Le pilote de cargo Joe Henderson effectue ses livraisons de routine lorsqu'il s'écrase à San Perez, dans un pays d'Amérique centrale où vient d'avoir lieu un coup d'État. Capturé par le gouvernement, il est accusé d'espionnage et menacé de mort. Face à l'incapacité du gouvernement, MacGyver est envoyé là-bas pour le ramener sain et sauf aux États-Unis.