Lorsqu'un drone percute la cité, l'expédition craint que les Réplicateurs ne les aient retrouvés. Puis une deuxième explosion survient dans le labo de McKay et l’équipe comprend que le drone contenait probablement des nanites et que les Asuran ont certainement recréé des doubles de leurs personnes…
Alors que la menace des Réplicateurs prend de l’ampleur, McKay découvre un moyen de les anéantir. L'équipe d'Atlantis est alors contrainte de faire équipe avec les Wraith pour combattre les Asuran et faire diversion. Les vaisseaux de Larrin se joignent à eux pour cet affrontement inédit.
L'équipe d'Atlantis découvre un complexe secret wraith permettant de comprendre comment ils sont parvenus à battre les Anciens : les Wraith y avaient créé toute une armée composée de milliers de clones. Ils constatent alors qu'une nouvelle armée est en construction...
En raison d’une anomalie atmosphérique due à une nouvelle planète, le système de confinement d’Atlantis s'enclenche automatiquement, faisant croire à une épidémie. Face à ces mesures de sécurité maximales, tous les habitants de la cité se retrouvent pris au piège, sans moyen de communication.
Lors d'une visite sur un monde avec lequel l'équipe de Sheppard avait précédemment créé un lien commercial, Sheppard et McKay doivent entreprendre un pèlerinage afin de protéger la future reine et l'avenir de leurs relations diplomatiques avec ce monde.
Sheppard, accompagné de Ronon, retourne sur Terre pour assister aux obsèques de son père. Sur place, il est contacté par Ava Dixon, une scientifique ayant travaillé à la création d’un Réplicateur à forme humaine, dans le cadre du projet « Archétype ». Ce dernier s’étant enfui, elle sollicite son aide pour le retrouver.
Lors d'une mission diplomatique sur une planète minière au sous-sol instable, McKay, Carter et le Dr Keller se retrouvent coincés dans une salle souterraine condamnée. L’heure est grave car celle-ci menace de s'effondrer à tout instant au fond d'un abysse…
À la demande du colonel Carter, Teal'c arrive sur Atlantis pour aider Ronon à préparer son entretien face à la Commission Internationale de Surveillance. Si les deux guerriers n’entretiennent pas de rapports amicaux, ils sont contraints de collaborer lorsque des Wraith prennent possession de la station spatiale Midway dans le but d'envahir la Terre...
Une mystérieuse épidémie balaie la galaxie de Pégase, frappant au hasard. Les recherches indiquent que la propagation ne suit pas une voie naturelle et provient d'une souche "améliorée" du médicament Hoffan. Parallèlement, Teyla est capturée par Michael tandis que l'équipe chargée de la secourir fait une rencontre inattendue.
Le Dr Beckett ramené par Sheppard se révèle, après les analyses du Dr Keller, être un clone issu des expériences menées par Michael. Possédant le raisonnement et les souvenirs de l'original, il serait malgré lui à l'origine de la nouvelle souche du médicament Hoffan. Beckett est cependant déterminé à mettre fin aux actions de Michael.
Sheppard retourne sur Atlantis après une mission et trouve la cité abandonnée et tous les systèmes éteints. À la place de l'océan, Atlantis se trouve entourée de dunes de sable à perte de vue. Au cours de son exploration, il trouve un hologramme du Dr McKay qui lui explique la situation.
Carter organise une mission de sauvetage pour secourir l'équipe de Sheppard, ensevelie sous les décombres de la base de Michael. Apprenant que sa base s'est auto-détruite, ce dernier se rend sur place avec un vaisseau-ruche et envoie ses hybrides pour capturer les survivants.
Le Dr Keller est victime d'une maladie contractée durant le sauvetage des survivants et qui menace progressivement toute la cité. Parallèlement, avec les informations collectées dans la base de Michael, le sérum dont Beckett avait besoin pour survivre est resynthétisé et ce dernier est libéré de sa stase.
En pleine mission, Ronon est capturé par un ancien membre de son peuple, puis livré aux Wraith. Il est alors torturé et, sous l'effet d'une enzyme, les Wraith lui font subir un lavage de cerveau afin d'en faire un de leurs adorateurs. Mais l'équipe de Sheppard va tout entreprendre pour le récupérer...
L'équipe de Sheppard enquête sur l'étrange apparition d'un vaisseau identique au Dédale, à la dérive et abandonné. Une fois à son bord, un pic d'énergie inexpliqué survient et Rodney constate que la cité d'Atlantis a disparu, alors que le vaisseau semble être resté immobile…
À la suite de la découverte de la porte des étoiles d'Atlantis en Antarctique, une délégation de scientifiques et de militaires part explorer cette cité mythique située dans la galaxie de Pégase. Mais très vite, le major Sheppard et son équipe vont être confrontés à un nouvel ennemi redoutable : les Wraith.
McKay souffre d'une version pégasienne du virus Alzheimer et perd très rapidement la mémoire. Son état a été diagnostiqué trop tardivement pour le soigner mais Ronon pourrait trouver un moyen de le sauver…
Sheppard et le Dr Beckett rejoignent une équipe d'exploration composée uniquement de femmes, qui enquêtent sur l'un des laboratoires wraith ayant appartenu à Michael.
