En s'écrasant sur une planète laissée étonnamment indemne par les Wraith, l'équipe de Sheppard découvre une colonie pénitentiaire à proximité de la Porte de étoiles, où l'ennemi sélectionne ses prisonniers en toute quiétude.
Un avant-poste de l'armée des Anciens est découvert dans un cimetière de vaisseaux wraith, avec à bord la plus puissante source d'énergie jamais égalée. Son activation est un échec mais McKay s'obstine à l’utiliser en prenant de grands risques.
Dans un monde non répertorié, l'équipe découvre une jeune Wraith, Ellia, qui a été élevée en secret par un villageois comme une humaine. Alors que le Dr Beckett travaille sur un rétrovirus destiné à la débarrasser de son ADN wraith, Ellia s'injecte ce dernier bien avant qu'il ne soit finalisé…
À la suite de son affrontement avec Ellia, Sheppard est contaminé par le rétrovirus du Dr Beckett et commence à développer un processus de transformation en Wraith. Malheureusement, ces évolutions vont rapidement dégénérer et une course contre la montre s'engage pour soigner Sheppard.
L'équipe découvre l'Aurore, un vaisseau de guerre des Anciens dérivant à la limite de la galaxie, dont l'équipage est maintenu en vie dans des caissons de stase. Alors que Teyla et Ronon découvrent un Wraith dans l’un des modules, ils comprennent vite que l’ennemi a prévu d'utiliser les informations contenues dans les systèmes de l'Aurore pour rejoindre la Terre...
L'équipe de Sheppard est capturée par un groupe dont le chef n'est autre que le lieutenant Ford, qui veut leur prouver que l'enzyme wraith peut être un atout dans la lutte contre l’ennemi. En administrant une dose à Teyla et Ronon à leur insu...
Le groupe d'assaut mené par Ford et Sheppard est capturé et emmené à bord d’un vaisseau-ruche où Sheppard est interrogé par la reine, qui veut savoir comment il a réussi à s’infiltrer. Tandis que Teyla et Ronon commencent à sentir le manque d'enzyme, McKay tente de se libérer pour prévenir Atlantis.
Sur une nouvelle planète inexplorée, Sheppard traverse une Porte des étoiles menant à une caverne et se retrouve prisonnier d'un monde parallèle, où le temps passe plus rapidement. L'équipe et le Dr McKay doivent tout mettre en œuvre pour le récupérer avant qu'il ne meure de vieillesse.
Un agent de la Confrérie a dissimulé une bombe sur Atlantis qui explosera dès la prochaine activation de la Porte des étoiles. Le Dédale prête alors assistance à l’équipe du Dr Weir, déterminée à démasquer l'espion embarqué dans leurs rangs, avant qu'il ne commette l’irréparable.
McKay se retrouve prisonnier d'un Jumper englouti dans les profondeurs océaniques. L'équipe d'Atlantis n'arrive pas à localiser le vaisseau, et il ne lui reste que trois heures d'oxygène. Alors qu'il est sur le point de céder à la panique, il a la surprise de voir une hallucination de Samantha Carter lui venir en aide, devenant son ultime chance de s’en sortir.
L'équipe de Sheppard découvre une réplique de la cité d'Atlantis sur une planète de la galaxie de Pégase, où habite une famille royale déchirée par les intrigues et les luttes intestines entre les prétendants au trône. Le roi est mourant et Sheppard est le seul à pouvoir préserver la lignée des oppresseurs.
Après avoir perdu toute son unité, le lieutenant Michael Kenmore est amnésique mais continue de faire des cauchemars sur les Wraith. Par ailleurs, certains membres d'Atlantis lui sont particulièrement hostiles sans raison apparente, en particulier Ronon. En cherchant à recouvrer la mémoire, il découvre une vérité terrifiante sur son identité et sur une expérience controversée du Dr Beckett.
