L'équipe de Sheppard enquête sur l'étrange apparition d'un vaisseau identique au Dédale, à la dérive et abandonné. Une fois à son bord, un pic d'énergie inexpliqué survient et Rodney constate que la cité d'Atlantis a disparu, alors que le vaisseau semble être resté immobile…
À la suite de la découverte de la porte des étoiles d'Atlantis en Antarctique, une délégation de scientifiques et de militaires part explorer cette cité mythique située dans la galaxie de Pégase. Mais très vite, le major Sheppard et son équipe vont être confrontés à un nouvel ennemi redoutable : les Wraith.
McKay souffre d'une version pégasienne du virus Alzheimer et perd très rapidement la mémoire. Son état a été diagnostiqué trop tardivement pour le soigner mais Ronon pourrait trouver un moyen de le sauver…
Sheppard et le Dr Beckett rejoignent une équipe d'exploration composée uniquement de femmes, qui enquêtent sur l'un des laboratoires wraith ayant appartenu à Michael.
Keller a mis au point une thérapie génique permettant aux Wraith de ne plus se nourrir d'humains. Afin de répandre le rétrovirus, Todd demande à Teyla de se faire passer pour une reine Wraith et convaincre la reine-mère de son alliance...
L’équipe de Sheppard vient en aide à un village menacé par l’arrivée de vaisseaux wraith. Mais lorsque le Dr Keller est soudainement kidnappée par un Coureur, ils doivent lui porter secours tout en menant à bien la mission initiale.
Daniel Jackson revient sur Atlantis pour faire des recherches sur Janus, un scientifique Ancien qui aurait dissimulé un laboratoire dans la cité d'Atlantis où il aurait créé une arme capable de détruire les Wraith. Mais quand Jackson et McKay trouvent le laboratoire, une race extraterrestre les enlève et les obligent à réactiver un dispositif qui perturbe les voyages hyperspatiaux des Wraith…
Toujours captifs, McKay et Jackson découvrent l'identité de leur geôlier. Pendant ce temps, Todd détourne le Dédale pour détruire le dispositif responsable de la destruction de plusieurs vaisseaux wraiths dans la galaxie.
L'équipe part négocier avec une coalition de peuples humains de la galaxie de Pégase. En vérité, ce n'était qu'un prétexte pour attirer les terriens pour les juger. Ils sont notamment accusés d'avoir "créé" Michael et doivent s'expliquer sur la drogue Hoffan qui a fait des ravages sur de nombreux mondes. Woolsey se rend sur place pour assurer leur défense…
Lorsqu’un groupe de survivants à la drogue Hoffan, appartenant au peuple Balaran, s’installe sur une nouvelle planète grâce à l’équipe d’Atlantis, ces derniers doivent convaincre les habitants de la planète de ne pas mettre à mort les nouveaux venus.
Michael et ses hybrides parviennent à s'emparer de la salle de contrôle d'Atlantis, après avoir activé un champ de protection empêchant quiconque d'atteindre la Porte des étoiles. Ils menacent l’équipe de déclencher l'autodestruction de la cité si elle ne leur livre pas l'enfant de Teyla.
Alors que Sheppard a été enlevé et que Woolsey rencontre la mystérieuse Vanessa Conrad, l'expédition fait une découverte surprenante sur la nature d'une ancienne race ayant vécu dans la galaxie de Pégase. Par ailleurs, une représentante de la Commission Internationale de Surveillance arrive sur Atlantis et annonce à Woolsey qu'elle doit lui succéder…
McKay est invité à une importante présentation scientifique, menée par un ancien rival. Il se rend sur Terre accompagné du Dr Keller qu'il fait passer pour sa compagne, mais la démonstration va réserver des sueurs froides à tous les invités.
Le vaisseau-ruche de Todd apparait près d'Atlantis et demande de l'aide car la génothérapie du Dr Keller ne se déroule pas comme prévu : le virus de Keller a contaminé le vaisseau-ruche et est en train de le détruire de l'intérieur.
Une criminelle recherchée par la Coalition des Planètes se retrouve dans le corps du Dr Keller et poignarde Zelenka qui s’apprêtait à la dénoncer. L'équipe de Sheppard s'aperçoit que le Dr Keller n'est pas elle-même lorsqu'elle menace Rodney avec une arme et qu’elle tente de s’enfuir à bord d’un Jumper…
Dans une dimension parallèle, un mystérieux tueur en série opère à Las Vegas. Ce dernier a recours à une technique inconnue, drainant ses victimes de leurs forces vitales. L'enquête est confiée à l'inspecteur de police local, John Sheppard…
Todd contacte Atlantis pour alerter l’équipe de Sheppard qu'un de ses lieutenants wraith a réussi à obtenir plusieurs E2PZ pour alimenter un nouveau vaisseau-ruche surpuissant. Alors qu’il presse Woolsey d'attaquer au plus vite le vaisseau avant qu'il ne devienne une sérieuse menace, ce dernier disparaît dans l’hyperespace…
Perdu en banlieue parisienne, en pleine nuit et sous une pluie torrentielle, Yann Voline, médecin urgentiste, cherche son chemin. Son véhicule heurte quelque chose. Ce n’est pas quelque chose, c’est quelqu’un.
