Le prétendu père de l’inconnue est porteur de la moisissure toxique d’une plante disparue depuis 4 000 ans. Il a saccagé le laboratoire avant d’être neutralisé. Les experts de l’OMS ont investi l’hôpital.
Yann et la jeune femme amnésique partent à la recherche d’une lycéenne disparue depuis six ans. Elle va la retrouver dans un état pathétique : droguée, malade, intransportable. Seule une transfusion immédiate peut la sauver.
La jeune femme amnésique a disparu. Yann la cherche comme un fou. Pendant ce temps, la lycéenne a été transportée à l’hôpital, dans un coma profond. Les analyses de sang montrent qu’elle est hélas condamnée par un virus mortel.
Après la découverte de la cité perdue d'Atlantis dans la galaxie de Pégase, le Dr Weir mandate une équipe de scientifiques émérites afin d'aller l'explorer. Mais la cité reposant au fond de l'océan et son bouclier menaçant de disparaître, ils doivent quitter les lieux. Quant au major Sheppard, il rencontre un peuple, mené par Teyla, et doit affronter de terrifiants ennemis : les Wraith.
Sheppard lance une mission de sauvetage pour délivrer ses compagnons captifs des Wraith sur une autre planète. S’il parvient à libérer les prisonniers, il doit abréger les souffrances du colonel Sumner car la reine des Wraith aspire son énergie vitale. Pensant éliminer les créatures, Sheppard tue la reine, ce qui provoque le réveil de tous les Wraith en hibernation…
Alors que les Athosiens ont été recueillis sur Atlantis, deux jeunes enfants jouent à cache-cache et libèrent accidentellement une entité énergivore qui menace la cité et ses habitants. Par ailleurs, McKay se porte volontaire pour tester la thérapie génique du Dr Beckett en s’inoculant le gène des Anciens afin d'utiliser leur technologie.
La première mission de Sheppard et Teyla se solde par un échec : pris à la gorge par un ectoparasite paralysant, Sheppard regagne en catastrophe la navette Jumper One. Alors que l'équipe voyage à travers la porte des étoiles, leur Jumper se coince dans le vortex, les piégeant entre deux mondes. Ils n’ont que 38 minutes avant que la porte ne se désactive…
Les missions d’exploration se soldant systématiquement par des attaques de Wraith, les voyages sont temporairement suspendus. Le Dr Weir soupçonne la présence d’un espion dans la cité et décide d'interroger les Athosiens. Après que McKay et Zelenka ouvrent le toit d'Atlantis, Sheppard part en reconnaissance et découvre un continent, sur lequel les Athosiens élisent domicile...
Alors que Sheppard et son équipe visitent une nouvelle planète, une source d’énergie les oblige à se poser, leurs appareils ne fonctionnant plus. Ils rencontrent alors les habitants, qui pratiquent un rituel strict interdisant de vivre au-delà de 24 ans pour dissuader les Wraith de venir les enlever...
L'équipe visite la planète des Hoffan, qui ont fabriqué en secret un sérum anti-Wraith. Mais le Dr Beckett estime que celui-ci n'est pas au point. Sheppard propose que Beckett les aide à le perfectionner...
Alors que les provisions d’Atlantis diminuent dangereusement, l’équipe est envoyée sur la planète des Genii, un peuple fermier paisible avec lequel Teyla a commercé par le passé. Préférant étrangement du C4 à des médicaments en contrepartie de leurs récoltes, Sheppard découvre l'existence d'un gigantesque réseau sous-terrain...
Quand le Dr McKay découvre un vortex permettant de revenir sur Terre via la porte des étoiles, certains membres de l'équipe en profitent pour rendre visite à leurs amis. Mais l'équipe et Sheppard s’interrogent sur certains phénomènes étranges et des anomalies qui viennent troubler leur perception.
Alors qu’une tempête cataclysmique menace Atlantis, Sheppard tente de négocier avec la planète Manaria pour pouvoir mettre ses habitants en lieu sûr. Tandis que McKay et Zelenka cherchent désespérément un moyen d’activer le bouclier de protection de la cité, les Genii profitent de la situation pour s'emparer d’Atlantis…
McKay, Weir et le personnel d'Atlantis sont faits prisonniers par une force d’assaut Genii, dirigée par le commandant Kolya. Tandis que Sheppard fait son possible pour leur venir en aide, Teyla, Ford et Carson sont toujours bloqués dans un Jumper sur le continent. Mais la tempête s'intensifie et McKay doit trouver un moyen d'alimenter les boucliers au plus vite.
Sheppard et McKay découvrent l’épave d’un vaisseau de ravitaillement wraith sur une planète ne présentant aucun signe de vie. Mais quand ils trouvent des milliers de corps humains chrysalidés entreposés, pouvant nourrir un bastion wraith sur des décennies, Sheppard pressent un danger imminent et donne l'ordre d'évacuer...
Après que Wagner et Johnson ont été retrouvés morts à la suite d’hallucinations, McKay et son équipe décident de placer la base sous quarantaine. La découverte d'un laboratoire, dans lequel des scientifiques auraient libéré un virus créé par les Anciens, oblige l’équipe à trouver un remède avant que ce dernier ne se propage davantage.
