Baird est piégée dans un monde sans couleurs ni rêves, contrôlé par un organisme, "la compagnie". Pour sauver le monde, Baird doit à tout prix garder la bibliothèque en mémoire.
La famille Hendriks est rétrogradée quand le père, Pieter a falsifié les scores de ses filles. Exilé dans le monde extérieur d'Arcadia, il laisse sa femme et ses quatre filles privées de privilèges.
Tandis que Pieter tente de survivre dehors, la famille s’adapte à sa nouvelle vie modeste : Milly perd son rang, Hanna est rétrogradée à l’hôpital, Alex voit ses projets compromis, et Luz sombre sous la pression.
Alex découvre un enregistrement où sa mère admet qu’elle connaissait la fraude. Milly efface la preuve. Hanna rejoint la résistance, et Luz est arrêtée pour son comportement jugé déviant.
Milly part à la recherche de Pieter. Le score de sa mère dégringole. Simons, le régulateur, aide Luz de façon inattendue. Alex tente de resserrer les liens familiaux.
Hanna se retrouve en danger à cause de la résistance. Alex devient espionne pour le Vizir. Luz rencontre le père de Simons. Milly reçoit une nouvelle déstabilisante.
Le régulateur Simons tend un piège à Hanna, mais reçoit lui-même une grosse surprise. Pendant ce temps, Alex doit poursuivre sa mission si elle veut assurer la sécurité de sa mère.
Hanna met la famille en grand danger. Tout repose désormais sur Alex. Le régulateur Simons franchit une limite morale majeure.
Pour sauver Hanna, Alex trahit quelqu’un de proche. Milly quitte Arcadia pour dire adieu à Pieter. Luz et Simons se rapprochent. Pendant ce temps, le critique Harms découvre pourquoi les Infidèles ont gardé Cas Wessels en vie.
Après la découverte de la cité perdue d'Atlantis dans la galaxie de Pégase, le Dr Weir mandate une équipe de scientifiques émérites afin d'aller l'explorer. Mais la cité reposant au fond de l'océan et son bouclier menaçant de disparaître, ils doivent quitter les lieux. Quant au major Sheppard, il rencontre un peuple, mené par Teyla, et doit affronter de terrifiants ennemis : les Wraith.
Sheppard lance une mission de sauvetage pour délivrer ses compagnons captifs des Wraith sur une autre planète. S’il parvient à libérer les prisonniers, il doit abréger les souffrances du colonel Sumner car la reine des Wraith aspire son énergie vitale. Pensant éliminer les créatures, Sheppard tue la reine, ce qui provoque le réveil de tous les Wraith en hibernation…
Alors que les Athosiens ont été recueillis sur Atlantis, deux jeunes enfants jouent à cache-cache et libèrent accidentellement une entité énergivore qui menace la cité et ses habitants. Par ailleurs, McKay se porte volontaire pour tester la thérapie génique du Dr Beckett en s’inoculant le gène des Anciens afin d'utiliser leur technologie.
La première mission de Sheppard et Teyla se solde par un échec : pris à la gorge par un ectoparasite paralysant, Sheppard regagne en catastrophe la navette Jumper One. Alors que l'équipe voyage à travers la porte des étoiles, leur Jumper se coince dans le vortex, les piégeant entre deux mondes. Ils n’ont que 38 minutes avant que la porte ne se désactive…
Les missions d’exploration se soldant systématiquement par des attaques de Wraith, les voyages sont temporairement suspendus. Le Dr Weir soupçonne la présence d’un espion dans la cité et décide d'interroger les Athosiens. Après que McKay et Zelenka ouvrent le toit d'Atlantis, Sheppard part en reconnaissance et découvre un continent, sur lequel les Athosiens élisent domicile...
Alors que Sheppard et son équipe visitent une nouvelle planète, une source d’énergie les oblige à se poser, leurs appareils ne fonctionnant plus. Ils rencontrent alors les habitants, qui pratiquent un rituel strict interdisant de vivre au-delà de 24 ans pour dissuader les Wraith de venir les enlever...
L'équipe visite la planète des Hoffan, qui ont fabriqué en secret un sérum anti-Wraith. Mais le Dr Beckett estime que celui-ci n'est pas au point. Sheppard propose que Beckett les aide à le perfectionner...
Alors que les provisions d’Atlantis diminuent dangereusement, l’équipe est envoyée sur la planète des Genii, un peuple fermier paisible avec lequel Teyla a commercé par le passé. Préférant étrangement du C4 à des médicaments en contrepartie de leurs récoltes, Sheppard découvre l'existence d'un gigantesque réseau sous-terrain...
Quand le Dr McKay découvre un vortex permettant de revenir sur Terre via la porte des étoiles, certains membres de l'équipe en profitent pour rendre visite à leurs amis. Mais l'équipe et Sheppard s’interrogent sur certains phénomènes étranges et des anomalies qui viennent troubler leur perception.
