Le vol 549 a disparu des écrans. À son bord, Max Fenig, un spécialiste des ovnis, qui a chargé sa sœur de prévenir Mulder et Scully en cas d'accident. Fenig détenait quelque chose que le gouvernement voulait à tout prix récupérer. Mulder et Scully se joignent aux équipes de recherche pour tenter de mettre la main sur les mystérieux secrets de Fenig. Sur le lieu du crash, les agents extraient des décombres un corps apparemment brûlé par de fortes radiations.