Val-d'Izé (Ille-et-Vilaine), le 20 décembre 2012. Aurélie Barbot, 29 ans, est abattue d'une balle dans le visage, à bout portant. Rapidement, l'ex-mari d'Aurélie, Sébastien Beaugendre, est soupçonné : depuis le divorce, après 15 ans de vie commune, il supportait mal l'idée d'être séparé de ses trois enfants. Poussé par le désespoir, le père de famille aurait-il commis l'irréparable ? Malgré des traces de poudre retrouvées sur les mains du suspect, les enquêteurs vont douter car un corbeau s'accuse du meurtre et signe ses lettres d'un énigmatique « Madame G. »…
En mai 1991, Marie-Hélène Audoye, 22 ans, disparaît mystérieusement après un rendez-vous professionnel à Monaco. Et aujourd’hui encore, la jeune représentante en pharmacie demeure introuvable… Pour Annie, sa mère, certains suspects potentiels n’ont pas été suffisamment interrogés. Notamment le petit ami, volage et manipulateur, et sa maîtresse, une femme aux fréquentations sulfureuses…
À 26 ans, Charlène, agricultrice, est très amoureuse de son mari Luc, qui n'a pas hésité à sacrifier sa carrière d'avocat pour la suivre dans son exploitation.
À son retour de vacances, Marie-France, 48 ans, a décidé de passer quelques jours chez son fils Antoine, 26 ans, sa belle-fille Léna et son petit-fils de deux ans Léon. Sa déception est grande quand Marie-France apprend qu'elle ne pourra voir ni Léon ni Léna parce qu'ils sont « restés en week-end ». Mais tout s'écroule quand Marie-France comprend qu'Antoine lui a menti et qu'en réalité Léon et Léna ont disparu…
Après son divorce avec Bernard, Isabelle a refait sa vie avec Philippe et élève avec lui sa fille Mélanie.
À quelques heures de passer ses examens de fin d'année, Ariel s'assoupit et se réveille sept ans plus tard. Pour revenir dans le présent, elle doit résoudre seule deux homicides, dont celui de sa mère...
Allison s'affaire pour sauver Barney, un cochon d'élevage destiné à l'abattoir, car cet animal a un lien avec la disparition d'une protectrice du droits des animaux. Pour l'anniversaire de Joe, Marie offre un cadeau très spécial à son père...
Contrairement à Allison, Joe est inquiet au sujet de la récidive du cancer de sa femme. La médium rêve alors de l'avenir de sa famille après sa mort... Tandis qu'elle encourage Ariel à reprendre le poste de consultante au bureau du procureur, l'adolescente préfère partir étudier dans une université loin de Phoenix...
Allison vient en aide à un homme dont le père SDF est martyrisé à travers des vidéos postées sur Internet. Après qu'Allison rêve de la victime, endormie à côté de Bridgette, mère et fille se réveillent dans le corps de l'autre, ce qui va compliquer le quotidien de chacune, à l'école et au travail…
Lors d'une enquête sur les meurtres de plusieurs femmes dans un parc, Allison se met à voir des symboles au-dessus des têtes, la laissant croire à des correspondances amoureuses lorsque deux personnes possèdent le même signe. Tandis qu'Allison cherche à faire se rencontrer deux âmes sœurs, Joe est mêlé à une affaire de harcèlement sexuel au travail…
Booth et Brennan enquêtent sur le meurtre d'un immigré de la Sierra Leone, dont le corps a été retrouvé enfermé dans un baril contenant du savon figé. La victime était un enfant soldat durant la guerre en Sierra Leone et semble avoir été rattrapée par son passé lors d'une exposition photo sur le conflit...
Le corps d'une femme est retrouvé carbonisé après l'explosion d'un hangar. La victime, ancien soldat des Marines, avait rejoint un groupe de « survivalistes » se préparant pour l'Apocalypse, au sein duquel Booth et Brennan doivent identifier le meurtrier. Le couple assiste par ailleurs avec regrets au déménagement de Sweets, qui a enfin trouvé une solution pour se loger...
