Marie, sage-femme de 30 ans installée à Paris avec son compagnon Thomas, apprend qu'elle est enceinte. Elle décide aussitôt de retourner au Pays basque pour annoncer la nouvelle à son père, Gabi, qui travaille toujours comme charcutier. Thomas, qui n'a jamais été présenté à sa belle-famille, décide de saisir l'occasion pour lui faire une surprise et arrive sans prévenir. Gabi découvre avec horreur que son gendre est végan. Les deux hommes vont rapidement se battre pour imposer leur régime alimentaire à l'autre.
Allison rêve d'une jeune fille schizophrène, Summer, internée pour avoir assassiné ses parents. La médium la rencontre à l'hôpital psychiatrique lors d'une enquête sur la disparition de sa colocataire. D'après ses visions, Summer ne serait pas responsable des meurtres…
Alors que Marjorie, heureuse et enceinte, aborde une nouvelle page de sa vie, son quotidien va soudainement basculer dans l'horreur : son compagnon, prof de sport au lycée, vient d'être arrêté pour détournement de mineure. Pour Marjorie, c'est le choc et l'incrédulité…
La vie de Mireille, mère au foyer et agréée famille d'accueil depuis plusieurs années, va basculer avec l'arrivée de Zoé, une adolescente turbulente placée sous sa tutelle.
Camille, 25 ans, vendeuse dans le prêt-à-porter, est en couple depuis deux ans avec Didier T., ex-basketteur français. Un matin, la police vient les informer qu'une joggeuse a été victime d'une tentative de viol dans la forêt près de leur maison. Camille sait que son compagnon faisait son footing au même endroit et à la même heure. Lorsque Didier ment aux policiers au sujet de son emploi du temps, la vie de Camille tourne au cauchemar…
Après être devenue sensible à la lumière, Allison porte des lunettes de soleil qui indiquent le nombre de jours qu'il reste à vivre à ses interlocuteurs. Au cours d'un rêve, son beau-père l'alerte au sujet de la santé de Joe...
Un virus mortel et très contagieux est volé dans un laboratoire qui développait un antidote. Les visions d'Allison permettent d'enquêter sur une future attaque bio-terroriste…
Un homme suspecté d'être « Le maniaque de l'échange » - laissant le cadavre de sa précédente victime au domicile de la suivante, est tué en voulant fuir la police. Après sa mort, il entre en contact avec Allison pour prouver son innocence et délivrer des messages à sa petite amie…
Alors qu'il est toujours hanté par le suicide de sa fille, Devalos reçoit une carte pour cet anniversaire tragique. Les visions d'Allison permettent d'identifier l'homme qui a posté ce courrier macabre et de reconstituer les événements qui ont précédé le drame…
Allison ne cesse de voir le visage d'un homme sur celui d'autres personnes, y compris son mari, Joe. Pendant ce temps, Ariel garde un garçon dont l'ami imaginaire est particulièrement malfaisant...
L'institut Jefferson doit identifier un homme suite à une explosion criminelle dans le parking d'un hôtel. Tandis que Booth est confiné dans les bureaux du FBI par sa supérieure, Sweets se voit assigner une nouvelle partenaire pour cette enquête...
Le pneu d'une voiture embourbée en forêt déterre le corps d'un homme tué par balle, que l'institut Jefferson est chargé d'identifier. Travailleur précaire depuis la faillite de son commerce, la victime aurait notamment accepté un job lors d'une exposition d'animaux exotiques. Pendant ce temps, Bones s'imagine faire campagne pour la présidence des États-Unis...
Le corps d'une égérie de compotes artisanales est retrouvé éviscéré et lacéré dans les poubelles. Booth et Brennan enquêtent alors au sein d'une communauté d'artisans située à proximité. Par ailleurs, le couple propose à Sweets de l'héberger, le temps qu'il se remette de sa rupture...
Inspirée par un célèbre entraîneur de basket, Bones souhaite insuffler l'esprit d'équipe à ses internes en leur proposant de travailler sur des ossements non-identifiés. Tous vont alors se pencher sur le cas d'un SDF battu à mort, retrouvé 10 jours après les attentats du 11 septembre 2001. Alors que l'enquête permet de déterminer que l'homme a été témoin de l'attentat sur le Pentagone, chacun se rappelle avec émotion ce qu'il faisait ce jour-là...
Une barge poubelle s'échoue sur la plage et un corps est retrouvé dans une coque scellée et sans ouverture. Spécialisé dans le nettoyage des scènes de crime, la victime avait un concurrent que Bones soupçonne immédiatement du meurtre, sans parvenir à le prouver...
En collant une affiche sur un panneau, un artiste trébuche et tombe sur un corps auquel il reste collé à cause de la glue qu'il utilisait. Tandis qu'Angela découvre que l'artiste n'est autre que le célèbre « Z », dont elle admire le travail, l'équipe identifie la victime : un comique de stand-up. Booth et Brennan enquêtent alors auprès de son entourage et de ses concurrents...
Le crâne de Colin Gibson, un adolescent disparu depuis 2 ans, est découvert dans une serre abandonnée. La médium Avalon Harmonia, sollicitée par Angela, affirme que l'esprit de l'adolescent est toujours présent. Bouleversés par cette affaire et confrontés aux questions relatives à la vie après la mort, les membres de l'institut Jefferson s'adressent directement à l'esprit du jeune défunt...
L'animateur d'une émission sur le paranormal découvre un cadavre serti de cristaux luminescents. La victime était une danseuse sur le point de passer une audition avec son partenaire pour l'émission de télévision « le top de la danse ». Booth et Brennan se font alors passer pour un couple de danseurs afin d'enquêter sur leurs concurrents...
Un archéologue réputé est retrouvé mort en forêt, enfermé dans un cocon de soie perché dans les arbres. À son domicile, Brennan découvre des ossements du Paléolithique, qu'elle voit confiés avec regrets au Dr. Edison pour analyse. Découverts en Tchétchénie, ces squelettes d'un homme néandertalien et d'une femme homo-sapiens montrent que les deux espèces ont vécu ensemble, ce qui relève d'une découverte historique majeure...
Un corps est retrouvé enterré en forêt, et en creusant, l'équipe de l'Institut Jefferson découvre un second corps. Tandis que le premier corps a été inhumé par l'entreprise « Les passages verts », spécialisée dans les funérailles sans embaumement ni cercueil, le second corps a été dissimulé suite à un meurtre. Durant cette affaire, chaque membre de l'institut exprime ses souhaits quant à ses propres obsèques...
Un corps démembré et aspergé de liquide corrosif est découvert dans un abattoir. La victime était une joueuse de roller-derby et s'entraînait non loin de là avec son équipe, les derby dolls. Angela, qui sait patiner, infiltre alors le club à la recherche d'indices. Par ailleurs, Booth se rend à l'hôpital et interdit à Bones de dire quoi que ce soit. Inquiète, Camilla mène l'enquête pour obtenir des réponses...
Capitaine dans la police criminelle, Julia Durant enquête sur des meurtres en série. Trois jeunes filles blondes ont été assassinées selon le même mode opératoire.