Avec Scully et Skinner, désormais en possession de la disquette, Mulder traque l’assassin de son père. Ils rencontrent Victor Klemper, ancien collègue de son père, qui révèle l’opération presse-papier : les États-Unis protégeaient des criminels de guerre en échange de leur savoir scientifique. Guidés vers une mine remplie de dossiers et d’échantillons, ils lèvent un peu plus le voile sur ce projet secret.