L'équipe est sauvée de justesse d’une attaque wraith par un mystérieux champ énergétique. Intrigués, ils suivent le phénomène jusqu'à la planète Proculis, où ils atterrissent. Après avoir découvert un monde humain immunisé contre les Wraith, Sheppard invite sa protectrice sur Atlantis pour la convaincre de partager ce refuge. Mais McKay doute de sa véritable identité…
L’équipe découvre une femme en état de stase depuis 10 000 ans. Mais à son réveil, il s’avère que l'Atlante congelée est le Dr Weir ! Suite à l'évacuation forcée d'Atlantis, elle se serait échappée en ignorant se trouver à bord d'une machine à voyager dans le temps, puis se serait réveillée cent siècles plus tôt. Ses révélations offrent des informations cruciales pour la survie d'Atlantis.
Sheppard, Ford et Teyla accompagnent McKay sur la planète Dagan, où les Anciens auraient caché le seul générateur d'énergie capable de restaurer le bouclier de protection d'Atlantis contre les Wraith. Malheureusement, les Genii sont également déterminés à s'emparer de cette source d'énergie.
Trois vaisseaux wraith font route vers Atlantis et tout semble perdu à moins que Sheppard et Teyla ne parviennent à récupérer la seule arme capable de sauver la cité sur une planète située sur le parcours de la flotte ennemie… McKay trouve un moyen pour envoyer un message de détresse destiné au SG-C sur Terre.
Teyla fait des cauchemars très réalistes au sujet des Wraith et consulte la psychologue d'Atlantis. Au cours d’une séance d’hypnose, elle se souvient que son peuple a subi des manipulations génétiques lors d’expériences menées par les Wraith. Après des analyses poussées, Beckett et Weir lui révèlent la véritable raison de ses troubles.
Une flotte wraith se rapproche d'Atlantis dans le but de rallier la Terre, planète d'abondance. McKay veut utiliser un satellite de défense des Anciens, qui aurait assez de puissance pour pulvériser l’ennemi. Sheppard apprend alors qu’un Wraith se dissimule dans la cité…
Le satellite a pulvérisé l’un des trois vaisseaux mais tout espoir est anéanti quand il est détruit. Mais le SG-C ayant reçu le message de détresse, un contingent militaire est envoyé depuis la Terre pour défendre Atlantis, avec à sa tête, le colonel Everett.
La cité d’Atlantis a survécu au premier assaut des Wraith, qui sont déjà en train de préparer la deuxième vague d’attaque. Par chance, l’équipage est sauvé par l’arrivée du Dédale qui téléporte l'E2PZ et le bouclier protecteur d'Atlantis est activé avec succès. Mais la bataille n'est pas terminée car d'autres vaisseaux Wraith sont en approche.
L'équipe d'Atlantis rend visite à la Terre via la Porte des étoiles. Durant le voyage de retour, le Dédale est attaqué par un virus informatique wraith qui prend progressivement les commandes du vaisseau…
Sheppard et son équipe recherchent le lieutenant Ford, qui s’est enfui après avoir été exposé à l’enzyme wraith, et s’est réfugié sur une planète au climat équatorial. Sur place, ils vont faire la rencontre d'un homme devenu la proie des Wraith.
Un téléporteur wraith transfère accidentellement la conscience du lieutenant Cadman dans la tête du Dr McKay, qui prend ensuite le contrôle de son corps à son insu. Pendant que Zelenka et l'équipe scientifique d'Atlantis font tout pour corriger la situation, Sheppard doit évaluer les capacités de Ronon et le convaincre de rejoindre son équipe.
En s'écrasant sur une planète laissée étonnamment indemne par les Wraith, l'équipe de Sheppard découvre une colonie pénitentiaire à proximité de la Porte de étoiles, où l'ennemi sélectionne ses prisonniers en toute quiétude.
Un avant-poste de l'armée des Anciens est découvert dans un cimetière de vaisseaux wraith, avec à bord la plus puissante source d'énergie jamais égalée. Son activation est un échec mais McKay s'obstine à l’utiliser en prenant de grands risques.
Dans un monde non répertorié, l'équipe découvre une jeune Wraith, Ellia, qui a été élevée en secret par un villageois comme une humaine. Alors que le Dr Beckett travaille sur un rétrovirus destiné à la débarrasser de son ADN wraith, Ellia s'injecte ce dernier bien avant qu'il ne soit finalisé…
À la suite de son affrontement avec Ellia, Sheppard est contaminé par le rétrovirus du Dr Beckett et commence à développer un processus de transformation en Wraith. Malheureusement, ces évolutions vont rapidement dégénérer et une course contre la montre s'engage pour soigner Sheppard.
L'équipe découvre l'Aurore, un vaisseau de guerre des Anciens dérivant à la limite de la galaxie, dont l'équipage est maintenu en vie dans des caissons de stase. Alors que Teyla et Ronon découvrent un Wraith dans l’un des modules, ils comprennent vite que l’ennemi a prévu d'utiliser les informations contenues dans les systèmes de l'Aurore pour rejoindre la Terre...
L'équipe de Sheppard est capturée par un groupe dont le chef n'est autre que le lieutenant Ford, qui veut leur prouver que l'enzyme wraith peut être un atout dans la lutte contre l’ennemi. En administrant une dose à Teyla et Ronon à leur insu...
Le groupe d'assaut mené par Ford et Sheppard est capturé et emmené à bord d’un vaisseau-ruche où Sheppard est interrogé par la reine, qui veut savoir comment il a réussi à s’infiltrer. Tandis que Teyla et Ronon commencent à sentir le manque d'enzyme, McKay tente de se libérer pour prévenir Atlantis.