Certaines nuits, au cœur des mines de charbon abandonnées du pays Coron, on entend encore les "cris silencieux" des mineurs enterrés vivants lors de la plus grande catastrophe minière d'Europe, celle de Courrières en 1906. Revenue avec sa famille dans le Nord, la terre de son enfance, la capitaine de police Tess Borski et le commissaire François Dubois sont confrontés à une succession de crimes étranges qui peu à peu font ressurgir ce passé douloureux.
Le corps sans vie de frère Yves est retrouvé pendu par les pieds dans un cimetière proche de l'abbaye Notre-Dame d'Aiguebelle. Anne Tirard, capitaine de gendarmerie à la section de recherches de Grenoble, et Alex Lazzari, gendarme du cru, sont chargés de l'affaire. La clé de l'énigme résiderait dans la formule secrète d'un élixir végétal que les moines exploitent depuis le Moyen Âge sous la forme d'une liqueur de plantes.
Capucine, une femme de 35 ans, va être confrontée au passé de son compagnon Thomas Boileau, qui ressurgit brutalement.
Alors que Marjorie, heureuse et enceinte, aborde une nouvelle page de sa vie, son quotidien va soudainement basculer dans l'horreur : son compagnon, prof de sport au lycée, vient d'être arrêté pour détournement de mineure. Pour Marjorie, c'est le choc et l'incrédulité…
À son retour de vacances, Marie-France, 48 ans, a décidé de passer quelques jours chez son fils Antoine, 26 ans, sa belle-fille Léna et son petit-fils de deux ans Léon. Sa déception est grande quand Marie-France apprend qu'elle ne pourra voir ni Léon ni Léna parce qu'ils sont « restés en week-end ». Mais tout s'écroule quand Marie-France comprend qu'Antoine lui a menti et qu'en réalité Léon et Léna ont disparu…
Allison ne cesse de voir le visage d'un homme sur celui d'autres personnes, y compris son mari, Joe. Pendant ce temps, Ariel garde un garçon dont l'ami imaginaire est particulièrement malfaisant...
Lorsque Joe et Allison ont décidé de se marier, celle-ci était enceinte d'Ariel et, de jours en jours, découvrait ses dons de médium. Cette expérience a bien failli ruiner son mariage…
Depuis les récents cambriolages dans leur quartier, les Dubois ont fait installer un système de sécurité, qui communique avec Marie, seule témoin à avoir vu le rôdeur. Pendant ce temps, Ariel rencontre un fantôme qui lui propose un marché en échange de son entrée à l'université...
À quelques heures de passer ses examens de fin d'année, Ariel s'assoupit et se réveille sept ans plus tard. Pour revenir dans le présent, elle doit résoudre seule deux homicides, dont celui de sa mère...
Allison s'affaire pour sauver Barney, un cochon d'élevage destiné à l'abattoir, car cet animal a un lien avec la disparition d'une protectrice du droits des animaux. Pour l'anniversaire de Joe, Marie offre un cadeau très spécial à son père...
Un archéologue réputé est retrouvé mort en forêt, enfermé dans un cocon de soie perché dans les arbres. À son domicile, Brennan découvre des ossements du Paléolithique, qu'elle voit confiés avec regrets au Dr Edison pour analyse. Découverts en Tchétchénie, ces squelettes d'un homme néandertalien et d'une femme homo sapiens montrent que les deux espèces ont vécu ensemble, ce qui relève d'une découverte historique majeure...
Un corps est retrouvé enterré en forêt, et en creusant, l'équipe de l'Institut Jefferson découvre un second corps. Tandis que le premier corps a été inhumé par l'entreprise « Les passages verts », spécialisée dans les funérailles sans embaumement ni cercueil, le second corps a été dissimulé suite à un meurtre. Durant cette affaire, chaque membre de l'institut exprime ses souhaits quant à ses propres obsèques...