Alors qu’une tempête cataclysmique menace Atlantis, Sheppard tente de négocier avec la planète Manaria pour pouvoir mettre ses habitants en lieu sûr. Tandis que McKay et Zelenka cherchent désespérément un moyen d’activer le bouclier de protection de la cité, les Genii profitent de la situation pour s'emparer d’Atlantis…
McKay, Weir et le personnel d'Atlantis sont faits prisonniers par une force d’assaut Genii, dirigée par le commandant Kolya. Tandis que Sheppard fait son possible pour leur venir en aide, Teyla, Ford et Carson sont toujours bloqués dans un Jumper sur le continent. Mais la tempête s'intensifie et McKay doit trouver un moyen d'alimenter les boucliers au plus vite.
Sheppard et McKay découvrent l’épave d’un vaisseau de ravitaillement wraith sur une planète ne présentant aucun signe de vie. Mais quand ils trouvent des milliers de corps humains chrysalidés entreposés, pouvant nourrir un bastion wraith sur des décennies, Sheppard pressent un danger imminent et donne l'ordre d'évacuer...
Après que Wagner et Johnson ont été retrouvés morts à la suite d’hallucinations, McKay et son équipe décident de placer la base sous quarantaine. La découverte d'un laboratoire, dans lequel des scientifiques auraient libéré un virus créé par les Anciens, oblige l’équipe à trouver un remède avant que ce dernier ne se propage davantage.
L'équipe est sauvée de justesse d’une attaque wraith par un mystérieux champ énergétique. Intrigués, ils suivent le phénomène jusqu'à la planète Proculis, où ils atterrissent. Après avoir découvert un monde humain immunisé contre les Wraith, Sheppard invite sa protectrice sur Atlantis pour la convaincre de partager ce refuge. Mais McKay doute de sa véritable identité…
L’équipe découvre une femme en état de stase depuis 10 000 ans. Mais à son réveil, il s’avère que l'Atlante congelée est le Dr Weir ! Suite à l'évacuation forcée d'Atlantis, elle se serait échappée en ignorant se trouver à bord d'une machine à voyager dans le temps, puis se serait réveillée cent siècles plus tôt. Ses révélations offrent des informations cruciales pour la survie d'Atlantis.
Sheppard, Ford et Teyla accompagnent McKay sur la planète Dagan, où les Anciens auraient caché le seul générateur d'énergie capable de restaurer le bouclier de protection d'Atlantis contre les Wraith. Malheureusement, les Genii sont également déterminés à s'emparer de cette source d'énergie.
Trois vaisseaux wraith font route vers Atlantis et tout semble perdu à moins que Sheppard et Teyla ne parviennent à récupérer la seule arme capable de sauver la cité sur une planète située sur le parcours de la flotte ennemie… McKay trouve un moyen pour envoyer un message de détresse destiné au SG-C sur Terre.
Teyla fait des cauchemars très réalistes au sujet des Wraith et consulte la psychologue d'Atlantis. Au cours d’une séance d’hypnose, elle se souvient que son peuple a subi des manipulations génétiques lors d’expériences menées par les Wraith. Après des analyses poussées, Beckett et Weir lui révèlent la véritable raison de ses troubles.
Une flotte wraith se rapproche d'Atlantis dans le but de rallier la Terre, planète d'abondance. McKay veut utiliser un satellite de défense des Anciens, qui aurait assez de puissance pour pulvériser l’ennemi. Sheppard apprend alors qu’un Wraith se dissimule dans la cité…
Le satellite a pulvérisé l’un des trois vaisseaux mais tout espoir est anéanti quand il est détruit. Mais le SG-C ayant reçu le message de détresse, un contingent militaire est envoyé depuis la Terre pour défendre Atlantis, avec à sa tête, le colonel Everett.
La cité d’Atlantis a survécu au premier assaut des Wraith, qui sont déjà en train de préparer la deuxième vague d’attaque. Par chance, l’équipage est sauvé par l’arrivée du Dédale qui téléporte l'E2PZ et le bouclier protecteur d'Atlantis est activé avec succès. Mais la bataille n'est pas terminée car d'autres vaisseaux Wraith sont en approche.
L'équipe d'Atlantis rend visite à la Terre via la Porte des étoiles. Durant le voyage de retour, le Dédale est attaqué par un virus informatique wraith qui prend progressivement les commandes du vaisseau…
Sheppard et son équipe recherchent le lieutenant Ford, qui s’est enfui après avoir été exposé à l’enzyme wraith, et s’est réfugié sur une planète au climat équatorial. Sur place, ils vont faire la rencontre d'un homme devenu la proie des Wraith.
Un téléporteur wraith transfère accidentellement la conscience du lieutenant Cadman dans la tête du Dr McKay, qui prend ensuite le contrôle de son corps à son insu. Pendant que Zelenka et l'équipe scientifique d'Atlantis font tout pour corriger la situation, Sheppard doit évaluer les capacités de Ronon et le convaincre de rejoindre son équipe.
En s'écrasant sur une planète laissée étonnamment indemne par les Wraith, l'équipe de Sheppard découvre une colonie pénitentiaire à proximité de la Porte de étoiles, où l'ennemi sélectionne ses prisonniers en toute quiétude.