Mulder est convaincu que le vol 549 a été intercepté par un ovni. Sa théorie est loin de convaincre Mike Millar, le coordinateur des recherches, qui doit pourtant se rendre à l’évidence : les pièces de l’avion et les cadavres présentent de curieuses traces d’irradiation. Plus tard, Millar fait une étrange rencontre avec un vaisseau silencieux aux accélérations fulgurantes…