Keller a mis au point une thérapie génique permettant aux Wraith de ne plus se nourrir d'humains. Afin de répandre le rétrovirus, Todd demande à Teyla de se faire passer pour une reine Wraith et convaincre la reine-mère de son alliance...
L’équipe de Sheppard vient en aide à un village menacé par l’arrivée de vaisseaux wraith. Mais lorsque le Dr Keller est soudainement kidnappée par un Coureur, ils doivent lui porter secours tout en menant à bien la mission initiale.
Daniel Jackson revient sur Atlantis pour faire des recherches sur Janus, un scientifique Ancien qui aurait dissimulé un laboratoire dans la cité d'Atlantis où il aurait créé une arme capable de détruire les Wraith. Mais quand Jackson et McKay trouvent le laboratoire, une race extraterrestre les enlève et les obligent à réactiver un dispositif qui perturbe les voyages hyperspatiaux des Wraith…
Toujours captifs, McKay et Jackson découvrent l'identité de leur geôlier. Pendant ce temps, Todd détourne le Dédale pour détruire le dispositif responsable de la destruction de plusieurs vaisseaux wraiths dans la galaxie.
L'équipe part négocier avec une coalition de peuples humains de la galaxie de Pégase. En vérité, ce n'était qu'un prétexte pour attirer les terriens pour les juger. Ils sont notamment accusés d'avoir "créé" Michael et doivent s'expliquer sur la drogue Hoffan qui a fait des ravages sur de nombreux mondes. Woolsey se rend sur place pour assurer leur défense…
Lorsqu’un groupe de survivants à la drogue Hoffan, appartenant au peuple Balaran, s’installe sur une nouvelle planète grâce à l’équipe d’Atlantis, ces derniers doivent convaincre les habitants de la planète de ne pas mettre à mort les nouveaux venus.
Michael et ses hybrides parviennent à s'emparer de la salle de contrôle d'Atlantis, après avoir activé un champ de protection empêchant quiconque d'atteindre la Porte des étoiles. Ils menacent l’équipe de déclencher l'autodestruction de la cité si elle ne leur livre pas l'enfant de Teyla.
Alors que Sheppard a été enlevé et que Woolsey rencontre la mystérieuse Vanessa Conrad, l'expédition fait une découverte surprenante sur la nature d'une ancienne race ayant vécu dans la galaxie de Pégase. Par ailleurs, une représentante de la Commission Internationale de Surveillance arrive sur Atlantis et annonce à Woolsey qu'elle doit lui succéder…
McKay est invité à une importante présentation scientifique, menée par un ancien rival. Il se rend sur Terre accompagné du Dr Keller qu'il fait passer pour sa compagne, mais la démonstration va réserver des sueurs froides à tous les invités.
Le vaisseau-ruche de Todd apparait près d'Atlantis et demande de l'aide car la génothérapie du Dr Keller ne se déroule pas comme prévu : le virus de Keller a contaminé le vaisseau-ruche et est en train de le détruire de l'intérieur.
Une criminelle recherchée par la Coalition des Planètes se retrouve dans le corps du Dr Keller et poignarde Zelenka qui s’apprêtait à la dénoncer. L'équipe de Sheppard s'aperçoit que le Dr Keller n'est pas elle-même lorsqu'elle menace Rodney avec une arme et qu’elle tente de s’enfuir à bord d’un Jumper…
Dans une dimension parallèle, un mystérieux tueur en série opère à Las Vegas. Ce dernier a recours à une technique inconnue, drainant ses victimes de leurs forces vitales. L'enquête est confiée à l'inspecteur de police local, John Sheppard…
Todd contacte Atlantis pour alerter l’équipe de Sheppard qu'un de ses lieutenants wraith a réussi à obtenir plusieurs E2PZ pour alimenter un nouveau vaisseau-ruche surpuissant. Alors qu’il presse Woolsey d'attaquer au plus vite le vaisseau avant qu'il ne devienne une sérieuse menace, ce dernier disparaît dans l’hyperespace…
Fan de jeux vidéo, le jeune Eli Wallace a, sans le savoir, résolu une énigme mathématique ancestrale. Il est aussitôt recruté par le docteur Nicholas Rush pour collaborer au projet top secret " Porte des étoiles " et téléporté sur la base Icare.
Les survivants, civils, scientifiques et militaires, ont atterri sur un vaisseau Ancien, le Destinée, perdu à des millions d'années-lumière de la Terre. Le colonel Young, grièvement blessé, transmet le commandement du vaisseau au lieutenant Matthew Scott.
Après avoir accosté sur une planète inconnue et viable, une équipe part en explorer la surface à la recherche de minéraux capables de régénérer le système vital du Destinée, où l'air commence à manquer...
Le docteur Rush a travaillé toute la nuit pour trouver l'origine de l'épuisement de l'énergie du Destinée. Il prévient le colonel Young qu'il n'a pas trouvé la cause et que leurs jours sont comptés.