Un squelette étrangement luminescent est retrouvé dans une maison abandonnée. À l'Institut, personne n'est capable d'expliquer ce phénomène de phosphorescence des os. Après identification, Brennan est triste de travailler sur le meurtre d'une chef cuisinier chez qui elle aimait aller dîner. Le fiancé puis l'amant de la victime sont soupçonnés...
Lorsqu'un cadavre de petite taille est retrouvé à l'intérieur d'un entrepôt désaffecté, l'équipe du docteur Sorayan émet des hypothèses contradictoires : enfant ou personne âgée ? Lors de cette affaire, le père de Brennan réapparaît pour parler de sa famille. Enfin, Angela et Hodgins songent à se marier, mais rien ne se passe vraiment comme prévu...
Le tueur en série Howard Epps s'est échappé de prison par la grande porte. Il fomente maintenant sa vengeance contre son ennemi juré, Brennan, en lui attribuant l'entière responsabilité de tous les crimes à venir. Epps exécute ses menaces et vise l'entourage de l'anthropologue judiciaire : Angela, Seely puis Camilla...
Marie et Jérémy forment un jeune couple sans histoire... jusqu'au jour où Jérémy a un accident de voiture. Rien de grave, sauf que ce soir-là, Jérémy avait prétendu être en week-end avec des copains, or Marie le découvre à l'hôpital en compagnie d'une femme dont elle n'avait jamais entendu parler… Qui est cette femme ? Pourquoi Jérémy lui a-t-il menti ? S'agit-il d'un banal adultère ou de quelque chose de bien plus troublant ?
Victor, père de famille, est confronté à une terrible situation sous son propre toit : du jour au lendemain, sa femme Stella et son fils Adam se mettent à lui mentir effrontément. Ils affirment que le bras cassé d'Adam est dû à une vilaine chute en VTT, puis à une bagarre au lycée, puis à une agression dans le voisinage… Pourquoi tous ces mensonges successifs autour d'un bras cassé ?
Ana s'apprête à se marier avec son compagnon Luc et s'installe dans le grand appartement de son fiancé, qui va rapidement devenir son pire cauchemar… Luc commence à avoir un comportement étrange, Ana est filmée dans son sommeil par un intrus… Des images qui la glacent… Et d'où sortent ces objets inquiétants qui apparaissent soudainement sur les meubles de la chambre ?
Même mort, le fanatique Lucas Harvey continue de persécuter Allison à travers ses rêves, et va jusqu'à s'en prendre à Bridgette. De son côté, Joe essaye d'utiliser les dons de Marie pour prévoir le cours de la bourse...
Suite à une offre généreuse provenant de la Lydecker Corporation, Allison démissionne du bureau du Procureur durant une enquête sur des disparitions. Alors qu'elle commence son nouveau travail, Allison met ses anciens employeurs sur la piste d'un tueur en série.
Grâce aux indications d'Allison, Scanlon arrête le détective complice du tueur, qui lui, est toujours en cavale. Peu après, Mr. Lydecker contraint Allison à respecter leur contrat et lui interdit désormais de collaborer avec le bureau du Procureur. Chez les Dubois, de récents événements poussent Ariel à prendre des pilules contre l'anxiété.
Allison doit prendre une décision importante car ses nouvelles fonctions chez Lydecker entrent sérieusement en conflit avec ses principes et son ancien job. En effet, la médium n'a pas le droit d'aider le bureau du procureur à arrêter le tueur en série sous peine de poursuites.
Après s'être évanouie sur une scène de crime, Allison tombe dans le coma. Pendant son hospitalisation, son esprit s'introduit dans le corps d'un patient, soupçonné de meurtre. Une fois l'homme réveillé, Joe et les filles reçoivent la visite de cet inconnu, insistant pour vivre sous leur toit et résoudre le mystère de son cas.
Après avoir retrouvé les restes d'un présentateur télé dans une fosse septique, Booth et Brennan recherchent le meurtrier de celui qui dénonçait les conjoints infidèles en les piégeant dans son show. En parallèle, Booth apprend que Brennan flirte avec deux hommes...
