Le 4 juin 2017 à Champs-sur-Marne, près de Paris, un pique-nique en amoureux tourne mal. Au moment où Philippe Goncalves décide d’offrir un magnifique bijou à sa femme Isabelle, un inconnu les aurait attaqués… Le mari déclare aux policiers que lorsqu’il a repris conscience, Isabelle était étendue dans l’herbe, touchée d’une balle dans la tête, et tous leurs objets de valeur avaient disparu. Seulement, les policiers ont des doutes. Car tout n’était pas rose au sein du couple…
Samantha, une jeune femme de 19 ans originaire de la banlieue de Genève (Suisse), disparaît le 22 novembre 2017. Ce soir-là, elle a pris le train pour Cheyres, sur les bords du lac de Neuchâtel, à 100 kilomètres de chez elle : elle avait rendez-vous avec Richard, un copain d’enfance. Le jeune homme de 21 ans confirme la rencontre. Il est donc le dernier à avoir vu son amie vivante mais il jure qu’il l’a bien raccompagnée à la gare pour qu’elle puisse prendre le dernier train. Alors, si comme l’estiment les enquêteurs Richard « n’a pas le profil », que cachait Samantha ? Et où est-elle ? Il y a dans son entourage quelqu’un qui connaît la réponse…
Virginie vit avec son second mari, Frédéric, et son fils Hugo, 17 ans, né d'une première union. Un soir, Frédéric revient avec sa voiture accidentée, sans donner la moindre explication. Le lendemain, Virginie apprend avec stupeur dans la presse qu'un terrible accident a eu lieu à quelques kilomètres : une jeune femme a été percutée par un véhicule identique à celui de son mari…
La vie de Mireille, mère au foyer et agréée famille d'accueil depuis plusieurs années, va basculer avec l'arrivée de Zoé, une adolescente turbulente placée sous sa tutelle. Tout se passe bien jusqu'au jour où Zoé est admise à l'hôpital pour une fracture au poignet. La jeune fille ne désigne qu'un seul coupable : Antoine, le fils biologique de Mireille, qui l'aurait frappée le matin même. Pour Mireille c'est la stupeur. Antoine a-t-il réellement blessé Zoé ?
Clémence, femme au foyer, a tout pour être heureuse : une existence aisée dans un bel hôtel particulier avec son mari Jean, chef d'entreprise prospère, et sa fille de 11 ans, Enola.
Allison s'inquiète pour Lee Scanlon, tourmenté par le fantôme de son frère et sous le coup d'une accusation alors qu'il enquête sur la disparition d'une adolescente. L'inspecteur suit les précieuses indications d'Ariel, qui boucle ses valises pour partir à l'université.
Allison met le Procureur Devalos sur la piste du meurtre d'une adolescente qui aurait un lien avec le frère de Lee. Cependant, les visions de la médium ne sont pas claires et sa relation avec l'inspecteur en pâtit. Le départ d'Ariel pour la fac est imminent. La maisonnée partage son émotion, excepté Bridgette.
Après s'être brûlée la main, Allison subit une greffe de peau. Conséquence de cette intervention : sa main ne lui obéit plus, préférant la mettre sur la piste d'un homicide. Pendant ce temps, Bridgette cache à sa famille sa sélection dans l'équipe de foot féminine car elle doit ses prouesses au fantôme d'un entraîneur qui la coach comme une pro.
Après un tremblement de terre à Phoenix, Allison a des prémonitions concernant une autre catastrophe, l'explosion d'une bombe, devant se produire un matin à 9h18. Malgré ses visions de l'endroit où chacun de ses proches se trouvera à ce moment précis, elle se sent impuissante pour les aider et faire avancer Lee dans son enquête.
S'exprimant soudain dans un langage incompréhensible pour son entourage, Allison lie une relation particulière avec la linguiste engagée par le bureau du Procureur pour résoudre deux homicides commis en territoire navajo. Cette situation met à rude épreuve la patience de Joe qui repense à tout ce qu'il a dû endurer d'étrange depuis leur mariage.
Le jour du mariage entre Booth et Brennan est enfin arrivé. En pleine répétition de la cérémonie, une nouvelle affaire survient, à laquelle Bones ne peut s'empêcher de participer. Camille Saroyan mobilise alors toute l'équipe de l'institut pour remplacer l'anthropologue, mais un incendie dans l'église où devait se tenir le mariage compromet les festivités...
