Mulder disparaît avec la disquette contenant des dossiers secrets du ministère de la Défense. Scully part à sa recherche et envisage de quitter le FBI lorsqu’elle découvre qu’on lui a implanté une puce dans le cou. Mulder est retrouvé dans le désert du Nouveau-Mexique, recueilli par des Navajos qui lui font subir un long rituel de guérison pour le ramener à la conscience.