Lorsque Parker trouve un doigt humain dans le parc du Jefferson Memorial, Booth s'inquiète des traumatismes pour son fils alors qu'une enquête est ouverte pour homicide. La victime, un vétérinaire, semble avoir succombé aux morsures d'un animal domestique. Booth et Brennan cherchent un lieu où sont organisés des combats de chiens clandestins...
La dépouille d'une responsable de service est retrouvée dans la cage d'ascenseur de son lieu de travail. En interrogeant les employés, Booth et Brennan constatent que les suspects et les mobiles ne manquent pas : la victime était autant détestée de ses collègues que de ses supérieurs...
Grâce aux marques laissées par de nombreuses interventions esthétiques, l'équipe de l'Institut Jefferson a pu identifier une moitié de corps trouvé dans la baie de Chesapeake comme étant celui d'une femme, sur le point de devenir pasteur dans le Maryland. Lorsque l'autre partie du corps est retrouvée, la détermination du sexe de la victime pose à nouveau problème...
Booth et Brennan suspectent l'assistante d'un artiste dépressif d'être l'auteure du meurtre de son mentor, maquillé en suicide dogmatique. Durant l'interrogatoire, celle-ci révèle être lesbienne et heureuse de revoir Angela, son premier amour...
Lors d'une séance d'entraînement, des policiers trouvent le corps d'un petit escroc en faisant exploser un laboratoire clandestin. L'investigation du FBI et de l'Institut Jefferson se complique lorsque l'identification de la victime révèle un second meurtre, lié au premier. Durant l'enquête, le frère cadet de Booth, Jared, lieutenant dans la Navy, est de passage à Washington...
Booth et Brennan s'envolent pour la Chine aider le gouvernement à identifier des ossements anciens. Mais en cours de vol, un homicide a été commis. Une fois la liaison établie avec l'Institut Jefferson, les coéquipiers enquêtent avec les moyens du bord et doivent résoudre ce crime avant l'atterrissage de l'avion et la perte de leur juridiction...
Booth et Brennan enquêtent sur le meurtre d'un ancien officier des Forces Spéciales, devenu précepteur auprès d'une famille fortunée. Malgré ses réticences, Brennan finit par accepter la nomination de son père au sein de l'Institut Jefferson comme professeur de sciences physiques...
Booth et Brennan se rendent dans le désert du Texas où les dépouilles de sœurs siamoises sont retrouvées. Pour les besoins de l'enquête, ils se font passer pour une funambule et un lanceur de couteau dans le cirque où les sœurs aimaient se donner en spectacle...
Un pompier volontaire est retrouvé mort après avoir disputé un match de hockey contre l'équipe de Booth, avec qui il a eu une altercation sur la glace. Étant le principal suspect du meurtre, Booth est écarté de l'enquête. Brennan doit collaborer avec l'agent Perotta...
Odessa Berken, adjudant-chef de la gendarmerie maritime, est investie d'une enquête pour disparition inquiétante sur la base navale de Brest. Le chef de l'unité des fusiliers marins, Frédéric Le Gall, a signalé l'absence suspecte d'un de ses hommes, Yassin Rhaled, 22 ans. Bientôt, le corps du soldat est repêché au pied des falaises de la presqu'île de Crozon. Si son arrivée sur le port militaire ne passe pas inaperçue, Odessa ne se laisse pas intimider par le silence de ses collègues...
Caroline Dubreuilh, capitaine de gendarmerie, est confrontée à sa première affaire de meurtre. Sabrya, 18 ans, a été tuée en rentrant de la chorale où elle chantait. Caroline est contrainte de collaborer avec Louis Kleber, un flic en mi-temps thérapeutique qui a demandé à être muté dans ce commissariat pour se rapprocher de sa fille avec laquelle il est fâché, Hélène. Celle-ci se trouve être la pianiste de la chorale, où tous les membres semblent avoir quelque chose à cacher…