Un corps démembré et aspergé de liquide corrosif est découvert dans un abattoir. La victime était une joueuse de roller-derby et s'entraînait non loin de là avec son équipe, les derby dolls. Angela, qui sait patiner, infiltre alors le club à la recherche d'indices. Par ailleurs, Booth se rend à l'hôpital et interdit à Bones de dire quoi que ce soit. Inquiète, Camilla mène l'enquête pour obtenir des réponses...
Alors que Bones travaille tard à l'institut après une dispute avec Booth, l'anthropologue se fait tirer dessus. Lors de son opération, elle frôle la mort à plusieurs reprises, durant lesquelles elle a des visions de sa mère Christine. Toute l'équipe est mobilisée pour identifier le tireur et l'arme du crime car aucune balle n'a été retrouvée dans son corps...
Le corps d'un adolescent est retrouvé dans une valise abandonnée. Sa disparition remonte à une fête entre jeunes, dans laquelle une amie du défunt a été droguée puis violée. L'équipe doit déterminer si les deux affaires sont liées et aider la mère de la jeune fille à accepter la réalité de cette agression...
Le cadavre d'un homme passionné par les voyages dans le temps est découvert dans un champ. Pour résoudre ce meurtre, un nouvel interne, Oliver Wells, intègre l'institut et confronte ses méthodes à celles de Bones. Alors que l'équipe soupçonne un professeur de physique théorique, un second cadavre est découvert chez la victime...
Booth et Brennan enquêtent sur le meurtre d'un immigré de la Sierra Leone, dont le corps a été retrouvé enfermé dans un baril contenant du savon figé. La victime était un enfant soldat durant la guerre en Sierra Leone et semble avoir été rattrapée par son passé lors d'une exposition photo sur le conflit...
Le corps d'une femme est retrouvé carbonisé après l'explosion d'un hangar. La victime, ancien soldat des Marines, avait rejoint un groupe de « survivalistes » se préparant pour l'Apocalypse, au sein duquel Booth et Brennan doivent identifier le meurtrier. Le couple assiste par ailleurs avec regrets au déménagement de Sweets, qui a enfin trouvé une solution pour se loger...
Un cadavre déshydraté est retrouvé dans un véhicule avec des impacts de balles. Lors de l'autopsie, l'équipe découvre une poche de diamants dans son abdomen. La victime était un agent de police sous couverture auprès d'un jeune couple de braqueurs. Durant cette affaire, le documentariste Andrew Jursic vient tourner un film pour collecter des fonds au profit de l'institut Jefferson, obligeant ainsi Bones à se montrer sous son meilleur jour...
Le corps d'une femme de 25 ans est découvert dans un bâtiment abandonné. La victime était productrice d'une émission de télévision mettant en scène des procès à sensation, « Le tribunal des citoyens », présentée par l'excentrique juge Trudy. Côté vie privée, Brennan est déterminée à prouver l'innocence de Christine, accusée par la directrice de la crèche d'avoir mordu une autre petite fille...
Booth et Brennan enquêtent sur le meurtre d'un strip-teaseur, également courtier en bourse à ses heures perdues. Durant cette affaire, l'agent du FBI voit resurgir sa mère, Marianne Booth, disparue de sa vie depuis 24 ans et venue lui annoncer son prochain mariage avec Reggie...
Emma et Pierre sont confrontés au cambriolage du cabinet médical par trois jeunes désœuvrés du village, pour permettre à l'un d'entre eux de quitter Valerande-les-Chantelles. À l'inverse, c'est au village qu'Inès, la stagiaire de Pierre venue de Lyon, trouve sa vocation au contact des animaux et de la nature.
Dans un village auvergnat qui se meurt, l’installation d’un médecin en plein désert médical marque le sursaut d’un territoire délaissé. Mais Emma Colin, jeune diplômée parisienne et ambitieuse, doit partager le cabinet du vétérinaire local Pierre Josset, enfant du pays revenu depuis peu après une carrière citadine et un divorce. Les deux professionnels que tout oppose vont devoir allier leurs compétences pour aider un éleveur de brebis dont les bêtes meurent d’un mal mystérieux…