Mourmelon-le-Grand (Marne), le 2 juin 2018. Kévin Chavatte, 17 ans, est toujours amoureux d’Océane, une jolie blonde du même âge. L’idylle n’a pas duré, mais les deux ex sont restés très complices. Enfin, c’est ce que croyait Kévin… Car pendant des semaines, en secret, Océane, pourtant décrite par tous comme une jeune fille gentille et généreuse, et son nouveau petit ami Adrien auraient, tels deux amants diaboliques, minutieusement élaboré un terrible guet-apens pour assassiner l’adolescent.
Lorsque le 12 janvier 2018, Joséphine Bernard, 27 ans, est retrouvée morte dans son appartement de Bailly-Romainvilliers (Seine-et-Marne), les enquêteurs concluent au suicide. Pourtant, Sylvie, sa mère, est convaincue qu’il s’agit d’un meurtre… Pendant des mois, épaulée par son mari Richard, elle a enquêté et découvert que les investigations sont truffées d’incohérences, voire, pire, de négligences aujourd’hui reconnues par la justice.
Patricia est prof de maths et élève seule Lucien, son fils de 15 ans, depuis son divorce et le départ de son ex-mari à l'autre bout de la France. Un matin, alors que pour Patricia, Lucien est un adolescent tranquille, celui-ci il est convoqué au commissariat pour répondre à des accusations de vols et violences aggravées sur personne âgée. Un témoin l'aurait formellement identifié.
Solène est mariée avec Denis, qui a repris avec succès l'entreprise de son beau-père dont elle reste l'héritière. Si la passion a depuis longtemps déserté ce couple, Solène s'en accommode plutôt bien car elle a une liaison avec Marc, qui travaille dans l'entreprise familiale. Tout bascule le jour où elle apprend que son amant vient d'avoir un terrible accident dans l'entreprise : il aurait fait une chute dans l'escalier et se trouve depuis plongé dans un coma profond.
Virginie vit avec son second mari, Frédéric, et son fils Hugo, 17 ans, né d'une première union. Un soir, Frédéric revient avec sa voiture accidentée, sans donner la moindre explication. Le lendemain, Virginie apprend avec stupeur dans la presse qu'un terrible accident a eu lieu à quelques kilomètres : une jeune femme a été percutée par un véhicule identique à celui de son mari…
Avant l'exécution d'Alex Rockwell, condamné pour les meurtres de trois anciens détenus grâce aux preuves apportées par l'institut Jefferson, Bones reprend tous les indices et découvre qu'elle a commis une erreur. L'homme souffrait de lésions osseuses rendant impossibles ces crimes. L'équipe n'a que 48 heures pour l'innocenter à temps et identifier le vrai coupable…
Parti en Iran pour rendre visite à son frère, Arastoo se fait kidnapper par les hommes d'un membre très puissant du gouvernement. Ce dernier lui demande de déterminer la cause du décès de son fils, dont le meurtre a été maquillé en accident. Camille et Booth se rendent à Téhéran tandis que Bones, restée auprès de sa fille, reçoit la visite menaçante du bookmaker de son mari…
Mise en danger par les paris sportifs de Booth, Brennan demande à son mari de quitter le domicile conjugal. Malgré cette séparation perturbante pour tout le monde, l'équipe doit résoudre le meurtre d'une collectionneuse de boîtes à cookies dont le corps a été retrouvé dans une rivière…
Le corps d'un ancien détenu, reconverti en professeur de yoga après avoir appartenu à un gang de motards, est retrouvé dans une forêt incendiée. Booth et Brennan sont sur la voie de la réconciliation alors que Seeley va fêter ses 30 jours d'abstinence au jeu. De leur côté, Angela et Hodgins décident de s'installer à Paris pour changer de vie…
À une semaine du départ d'Angela et Hodgins pour Paris, Bones convainc Booth qu'il est également temps pour eux de changer de vie, entre l'arrivée du bébé et les épreuves endurées cette année. Leur dernière affaire fait alors ressurgir l'ombre de Christopher Pelant lorsqu'un corps écorché est retrouvé planté sur un obélisque dans une mise en scène rappelant les modes opératoires du tueur psychopathe…
Brennan et Booth ont changé de vie : Temperance se consacre à sa carrière d'écrivain et ses deux enfants tandis que Seeley est devenu instructeur pour les jeunes recrues du FBI. Mais un soir, le FBI retrouve un corps calciné dans une fourgonnette et tous les indices semblent indiquer qu'il s'agit de Booth. Brennan revient aussitôt à l'institut Jefferson pour inspecter elle-même les os, refusant de croire à la mort de son mari…
Brennan a prouvé que le corps carbonisé était celui du frère de Booth. Aubrey poursuit l'enquête avec l'agent Grace Miller des affaires internes, dont le co-équipier a disparu avec un document contenant les noms d'une centaine d'agents du FBI infiltrés. Gravement blessé, Booth s'efforce de rester en vie aux côtés des partenaires de crime de son frère…
Temperance est de retour à l'institut Jefferson, de même que Booth a repris son poste au FBI. Tous deux enquêtent sur le meurtre d'un inventeur dont les organes ont été revendus sur le dark web. Par ailleurs, Camille reçoit le soutien de ses collègues après sa rupture avec Arastoo et Hodgins organise une exposition photo pour Angela.
