Mélanie, Coralie, Louise et Nicolas relèvent d'importants défis avec la construction d'un nouvel espace abyssal, le dressage des raies et des otaries, ainsi que des naissances de manchots dont la période de reproduction bat son plein. Ces bébés s'additionneront aux 58 000 animaux déjà présents.

Camille et Simon veillent sur la tortue nez de cochon, pendant que le vétérinaire Pierre-Marie examine une plie dont l’état de santé inquiète l’équipe. Toujours dans les profondeurs, Coralie partage sa fascination pour les méduses, créatures aussi délicates qu’énigmatiques. À l’approche de l’ouverture du nouvel espace consacré aux abysses, Louise se rend à Montpellier pour approfondir ses connaissances sur les mystérieuses chimères. La tortue Caouanne nécessite des soins urgents : pour l’aider, l’équipe doit rapidement identifier l’origine de son mal. Tous se mobilisent pour lui offrir les meilleures chances de rétablissement. Pendant ce temps, Pierre-Marie intervient auprès d’une raie violette. L’opération demande une grande prudence : l’animal est venimeux et doté d’un redoutable dard à la queue. Chez les otaries, Géraldine poursuit son travail de prévention, veillant à la santé et au bien-être de ses pensionnaires. Enfin, retour chez les manchots, où Coralie vérifie avec espoir l’apparition des tout premiers œufs.

Chez les manchots, c’est jour de contrôle vétérinaire. Tandis que Coralie se charge de les attraper un par un, Mathieu procède aux examens. Non loin de là, au grand bassin, Mélanie et Paul nourrissent à la main les raies aigles, sous le regard curieux des visiteurs. Une urgence mobilise Pierre-Marie et l’équipe vétérinaire : une raie pastenague violette a été blessée à l’aile et nécessite des soins immédiats. Dans la zone tropicale, Simon et Camille rendent visite à Patoche, le caïman, pour l’heure du repas. Pierre-Marie poursuit sa tournée médicale auprès d’un couple de raies guitares récemment arrivées de l’étranger, dans le cadre du suivi mensuel destiné à favoriser leur reproduction. Simon et Émilien prennent soin des hippocampes en s’assurant de leur confort et de leur environnement. Après trois semaines passées en réserve, les manchots retrouvent enfin leur enclos fraîchement rénové. Pendant ce temps, Jean-Luc et Marie quittent Nausicaá pour observer les phoques sauvages installés sur une plage de Boulogne-sur-Mer.

Mélanie et Céline s’occupent du repas d’une raie manta prénommée « Raie Charles ». Du côté de l’espace tropical, Camille procède au transfert d’un iguane vers son nouvel habitat. Pendant ce temps, Coralie et Constance initient un jeune manchot à l’autonomie alimentaire, tandis que le vétérinaire Pierre-Marie intervient pour soigner une femelle requin blessée à la nageoire. Direction Paris pour Mélanie et Marine, parties accueillir de nouvelles espèces en provenance du Japon, destinées à enrichir le tout nouvel espace dédié aux abysses. Au grand bassin, Pierre-Marie se prépare à réaliser une échographie sur une raie aigle. Chez les otaries, Speedy, le doyen du groupe, reçoit les soins de l’ostéopathe Caroline pour un problème au niveau de l’arrière-train. Enfin, après une course-poursuite animée, Coralie parvient à attraper le bébé manchot pour déterminer son sexe.