Après avoir trouvé deux capsules dérivant dans l'espace dans des caissons de survie, où ont été téléchargés les esprits de deux entités hostiles, l'équipe regagne Atlantis. Mais ces dernières prennent le contrôle du Dr Weir et de Sheppard, et sèment la panique dans toute la cité.
L'équipe du Major Lorne est portée disparue et présumée morte dans un incendie. Le bras droit du chef Genii, Ladon, propose alors un marché à Atlantis pour utiliser sa force militaire et effectuer un coup d'État contre Cowen.
L'équipe de Sheppard vient en aide à un peuple menacé par l'éruption imminente d'un supervolcan. Coincés dans un avant-poste des Anciens tandis que la Porte des étoiles est engloutie par la lave, ils doivent trouver un moyen de s'enfuir avant qu'il ne soit trop tard.
Une faction rebelle wraith, dirigée par Michael, propose une alliance avec Atlantis pour détruire leurs rivaux grâce au rétrovirus du Dr Beckett. Mais alors que des soupçons naissent au sein de l'équipe, l'alliance prend un tournant dangereux lorsque les Wraith révèlent leurs véritables intentions.
Le Dédale remporte in extremis la bataille contre les deux vaisseaux-ruches wraith et Sheppard échappe de justesse à la mort. Tandis qu’il entreprend une mission pour libérer McKay et Ronon, toujours retenus par les Wraith, le Dr Weir se rend au SG-C pour empêcher l’ennemi d'arriver sur Terre.
Le Dédale a été endommagé par l’attaque wraith et perd son air. Mais le Dr Beckett a l’idée d’utiliser le gaz subsistant à bord pour transformer tous les Wraith du vaisseau-ruche en humains, permettant ainsi au personnel du Dédale de migrer vers le vaisseau ennemi, désormais inoffensif.
L'équipe de Sheppard explore un petit village où les habitants semblent mener une vie tranquille et insouciante. Ils rencontrent Lucius, leur chef charismatique, qui propose d'échanger les précieux remèdes médicinaux qu'il a conçus contre certaines de leurs technologies. Mais sa présence sur Atlantis va rapidement produire des effets étranges au sein de l’équipage…
Ronon se fait capturer par son ancien bourreau, un commandant Wraith qui le ramène sur sa planète natale, Sateda. Là, son passé le rattrape et il est contraint de redevenir un Coureur, condamné à être traqué par les Wraith dans un safari mortel. Cependant, il peut compter sur son équipe, prête à tout pour le sauver.
Le Dr Weir accompagne Sheppard et son équipe en mission sur une planète dont la civilisation ressemble à s'y méprendre au monde avancé des Anciens. Enthousiasmés par cette découverte, ils tentent de former une alliance avec ce nouveau peuple : les Asuran. Mais l’équipe va peu à peu découvrir leur véritable nature et leur projet secret…
Le Dr Weir se réveille dans une institution psychiatrique sur Terre, dirigée par le Dr Fletcher. Là, elle apprend que le SG-C et l'expédition Atlantis ne seraient que le fruit de son imagination, causé par le décès de son mari dans un accident de voiture…
Sheppard est retenu prisonnier par Kolya, un ancien ennemi Genii d'Atlantis. Après avoir fait parvenir une vidéo au Dr Weir où l’on voit Sheppard torturé par un Wraith, Kolya menace de se servir de Sheppard comme nourriture si Weir ne lui livre pas les technologies qui l'intéressent…
De retour sur Terre, McKay tente de convaincre sa sœur, Jeannie Miller, une brillante scientifique, de venir sur Atlantis pour relancer le projet Arcturus. Menée par les Anciens, cette expérience visait à accroître leurs capacités énergétiques et à trouver une substitution aux E2PZ. Mais quand ils tentent d'appliquer la formule, un McKay d'une réalité parallèle apparait…
Le major Leonard et son équipe ayant disparu, Sheppard se rend sur la planète où ils menaient leur mission pour les secourir. Il découvre qu'ils ont dû faire face à des ondes wraith causant des hallucinations dévastatrices chez les humains…
La mission de Jack O'Neill pour défendre Atlantis échoue lorsque Richard Woolsey et lui-même sont faits prisonniers pendant un assaut de Réplicateurs. L’équipe de Sheppard, Weir et Carson volent un Jumper et partent pour la galaxie Pégase dans l'espoir de les sauver. Parviendront-ils à reprendre Atlantis désormais aux mains des Asuran ?
