En Pennsylvanie, les autorités découvrent cinquante corps entièrement calcinés et des survivants hagards retrouvés dans les bois, dont Scully qui ne se souvient de rien. Mulder repère dans le cou des victimes des implants qu’il relie à un programme militaire secret. L'agent Spender, dont la mère, Cassandra, aurait été enlevée par une force mystérieuse, fait le point avec Mulder.