Mulder et Scully protègent Smith, prêt à révéler la conspiration gouvernementale. Smith est doublement précieux car il possède le pouvoir de ramener les gens à la vie, et peut arracher la mère de Mulder du profond coma où elle est plongée. Poursuivis par un tueur quasi invisible, Mulder découvre des clones de Samantha dans une propriété…