Le corps d'un agent immobilier est découvert dans les bois, rongés par des coyotes-loups et le crâne endommagé par le tir d'un jeune chasseur. Pour déterminer les causes de la mort de ce passionné de football virtuel, Bones se fait épauler par une experte en anthropologie médico-légale, le Dr Beth Mayer, dont elle jalouse le talent…
Crossover avec la série Sleepy Hollow. Le corps d'une jeune étudiante en médecine est retrouvé sous le plancher d'une église abandonnée, à côté d'un cercueil contenant le squelette, sans tête, d'un officier anglais du XIXe siècle. L'institut Jefferson voit alors débarquer l'agent Abbie Mills et Ichabod Crane, un duo d'enquêteurs venus relier cette affaire à une série de crimes inexpliqués à Sleepy Hollow et rapatrier la dépouille centenaire…
Le FBI et l'institut Jefferson sont mobilisés sur une enquête très sensible et médiatique : le meurtre du sénateur de Virginie. Ancien directeur de mine, l'homme était très proche de la sénatrice Hayley Winters qui l'avait convaincu de voter un amendement allant contre ses convictions…
Alors que Booth et Brennan s'opposent sur le rituel de la petite souris pour leur fille, tous deux enquêtent sur le meurtre d'une magicienne, experte en tours d'évasion. À l'institut Jefferson, Camille craint que le photographe et mentor d'Angela, Sebastian Kohl, n'ait pas que des motivations professionnelles envers la jeune femme mariée…
Une célèbre journaliste politique est retrouvée dans l'étang d'un parcours de golf. À l'origine de révélations explosives sur des opérations menées par la NSA, la femme avait obtenu ses éléments d'un informateur au sein de l'agence de sécurité nationale. Le FBI et l'institut mènent leur enquête avec la crainte d'être sur écoute…
L'enquête sur la mort d'un comptable, passionné de Far West, conduit Booth et Brennan à infiltrer « le jeu des pionniers », un concours de tirs en tenues d'époque. Par ailleurs, Angela et Hodgins s'interrogent sur leur vie familiale et Camille se laisse séduire par le photographe Sebastian Kohl.
Aubrey et Hodgins sont gravement blessés sur une scène de crime après une explosion. Pour identifier et arrêter le tueur, qui s'attaque à des représentants de l'autorité, Arastoo vient prêter main forte à l'institut tandis qu'au FBI, Booth doit collaborer avec une autre psychologue comportementaliste…
Huit semaines après l'explosion, Hodgins sort de l'hôpital, paralysé des jambes. En attendant de savoir s'il pourra remarcher un jour, le scientifique insiste pour reprendre le travail et participer à l'enquête menée par l'institut et le FBI sur le meurtre d'une avocate commise d'office.
Sandra Pantakidis a démissionné de la police après avoir échoué à traquer l’assassin de sa nièce et s'est retirée sur l'île de Porquerolles où elle s'adonne à la plongée. Lorsqu’un deuxième crime survient, en tout point similaire au premier, Sandra renonce à apporter son aide à l’enquête jusqu'à ce qu’elle découvre que sa fille Ariane dirige désormais le groupe crime du SRPJ de Hyères...