La jeune inconnue n’a aucun souvenir personnel. En revanche, elle sait tout de Yann. Elle a absorbé la mémoire du médecin comme si c’était la sienne.
On découvre dans le sang de la jeune femme amnésique une bactérie inconnue dont on ignore les propriétés. Martin, le laborantin, est contaminé et s’enfuit. Un homme étrange se présente à l’hôpital. Il prétend être le père de la jeune inconnue…
Le prétendu père de l’inconnue est porteur de la moisissure toxique d’une plante disparue depuis 4 000 ans. Il a saccagé le laboratoire avant d’être neutralisé. Les experts de l’OMS ont investi l’hôpital.
Yann et la jeune femme amnésique partent à la recherche d’une lycéenne disparue depuis six ans. Elle va la retrouver dans un état pathétique : droguée, malade, intransportable. Seule une transfusion immédiate peut la sauver.
La jeune femme amnésique a disparu. Yann la cherche comme un fou. Pendant ce temps, la lycéenne a été transportée à l’hôpital, dans un coma profond. Les analyses de sang montrent qu’elle est hélas condamnée par un virus mortel.
Après la découverte de la cité perdue d'Atlantis dans la galaxie de Pégase, le Dr Weir mandate une équipe de scientifiques émérites afin d'aller l'explorer. Mais la cité reposant au fond de l'océan et son bouclier menaçant de disparaître, ils doivent quitter les lieux. Quant au major Sheppard, il rencontre un peuple, mené par Teyla, et doit affronter de terrifiants ennemis : les Wraith.
Sheppard lance une mission de sauvetage pour délivrer ses compagnons captifs des Wraith sur une autre planète. S’il parvient à libérer les prisonniers, il doit abréger les souffrances du colonel Sumner car la reine des Wraith aspire son énergie vitale. Pensant éliminer les créatures, Sheppard tue la reine, ce qui provoque le réveil de tous les Wraith en hibernation…
Alors que les Athosiens ont été recueillis sur Atlantis, deux jeunes enfants jouent à cache-cache et libèrent accidentellement une entité énergivore qui menace la cité et ses habitants. Par ailleurs, McKay se porte volontaire pour tester la thérapie génique du Dr Beckett en s’inoculant le gène des Anciens afin d'utiliser leur technologie.
La première mission de Sheppard et Teyla se solde par un échec : pris à la gorge par un ectoparasite paralysant, Sheppard regagne en catastrophe la navette Jumper One. Alors que l'équipe voyage à travers la porte des étoiles, leur Jumper se coince dans le vortex, les piégeant entre deux mondes. Ils n’ont que 38 minutes avant que la porte ne se désactive…
Les missions d’exploration se soldant systématiquement par des attaques de Wraith, les voyages sont temporairement suspendus. Le Dr Weir soupçonne la présence d’un espion dans la cité et décide d'interroger les Athosiens. Après que McKay et Zelenka ouvrent le toit d'Atlantis, Sheppard part en reconnaissance et découvre un continent, sur lequel les Athosiens élisent domicile...
Alors que Sheppard et son équipe visitent une nouvelle planète, une source d’énergie les oblige à se poser, leurs appareils ne fonctionnant plus. Ils rencontrent alors les habitants, qui pratiquent un rituel strict interdisant de vivre au-delà de 24 ans pour dissuader les Wraith de venir les enlever...
L'équipe visite la planète des Hoffan, qui ont fabriqué en secret un sérum anti-Wraith. Mais le Dr Beckett estime que celui-ci n'est pas au point. Sheppard propose que Beckett les aide à le perfectionner...
Alors que les provisions d’Atlantis diminuent dangereusement, l’équipe est envoyée sur la planète des Genii, un peuple fermier paisible avec lequel Teyla a commercé par le passé. Préférant étrangement du C4 à des médicaments en contrepartie de leurs récoltes, Sheppard découvre l'existence d'un gigantesque réseau sous-terrain...
Quand le Dr McKay découvre un vortex permettant de revenir sur Terre via la porte des étoiles, certains membres de l'équipe en profitent pour rendre visite à leurs amis. Mais l'équipe et Sheppard s’interrogent sur certains phénomènes étranges et des anomalies qui viennent troubler leur perception.
Alors qu’une tempête cataclysmique menace Atlantis, Sheppard tente de négocier avec la planète Manaria pour pouvoir mettre ses habitants en lieu sûr. Tandis que McKay et Zelenka cherchent désespérément un moyen d’activer le bouclier de protection de la cité, les Genii profitent de la situation pour s'emparer d’Atlantis…