William, le fils de Scully, a été enlevé. N’ayant aucune confiance envers Skinner et Follmer, Scully mène sa propre enquête avec l’aide de Reyes et des bandits solitaires. Doggett, grièvement blessé à la tête, tombe dans le coma tandis que l’agent Robert Comer, sur lequel Scully a tiré, se trouve dans un état critique...