La brigade est appelée sur une affaire particulièrement insolite : un doigt humain a été retrouvé dans une bouteille de bière de la marque « Wagner », fabriquée par une brasserie locale appartenant aux cousines de César. Le capitaine Wagner doit rapidement résoudre ce mystère qui risque d’enflammer la presse régionale et d’engendrer des représailles à l’encontre des brasseuses…
Un étudiant en faculté d'histoire est retrouvé mort sur un terrain en friche, exécuté d'une balle dans la tête et habillé en uniforme nazi d'époque. Première étape pour Wagner et son équipe : se rapprocher des groupuscules extrémistes et s'informer auprès d'une spécialiste en histoire militaire. Wagner décide alors de suivre la piste d'une vieille légende locale : le transport vers l'Allemagne par le fleuve d'une énorme quantité d'œuvres d'art et d'or spoliés, « l'or du Rhin ».
Ana s'apprête à se marier avec son compagnon Luc et s'installe dans le grand appartement de son fiancé, qui va rapidement devenir son pire cauchemar… Luc commence à avoir un comportement étrange, Ana est filmée dans son sommeil par un intrus… Des images qui la glacent… Et d'où sortent ces objets inquiétants qui apparaissent soudainement sur les meubles de la chambre ?
À quelques semaines de son mariage, Marc Alvares est confronté à une terrible situation… Du jour au lendemain, sa compagne Stéphanie ne veut plus l'épouser. Elle vient de recevoir une lettre, dont elle cache le contenu, qui la bouleverse littéralement. Peu après la réception de cet étrange courrier, Stéphanie annonce à Marc que le mariage n'est plus possible et disparaît sans laisser de traces. Que contenait cette lettre ? Qu'est-ce qui a pu mettre Stéphanie dans un tel état ? Stéphanie est-elle en danger ou est-elle une manipulatrice ? Marc va tout faire pour comprendre ce qui arrive à sa fiancée et découvrir ainsi l'incroyable vérité…
Marie et Jérémy forment un jeune couple sans histoire... jusqu'au jour où Jérémy a un accident de voiture. Rien de grave, sauf que ce soir-là, Jérémy avait prétendu être en week-end avec des copains, or Marie le découvre à l'hôpital en compagnie d'une femme dont elle n'avait jamais entendu parler… Qui est cette femme ? Pourquoi Jérémy lui a-t-il menti ? S'agit-il d'un banal adultère ou de quelque chose de bien plus troublant ?
Grâce aux indications d'Allison, Scanlon arrête le détective complice du tueur, qui lui, est toujours en cavale. Peu après, Mr. Lydecker contraint Allison à respecter leur contrat et lui interdit désormais de collaborer avec le bureau du Procureur. Chez les Dubois, de récents événements poussent Ariel à prendre des pilules contre l'anxiété.
Allison doit prendre une décision importante car ses nouvelles fonctions chez Lydecker entrent sérieusement en conflit avec ses principes et son ancien job. En effet, la médium n'a pas le droit d'aider le bureau du procureur à arrêter le tueur en série sous peine de poursuites.
Après s'être évanouie sur une scène de crime, Allison tombe dans le coma. Pendant son hospitalisation, son esprit s'introduit dans le corps d'un patient, soupçonné de meurtre. Une fois l'homme réveillé, Joe et les filles reçoivent la visite de cet inconnu, insistant pour vivre sous leur toit et résoudre le mystère de son cas.
Un riche investisseur implore l'aide du Procureur Devalos pour retrouver son épouse disparue. Troublée par des visions qu'elle ne peut interpréter seule, Allison rend visite à Cynthia Keener en prison, au sujet de la victime d'un kidnapping, qui prend aujourd'hui sa revanche.
Une employée de banque se fait passer pour une médium en prédisant le braquage de l'agence à son patron qui doute de la véracité de ces prémonitions ; tout comme Allison durant l'enquête. En l'absence de Joe parti à San Diego, Ariel est responsable de ses sœurs.
Booth et Brennan suspectent l'assistante d'un artiste dépressif d'être l'auteure du meurtre de son mentor, maquillé en suicide dogmatique. Durant l'interrogatoire, celle-ci révèle être lesbienne et heureuse de revoir Angela, son premier amour...
Lors d'une séance d'entraînement, des policiers trouvent le corps d'un petit escroc en faisant exploser un laboratoire clandestin. L'investigation du FBI et de l'Institut Jefferson se complique lorsque l'identification de la victime révèle un second meurtre, lié au premier. Durant l'enquête, le frère cadet de Booth, Jared, lieutenant dans la Navy, est de passage à Washington...
Booth et Brennan s'envolent pour la Chine aider le gouvernement à identifier des ossements anciens. Mais en cours de vol, un homicide a été commis. Une fois la liaison établie avec l'Institut Jefferson, les coéquipiers enquêtent avec les moyens du bord et doivent résoudre ce crime avant l'atterrissage de l'avion et la perte de leur juridiction...
Booth et Brennan enquêtent sur le meurtre d'un ancien officier des Forces Spéciales, devenu précepteur auprès d'une famille fortunée. Malgré ses réticences, Brennan finit par accepter la nomination de son père au sein de l'Institut Jefferson comme professeur de sciences physiques...
Booth et Brennan se rendent dans le désert du Texas où les dépouilles de sœurs siamoises sont retrouvées. Pour les besoins de l'enquête, ils se font passer pour une funambule et un lanceur de couteau dans le cirque où les sœurs aimaient se donner en spectacle...
Un pompier volontaire est retrouvé mort après avoir disputé un match de hockey contre l'équipe de Booth, avec qui il a eu une altercation sur la glace. Étant le principal suspect du meurtre, Booth est écarté de l'enquête. Brennan doit collaborer avec l'agent Perotta...
Le tueur en série surnommé le Fossoyeur refait surface et enlève l'agent Booth. Au même moment, le FBI suspecte un membre de l'Institut Jefferson d'avoir volé une des pièces à conviction du dossier. En échange de la libération de Booth, dont les heures sont comptées, le Fossoyeur exige que Brennan et Hodgins lui remettent la preuve en question...
L'équipe de l'Institut Jefferson planche sur le meurtre d'une fan d'Heroic Fantasy, commis la veille d'une convention où doit se dérouler une importante vente aux enchères. Booth souffrant, Brennan mène l'enquête avec l'agent Perotta...
Le corps d'un vendeur de voitures, le meilleur de son agence, est clairement identifié au pied d'une falaise. L'enquête sur les circonstances de la mort donne du fil à retordre à l'équipe de Brennan car les os de la victime se désintègrent à une vitesse phénoménale...
Trois mois après sa disparition, une adolescente est retrouvée dans un silo à sel. Lorsque l'équipe de l'Institut Jefferson découvre qu'elle était enceinte, Booth et Brennan vont enquêter au lycée de la jeune fille où ses amies avaient conclu un pacte de fertilité avec leurs homologues volleyeurs...