L'équipe de Sheppard enquête sur l'étrange apparition d'un vaisseau identique au Dédale, à la dérive et abandonné. Une fois à son bord, un pic d'énergie inexpliqué survient et Rodney constate que la cité d'Atlantis a disparu, alors que le vaisseau semble être resté immobile…
À la suite de la découverte de la porte des étoiles d'Atlantis en Antarctique, une délégation de scientifiques et de militaires part explorer cette cité mythique située dans la galaxie de Pégase. Mais très vite, le major Sheppard et son équipe vont être confrontés à un nouvel ennemi redoutable : les Wraith.
McKay souffre d'une version pégasienne du virus Alzheimer et perd très rapidement la mémoire. Son état a été diagnostiqué trop tardivement pour le soigner mais Ronon pourrait trouver un moyen de le sauver…
Sheppard et le Dr Beckett rejoignent une équipe d'exploration composée uniquement de femmes, qui enquêtent sur l'un des laboratoires wraith ayant appartenu à Michael.
Keller a mis au point une thérapie génique permettant aux Wraith de ne plus se nourrir d'humains. Afin de répandre le rétrovirus, Todd demande à Teyla de se faire passer pour une reine Wraith et convaincre la reine-mère de son alliance...
L’équipe de Sheppard vient en aide à un village menacé par l’arrivée de vaisseaux wraith. Mais lorsque le Dr Keller est soudainement kidnappée par un Coureur, ils doivent lui porter secours tout en menant à bien la mission initiale.
Daniel Jackson revient sur Atlantis pour faire des recherches sur Janus, un scientifique Ancien qui aurait dissimulé un laboratoire dans la cité d'Atlantis où il aurait créé une arme capable de détruire les Wraith. Mais quand Jackson et McKay trouvent le laboratoire, une race extraterrestre les enlève et les obligent à réactiver un dispositif qui perturbe les voyages hyperspatiaux des Wraith…
Toujours captifs, McKay et Jackson découvrent l'identité de leur geôlier. Pendant ce temps, Todd détourne le Dédale pour détruire le dispositif responsable de la destruction de plusieurs vaisseaux wraiths dans la galaxie.
L'équipe part négocier avec une coalition de peuples humains de la galaxie de Pégase. En vérité, ce n'était qu'un prétexte pour attirer les terriens pour les juger. Ils sont notamment accusés d'avoir "créé" Michael et doivent s'expliquer sur la drogue Hoffan qui a fait des ravages sur de nombreux mondes. Woolsey se rend sur place pour assurer leur défense…
Lorsqu’un groupe de survivants à la drogue Hoffan, appartenant au peuple Balaran, s’installe sur une nouvelle planète grâce à l’équipe d’Atlantis, ces derniers doivent convaincre les habitants de la planète de ne pas mettre à mort les nouveaux venus.
Michael et ses hybrides parviennent à s'emparer de la salle de contrôle d'Atlantis, après avoir activé un champ de protection empêchant quiconque d'atteindre la Porte des étoiles. Ils menacent l’équipe de déclencher l'autodestruction de la cité si elle ne leur livre pas l'enfant de Teyla.
Alors que Sheppard a été enlevé et que Woolsey rencontre la mystérieuse Vanessa Conrad, l'expédition fait une découverte surprenante sur la nature d'une ancienne race ayant vécu dans la galaxie de Pégase. Par ailleurs, une représentante de la Commission Internationale de Surveillance arrive sur Atlantis et annonce à Woolsey qu'elle doit lui succéder…
McKay est invité à une importante présentation scientifique, menée par un ancien rival. Il se rend sur Terre accompagné du Dr Keller qu'il fait passer pour sa compagne, mais la démonstration va réserver des sueurs froides à tous les invités.
Le vaisseau-ruche de Todd apparait près d'Atlantis et demande de l'aide car la génothérapie du Dr Keller ne se déroule pas comme prévu : le virus de Keller a contaminé le vaisseau-ruche et est en train de le détruire de l'intérieur.
Une criminelle recherchée par la Coalition des Planètes se retrouve dans le corps du Dr Keller et poignarde Zelenka qui s’apprêtait à la dénoncer. L'équipe de Sheppard s'aperçoit que le Dr Keller n'est pas elle-même lorsqu'elle menace Rodney avec une arme et qu’elle tente de s’enfuir à bord d’un Jumper…
Dans une dimension parallèle, un mystérieux tueur en série opère à Las Vegas. Ce dernier a recours à une technique inconnue, drainant ses victimes de leurs forces vitales. L'enquête est confiée à l'inspecteur de police local, John Sheppard…
Todd contacte Atlantis pour alerter l’équipe de Sheppard qu'un de ses lieutenants wraith a réussi à obtenir plusieurs E2PZ pour alimenter un nouveau vaisseau-ruche surpuissant. Alors qu’il presse Woolsey d'attaquer au plus vite le vaisseau avant qu'il ne devienne une sérieuse menace, ce dernier disparaît dans l’hyperespace…
Perdu en banlieue parisienne, en pleine nuit et sous une pluie torrentielle, Yann Voline, médecin urgentiste, cherche son chemin. Son véhicule heurte quelque chose. Ce n’est pas quelque chose, c’est quelqu’un.
La jeune inconnue n’a aucun souvenir personnel. En revanche, elle sait tout de Yann. Elle a absorbé la mémoire du médecin comme si c’était la sienne.
On découvre dans le sang de la jeune femme amnésique une bactérie inconnue dont on ignore les propriétés. Martin, le laborantin, est contaminé et s’enfuit. Un homme étrange se présente à l’hôpital. Il prétend être le père de la jeune inconnue…
Le prétendu père de l’inconnue est porteur de la moisissure toxique d’une plante disparue depuis 4 000 ans. Il a saccagé le laboratoire avant d’être neutralisé. Les experts de l’OMS ont investi l’hôpital.
Yann et la jeune femme amnésique partent à la recherche d’une lycéenne disparue depuis six ans. Elle va la retrouver dans un état pathétique : droguée, malade, intransportable. Seule une transfusion immédiate peut la sauver.
La jeune femme amnésique a disparu. Yann la cherche comme un fou. Pendant ce temps, la lycéenne a été transportée à l’hôpital, dans un coma profond. Les analyses de sang montrent qu’elle est hélas condamnée par un virus mortel.
Au royaume de Camelot, Merlin, jeune adolescent, fait la connaissance du prince Arthur. Ses pouvoirs magiques le conduisent à protéger le futur roi pour lui permettre d'accomplir sa destinée. Mais nous sommes à une époque où la terreur règne et où l'utilisation de la magie est passible de peine de mort...
Au royaume de Camelot, Merlin, jeune adolescent, fait la connaissance du prince Arthur. Ses pouvoirs magiques le conduisent à protéger le futur roi pour lui permettre d'accomplir sa destinée. Mais nous sommes à une époque où la terreur règne et où l'utilisation de la magie est passible de peine de mort...
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