Ayant résolu un meurtre datant de plus de 30 ans, le NCIS doit témoigner au procès de l'accusé mais un vice de procédure permet à ce dernier d'être acquitté. Par ailleurs, McGee enquête sous couverture à propos du compte secret du Secrétaire à la Défense…
Après le meurtre de l'empoisonneur qu'ils n'ont pu faire inculper, le NCIS découvre des cas similaires, où des suspects ayant bénéficié de vices de procédure ont été exécutés.
Le NCIS enquête sur le meurtre d'un héros de la guerre d'Afghanistan qui, avec son équipe, avait arrêté un chef taliban, libéré des otages et récupéré 30 millions de dollars volés.
Le meurtre d'un Marine conduit le NCIS à enquêter sur deux frères propriétaires qui étaient en conflit avec leurs locataires. Par ailleurs, Sloane est chargée par Vance de s'assurer du moral de l'équipe après le retour soudain de Ziva.