En pleine lune de miel à Buenos Aires, Bones s'ennuie et parvient à emmener son mari dans la morgue locale, dirigée par le docteur Leticia Perez, affairée à identifier les ossements de dissidents politiques déterrés d'une fosse commune. Lorsque Temperance repère le squelette d'une victime tuée récemment, le couple apporte son aide à l'inspecteur Raphael Valenza et découvre que la victime, âgée de 90 ans, était un criminel de guerre nazi...
L'équipe enquête sur le meurtre d'un homme dont le corps a été retrouvé coincé au milieu d'un barrage construit par des castors. En plus d'être mannequin, la victime était un donneur de sperme, dont il faisait commerce à prix d'or. Par ailleurs, Bones ne sait pas comment réagir aux attaques formulées contre ses livres par la romancière Tess Brown...
Membre du jury dans le procès de Peter Kidman, célèbre footballeur accusé du meurtre de sa femme, Bones se retrouve bloquée avec les autres jurés le temps du procès, à la demande du juge. Alors que tout le monde croit en la culpabilité de Kidman, aucune preuve directe ne permet de l'accuser, si ce n'est le témoignage à charge de son meilleur ami. Mais ce dernier ne se présente pas au tribunal, et pour cause, l'institut Jefferson est sur le point d'identifier son cadavre...
Le corps d'un consultant en nourriture industrielle est retrouvé dans les conserves d'un ragoût servi à des lycéens. Tandis que l'équipe plonge dans les secrets de fabrication de ces produits industriels, Angela organise un enterrement de vie de jeune fille à Bones...
Le corps d'une gymnaste de 17 ans est retrouvé sur un terrain vague. Son père, brillant physicien entièrement dévoué à son travail, est soupçonné du fait de sa négligence envers sa fille mais Bones prend la défense de cet homme aux schémas comportementaux proches du sien. Par ailleurs, Camille Saroyan peut enfin se confronter à celle qui a usurpé son identité...
Depuis la mort de Pelant, Bones est obsédée par ses dernières paroles concernant l'existence d'une « tueuse fantôme », dont les 6 victimes lui auraient faussement été attribuées. Lorsqu'un colis est livré au domicile du couple, avec le corps d'une jeune navigatrice, décédée 10 ans plus tôt, Temperance est persuadée qu'il s'agit de la même tueuse. Une théorie qu'elle a pourtant du mal à prouver...
Le corps d'un chanteur de country est découvert dans un potager urbain, déterré par des animaux. L'homme ne se produisait que dans un bar mais l'enquête permet de découvrir que le chanteur était une star aux Philippines. Par ailleurs, l'anthropologue est très affectée lorsqu'elle découvre une grave maladie à son collaborateur, Wendell Bray...
L'institut Jefferson identifie un corps, retrouvé dans une ferme porcine, comme étant celui d'un champion d'échec reconnu. Sweets, ancien joueur qualifié, s'introduit dans le club où la victime se rendait. Durant cette enquête, Bones doit travailler avec le Dr Filmore pour une étude sur la collaboration médico-légale avec le Canada. Par ailleurs, Camille s'apprête à recevoir le prix des Femmes scientifiques d'exception mais craint la jalousie de Temperance...
Le squelette d'une étudiante de 26 ans est retrouvé enterré dans un parc. La jeune fille, qui vivait toujours chez son père millionnaire, venait d'être victime d'un kidnapping dont la rançon n'avait pas encore été versée. Par ailleurs, Hodgins découvre qu'il a un frère vivant dans un institut psychiatrique...
Booth et l'agent de la CIA Danny Beck collaborent pour identifier le meurtrier d'une indic afghane ayant émigré aux États-Unis avec son frère pour aider les forces américaines. Bones, qui souhaite travailler davantage sur le terrain, ne comprend pas que les tarifs de son assurance-vie soient plus élevés que ceux de Booth...
Alors qu'elle passe quelques jours de vacances chez sa mère, en Charente-Maritime, Emma Thélier, capitaine de police, découvre le cadavre d'un homme au détour de son jogging en forêt. D'après ses premières constatations, il aurait été assassiné par balle. Elle se voit confier l'enquête avec le commandant de la gendarmerie Adrien Klévec, fraîchement muté, avec qui elle a eu une aventure sans lendemain la nuit précédant les faits…
La commandante Louise Chaland, épaulée par son fils Sylvain, prêtre, enquête sur le meurtre d’un sculpteur subversif. Son cadavre a été retrouvé à côté d’une de ses toiles, couverte d’inscriptions en latin. Ils font rapidement le lien avec une relique de Saint-Martin, dérobée à la Basilique de Tours. Leurs investigations les guident vers un refuge pour nécessiteux, tenu par François Delcourt et sa fille Agnès, laquelle entretenait une relation avec le sculpteur assassiné…