Un cadavre déshydraté est retrouvé dans un véhicule avec des impacts de balles. Lors de l'autopsie, l'équipe découvre une poche de diamants dans son abdomen. La victime était un agent de police sous couverture auprès d'un jeune couple de braqueurs. Durant cette affaire, le documentariste Andrew Jursic vient tourner un film pour collecter des fonds au profit de l'institut Jefferson, obligeant ainsi Bones à se montrer sous son meilleur jour...
Le corps d'une femme de 25 ans est découvert dans un bâtiment abandonné. La victime était productrice d'une émission de télévision mettant en scène des procès à sensation, « Le tribunal des citoyens », présentée par l'excentrique juge Trudy. Côté vie privée, Brennan est déterminée à prouver l'innocence de Christine, accusée par la directrice de la crèche d'avoir mordu une autre petite fille...
Booth et Brennan enquêtent sur le meurtre d'un strip-teaseur, également courtier en bourse à ses heures perdues. Durant cette affaire, l'agent du FBI voit resurgir sa mère, Marianne Booth, disparue de sa vie depuis 24 ans et venue lui annoncer son prochain mariage avec Reggie...
Suite à la découverte d'un corps dans un parc national, Sweets comprend que le meurtrier s'est inspiré d'un de ses articles non publiés. La victime, un agent du FBI à la retraite, était un ancien partenaire de Booth. Lorsque deux autres agents périssent, il ne fait plus de doute que Christopher Pelant est de retour et qu'il resserre son étau autour de Booth. Effrayée à l'idée de le perdre, Temperance demande Seeley en mariage...
Booth confie à un ami et ancien prêtre son mal-être suite au chantage imposé par Pelant : le tueur ayant menacé d'exécuter cinq personnes innocentes si l'agent maintient son mariage avec Bones ou s'il lui révèle les raisons de son annulation. Alors que son couple est au plus mal et que les membres de l'institut soutiennent l'anthropologue, Booth doit pourtant collaborer avec Bones sur le meurtre d'un comptable du Département d'état, retrouvé broyé par le système d'air conditionné d'un hôtel...
Un lynx est capturé alors qu'il dévorait un cadavre. L'enquête permet d'établir que l'homme a été tué dans une réserve indienne spécialisée dans les thérapies de couples, où Booth et Brennan se rendent sous couverture. Par ailleurs, Camille est victime d'une usurpation d'identité et Sweet, qui n'arrive plus à de bons profils, décide de prendre quelques jours de repos...
Le corps d'un tueur à gage au service d'un gang est retrouvé dans une voiture brûlée. Craignant une escalade de la violence et des représailles entre bandes rivales, Booth demande l'aide de Sweet pour enquêter au sein de la communauté mexicaine et interroger la petite amie de la victime, elle-même membre du gang...
Alors que Booth et Brennan commencent les préparatifs de leur mariage, tous deux enquêtent sur le corps d'un homme retrouvé suspendu à une falaise. Proviseur de lycée en phase terminale d'un cancer, l'homme avait dressé une « liste de rêves » qu'il voulait accomplir avant de mourir...
Le jour du mariage entre Booth et Brennan est enfin arrivé. En pleine répétition de la cérémonie, une nouvelle affaire survient, à laquelle Bones ne peut s'empêcher de participer. Camille Saroyan mobilise alors toute l'équipe de l'institut pour remplacer l'anthropologue, mais un incendie dans l'église où devait se tenir le mariage compromet les festivités...
La commandante Louise Chaland, épaulée par son fils Sylvain, prêtre, enquête sur le meurtre d’un sculpteur subversif. Son cadavre a été retrouvé à côté d’une de ses toiles, couverte d’inscriptions en latin. Ils font rapidement le lien avec une relique de Saint-Martin, dérobée à la Basilique de Tours. Leurs investigations les guident vers un refuge pour nécessiteux, tenu par François Delcourt et sa fille Agnès, laquelle entretenait une relation avec le sculpteur assassiné…
Dans un village de Charente-Maritime, le corps d’une adolescente, capitaine d'une équipe de majorettes, est retrouvé dans un bâtiment qui servait jadis au stockage des aliments et appartenant à une riche viticultrice chinoise, Madame Li, installée depuis quinze ans dans la région. Chargée de l'enquête à la gendarmerie, Claire, épaulée par David, un criminologue, découvre que la jeune fille flirtait avec le fils de Madame Li…