoir. Cependant, pour dissiper la tyrannie de ce despote, ils devront lever le voile sur son identité, afin de préserver le Digimonde de cette menace.