Après avoir désobéi aux ordres du SG-C et dérobé un Jumper, l'équipe de Sheppard rejoint Atlantis et fait exploser une partie de la cité pour détruire ses détecteurs. Alors qu’ils doivent s’approcher au plus près pour propager le virus que McKay a programmé pour mettre les Réplicateurs hors d’état de nuire, ces derniers ripostent en lançant une horde de drones à leur poursuite…
Lorsque des baleines de Lantea se regroupent autour d'Atlantis, les habitants sont victimes de symptômes inquiétants. Par ailleurs, Teyla a des visions dans lesquelles les Anciens, récemment massacrés par les Réplicateurs, semblent essayer de la prévenir d'un danger. Les baleines sont-elles venues pour entrer en contact avec la cité ou pour l’attaquer ?
Quand Sheppard et son équipe entendent parler des exploits d'un grand guerrier, ils entreprennent de le retrouver dans l'espoir d'en faire un nouvel allié. Mais contre toute attente, ils recroisent une ancienne connaissance, Lucius Lavin, qui manipule les habitants d'une autre planète grâce à un bouclier des Anciens le rendant invincible.
Alors qu'il coupe l'énergie de certains systèmes d'Atlantis, McKay est frappé par le rayon d’un mystérieux appareil Ancien. Par la suite, il s'aperçoit qu'il détient désormais des super-pouvoirs cognitifs. Mais il s’avère que les effets de sa mutation pourraient finalement lui être fatals et l'équipe doit trouver un moyen de sauver McKay avant qu'il ne soit trop tard.
Sheppard et McKay s'affrontent au cours d'un jeu de stratégie virtuel qu'ils ont découvert sur Atlantis. Mais ils apprennent que ce dernier contrôle la population d'une vraie planète dans la galaxie de Pégase et que celle-ci est sur le point d'entrer en guerre. L’équipe doit entreprendre une mission diplomatique pour mettre fin aux hostilités déclenchées malgré eux...
L'équipe Atlantis découvre les derniers survivants d'une civilisation, placés en hibernation dans une station orbitale. À leur réveil, les problèmes du passé ressurgissent et les choses dégénèrent rapidement lorsque l'un d'eux apprend que sa famille a été sacrifiée…
Une journée de repos pour les membres de l'expédition Atlantis vire à la tragédie lorsqu'une explosion retentit dans l'une des sections de la cité, entraînant la mort de plusieurs personnes. Beckett doit tout mettre en œuvre pour qu’il n’y ait pas d'autre victime, aux dépens de sa propre sécurité.
L'équipe recherche une source d'énergie dans l'océan de la planète Lantea. À leur arrivée dans la station sous-marine, alors que Teyla détecte une présence wraith, elle neutralise Ronon et cause des dégâts importants sur la station. Quand le reste de l'équipe la retrouve, elle comprend qu’elle a agi sous l’emprise d’une reine capable de prendre le contrôle d'un individu.
Sans nouvelles depuis plusieurs semaines des Taraniens, installés sur une nouvelle planète, Sheppard et son équipe se rendent sur place afin d'enquêter sur la situation, mais ces derniers ont disparu de leur village. L’équipe découvre qu’ils ont servi de cobayes et ont été victimes de l'insecte Iratus…
La découverte de chantiers navals et d'une flotte de vaisseaux de guerre sur la planète Asuras convainquent le général O'Neill d'envoyer le vaisseau Apollo, dirigé par le colonel Abe Ellis, pour effectuer une frappe préventive sur les Asuran. Il s'ensuit une contre-attaque de ces derniers qui menace les réserves d'énergie d'Atlantis.