Un étudiant en faculté d'histoire est retrouvé mort sur un terrain en friche, exécuté d'une balle dans la tête et habillé en uniforme nazi d'époque. Première étape pour Wagner et son équipe : se rapprocher des groupuscules extrémistes et s'informer auprès d'une spécialiste en histoire militaire. Wagner décide alors de suivre la piste d'une vieille légende locale : le transport vers l'Allemagne par le fleuve d'une énorme quantité d'œuvres d'art et d'or spoliés, « l'or du Rhin ».
Le corps d'un jeune homme est extrait du cours d'eau dans lequel il flottait. Le capitaine Wagner et son équipe sont chargés de l'affaire. Dans la soirée, lors d'un vernissage à la galerie du designer Peter Breck auquel Wagner et sa mère sont invités, une créatrice indépendante et professeure d'Art Déco est également retrouvée morte. Wagner est donc chargé d'élucider les deux meurtres. Les deux victimes étaient des connaissances de Breck, qui n'est autre que le mari d'Élise Beaumont…
Émeline partage sa vie avec Luc, un ancien repris de justice qui travaille comme peintre en bâtiment. Avec leurs deux enfants, le couple veut désormais croire au bonheur. Mais un soir, Luc rentre à la maison blessé. Il s'occupe de refaire des peintures pour la mairie de la ville mais semble s'être énervé et bagarré sur le chantier… Or, le lendemain, Émeline découvre dans le journal que l'adjointe au maire a été victime, la veille, d'un cambriolage qui a mal tourné et se trouve dans le coma.
Ana s'apprête à se marier avec son compagnon Luc et s'installe dans le grand appartement de son fiancé, qui va rapidement devenir son pire cauchemar… Luc commence à avoir un comportement étrange, Ana est filmée dans son sommeil par un intrus… Des images qui la glacent… Et d'où sortent ces objets inquiétants qui apparaissent soudainement sur les meubles de la chambre ?
Jeanne est médecin généraliste et partage sa vie depuis quelques années avec Clément Girard, 47 ans, courtier en assurances. Ce jour-là, à son cabinet, elle reçoit la visite d'une nouvelle patiente, Chloé Lapeyre. Celle-ci arrive en larmes et demande un arrêt de travail en expliquant qu'elle est victime de harcèlement sexuel au travail… La vie de Jeanne bascule quand elle comprend que le harceleur n'est autre que l'homme avec qui elle vit depuis 8 ans.
Allison suspecte qu'une femme disparue puisse être victime de ses enfants qui entretiennent une relation très particulière. Pendant ce temps, Sarah, la sœur de Joe, s'installe chez les Dubois après une énième dispute avec son mari et Ariel insiste pour partir au ski avec ses amis.
Un inconnu a tiré sur Devalos et Allison. Pour enrayer la tragédie actuelle, la médium revit des événements survenus cinq ans plus tôt. À l'époque, elle était enceinte de Marie et ne travaillait pas encore pour le bureau du Procureur, qu'elle essaie de nouveau de convaincre de ses dons, pour empêcher Devalos de condamner un innocent…
Lucas Harvey harcèle Allison, convaincu que la médium agit sans prendre en compte la volonté de Dieu. Devenu une véritable menace pour les Dubois, la famille est confinée à son domicile et mise sous surveillance de la police.
Même mort, le fanatique Lucas Harvey continue de persécuter Allison à travers ses rêves, et va jusqu'à s'en prendre à Bridgette. De son côté, Joe essaye d'utiliser les dons de Marie pour prévoir le cours de la bourse...
Suite à une offre généreuse provenant de la Lydecker Corporation, Allison démissionne du bureau du Procureur durant une enquête sur des disparitions. Alors qu'elle commence son nouveau travail, Allison met ses anciens employeurs sur la piste d'un tueur en série.
En relevant des indices sur le lieu d'un accident de la route qui a coûté la vie à une femme, la police trouve son bébé, miraculeusement rescapé du sinistre. Brennan devient alors responsable de l'enfant jusqu'à ce que l'enquête pour homicide volontaire soit bouclée...
Le procès de Max Keenan pour le meurtre du directeur du FBI se présente mal. Brennan, partagée entre son devoir et sa famille, travaille pour la défense et espère voir son père bientôt libre. Face à elle, les membres de son équipe constituent l'accusation. Booth est le premier témoin appelé à la barre...
Booth recherche l'assassin d'un séduisant coach sportif amateur de chant, qui espérait être remarqué par un producteur et embrasser une carrière artistique. Parmi les suspects, une femme, dont l'obsession pour la victime se reporte aussitôt sur Booth. Quand soudain, un drame laisse l'équipe de l'Institut sous le choc...
L'affaire Gormogon monopolise les médias après la découverte d'un cinquième squelette, dont certains éléments ont été dissimulés dans l'Institut Jefferson. Sur place, la tension est palpable car chaque employé devient un suspect potentiel, avec la possibilité qu'un des membres de l'équipe de Brennan soit l'apprenti de Gormogon...
Booth et Brennan se rendent sur le Vieux Continent pour donner chacun une conférence : l'un à Scotland Yard, l'autre à l'université d'Oxford. Durant ce séjour, leurs homologues londoniens sollicitent leur expertise pour résoudre un meurtre impliquant une famille de la noblesse anglaise...
Après deux semaines passées à Londres, Booth et Brennan sont sur le départ mais ils sont retenus par une terrible nouvelle : le séduisant professeur Wexler a été assassiné à son domicile. De l'autre côté de l'Atlantique, malgré l'annonce de leur mariage, les relations entre Angela et Hodgins se détériorent avec la présence de Grayson...
Après avoir retrouvé les restes d'un présentateur télé dans une fosse septique, Booth et Brennan recherchent le meurtrier de celui qui dénonçait les conjoints infidèles en les piégeant dans son show. En parallèle, Booth apprend que Brennan flirte avec deux hommes...
Lorsque Parker trouve un doigt humain dans le parc du Jefferson Memorial, Booth s'inquiète des traumatismes pour son fils alors qu'une enquête est ouverte pour homicide. La victime, un vétérinaire, semble avoir succombé aux morsures d'un animal domestique. Booth et Brennan cherchent un lieu où sont organisés des combats de chiens clandestins...
La dépouille d'une responsable de service est retrouvée dans la cage d'ascenseur de son lieu de travail. En interrogeant les employés, Booth et Brennan constatent que les suspects et les mobiles ne manquent pas : la victime était autant détestée de ses collègues que de ses supérieurs...
Grâce aux marques laissées par de nombreuses interventions esthétiques, l'équipe de l'Institut Jefferson a pu identifier une moitié de corps trouvé dans la baie de Chesapeake comme étant celui d'une femme, sur le point de devenir pasteur dans le Maryland. Lorsque l'autre partie du corps est retrouvée, la détermination du sexe de la victime pose à nouveau problème...