Dans la forêt vosgienne, la gendarmerie retrouve le corps sans vie d'une photographe et militante de la cause animale. Chargés de l’enquête, César Wagner et son équipe soupçonnent la communauté de chasseurs du meurtre de la jeune femme, engagée récemment dans la défense du lynx dans la région. Ce tragique évènement vient exacerber un conflit virulent entre chasseurs et militants écologistes, dans une région où la présence de réserves naturelles est un véritable enjeu politique.
La brigade est appelée sur une affaire particulièrement insolite : un doigt humain a été retrouvé dans une bouteille de bière de la marque « Wagner », fabriquée par une brasserie locale appartenant aux cousines de César. Le capitaine Wagner doit rapidement résoudre ce mystère qui risque d’enflammer la presse régionale et d’engendrer des représailles à l’encontre des brasseuses…
À son retour de vacances, Marie-France, 48 ans, a décidé de passer quelques jours chez son fils Antoine, 26 ans, sa belle-fille Léna et son petit-fils de deux ans Léon. Sa déception est grande quand Marie-France apprend qu'elle ne pourra voir ni Léon ni Léna parce qu'ils sont « restés en week-end ». Mais tout s'écroule quand Marie-France comprend qu'Antoine lui a menti et qu'en réalité Léon et Léna ont disparu…
Marie et Jérémy forment un jeune couple sans histoire... jusqu'au jour où Jérémy a un accident de voiture. Rien de grave, sauf que ce soir-là, Jérémy avait prétendu être en week-end avec des copains, or Marie le découvre à l'hôpital en compagnie d'une femme dont elle n'avait jamais entendu parler… Qui est cette femme ? Pourquoi Jérémy lui a-t-il menti ? S'agit-il d'un banal adultère ou de quelque chose de bien plus troublant ?
Lola est une jeune femme de 22 ans confrontée aux soupçons de violence conjugale pesant sur son père et qui ne se doute pas que la vérité est bien plus inavouable encore. Lorsqu'elle rentre en France après plusieurs années à l'étranger, elle a hâte de retrouver ses parents et son petit frère de 15 ans, Kevin. Mais un soir, alors que Lola est absente, la famille semble avoir été victime d'un cambriolage qui a mal tourné : Marie, la mère, aurait été violemment bousculée par les intrus avant d'être transportée d'urgence à l'hôpital...
Allison s'inquiète de voir son pire cauchemar - perdre sa famille, se réaliser. Pendant ce temps, une guerre des drogues fait rage au Mexique et le bureau du Procureur encourage Allison à collaborer avec un agent de la DEA, qui fait également partie de ses visions funestes.
Après trois mois passés dans le coma et l'ablation d'une tumeur, Allison retrouve peu à peu l'usage de son corps, mais ne fait plus de rêves prémonitoires. Difficile de reprendre son poste au bureau du Procureur mais, au contact de Devalos, ses visions reviennent. Joe, qui a quitté son travail pour s'occuper de sa femme, rencontre un chasseur de têtes qui l'oriente vers l'ingénierie écologique...
Après le décès d'une proche de Devalos, une adolescente exécutée par son amant, Allison remarque le comportement curieux de sa fille aînée. La médium soupçonne que l'esprit vengeur de la jeune femme ait investi le corps d'Ariel…
Quand son amie Rosemary décède soudainement à l'hôpital, Allison accuse un éminent médecin d'avoir commis une faute intentionnelle. Chez les Dubois, Bridgette écrit une histoire très proche de l'expérience que vit son père, en concurrence avec un certain Willem pour un entretien d'embauche...
Allison voit des symboles partout et ne sait comment les interpréter : est-ce la conséquence de sa récente opération du cerveau, ou du serial killer qui sévit soudainement à Phoenix ? De son côté, Joe est mitigé quant à son nouvel emploi...
L'équipe de l'Institut Jefferson tente d'élucider le meurtre d'un éminent chirurgien, qui fut aussi l'ex-fiancé du docteur Camilla Saroyan. Pour confondre le suspect, Sweets et Angela ont recours à l'hypnose pour détailler la mémoire d'un témoin...
Booth et Brennan enquêtent sur le meurtre d'une future mariée dont le corps a été retrouvé compacté dans une usine de recyclage. Au cours de l'investigation, ils croisent la fiancée du docteur Sweets, en plein essayage de robe de mariée et en compagnie d'un autre homme...
Booth et Brennan enquêtent dans le milieu musical du death metal pour trouver le meurtrier du bassiste d'un groupe américain, dont le squelette orne la scène d'un groupe norvégien. Après avoir achevé son livre sur son expérience aux côtés de Booth et Brennan, Sweets demande au docteur Gordon de préfacer l'ouvrage...
En se rendant à la veillée funèbre d'un médecin légiste de l'Institut Jefferson, Brennan remarque que le défunt n'est pas mort d'une crise cardiaque mais a été assassiné. En toute discrétion, l'équipe se met au défi de déterminer la cause du décès avant la mise en terre...
Ken, de la police de Tokyo, demande un service à son ami Booth : retrouver sa sœur Sachi, partie à New York et dont il est sans nouvelle depuis peu. Après avoir découvert la dépouille de la jeune femme, curieusement assassinée, Booth et Brennan mènent l'enquête avec leurs homologues japonais venus spécialement les rejoindre, Ken et le docteur Tanaka...
Suite au meurtre d'un étudiant, membre actif d'une fraternité, Booth et Brennan interrogent élèves et professeurs du campus. De son côté, Booth s'entête à trouver un nouvel emploi à son frère Jared qui préfère partir vivre en Inde...
Booth et l'équipe de l'Institut Jefferson doivent résoudre le meurtre d'un critique œnologique. Durant l'enquête, Brennan décide de concevoir un enfant et suggère à Booth d'en être le père biologique. Bouleversé par cette demande, Booth est victime d'hallucinations mettant alors en évidence un grave souci de santé...
Toujours plongé dans le coma, le subconscient de Booth lui fait entrevoir la vie dont il rêvait dans les bras de Brennan : tous deux gèrent en couple une boîte de nuit, où travaille l'équipe de l'Institut Jefferson. Jared et Camilla enquêtent sur un meurtre commis dans le club, menacé de fermeture et défendu par maître Caroline Julian...
La voyante d'Angela indique à Bones un charnier situé sous une fontaine publique. Remis de son opération, Booth est de retour au FBI et participe à l'enquête qui révèle les agissements d'une secte. Cependant, le coma a bouleversé l'agent qui souhaite éclaircir ses sentiments amoureux envers Bones…
Le coursier d'un diamantaire russe est assassiné et sa précieuse mallette dérobée par un agent de la CIA, lui-même exécuté peu de temps après. Booth doit retrouver le meurtrier et le mystérieux contenu avant que la CIA, impliquée dans l'affaire, ne confisque les preuves à l'Institut Jefferson. En parallèle, la publication du nouveau livre de Brennan cause quelques tensions avec Booth.
Chloé a été élevée dans un isolement total à la maison par sa mère. Depuis sa naissance, sa mère contrôle tout. Elle se déplace en fauteuil roulant et prend des médicaments tous les jours. Elle est scolarisée à la maison et ne sort pratiquement jamais de chez elle. Lentement, mais sûrement, Chloé va découvrir l'oppressante vérité, jusqu'à ce qu'il ne reste plus qu'une seule chose à faire : s'enfuir.