Au cœur des alpages, un berger est assassiné. Le village tout entier soupçonne l'ancienne institutrice. En effet, il y a quelques années, le défunt avait brisé la carrière de l'enseignante, mais surtout l’histoire d'amour avec son neveu, mineur à l'époque, dont le retour risque de remettre le feu aux poudres. Un duo d'enquêteurs, formé par l’officier de police judiciaire Marion Guichard et le lieutenant chargé de réguler la vie sauvage dans les campagnes Fred Roos, conduit les investigations...
Ambulanciers de nuit, Gerry et Camilla sont pris en otages par deux frères, Austin et Dermot, après un braquage. Dermot étant gravement blessé par balle et Austin refusant de le conduire à l'hôpital, Gerry et Camilla doivent le maintenir en vie à tout prix pour eux-mêmes échapper à la mort…
Virginie vit avec son second mari, Frédéric, et son fils Hugo, 17 ans, né d'une première union. Un soir, Frédéric revient avec sa voiture accidentée, sans donner la moindre explication. Le lendemain, Virginie apprend avec stupeur dans la presse qu'un terrible accident a eu lieu à quelques kilomètres : une jeune femme a été percutée par un véhicule identique à celui de son mari…
L'existence d'Anne-Lise, 45 ans, va brutalement plonger dans l'horreur lorsqu'un tueur s'attaque à des gens portant le même tatouage que Pierre, l'homme avec qui Anne-Lise connaît enfin l'amour. Que signifie réellement ce tatouage ? Qui est l'assassin ?
Clémence, femme au foyer, a tout pour être heureuse : une existence aisée dans un bel hôtel particulier avec son mari Jean, chef d'entreprise prospère, et sa fille de 11 ans, Enola.
Dans les années 50, la sténographe Temperance Brennan travaille au sein de la police de Los Angeles. Malgré la mise à pied de son père, le chef de la police, pour avoir désobéi à ses ordres, l'inspectrice tenace va faire alliance avec un cambrioleur de haut-vol, Seeley Booth, pour le disculper du meurtre d'une femme riche dont les os ont été retrouvés dans son coffre-fort.
Le corps d'une jeune femme est retrouvé dans un tronc d'arbre. Fille de pasteur et homosexuelle, la victime était également médium. Avalon Harmonia vient apporter son expertise discrète et affirme par ailleurs être en contact avec Sweet, qui aurait célébré ses 30 ans…
Une jeune assistante d'éducation est retrouvée morte dans une librairie abandonnée. Très impliquée dans son travail, la victime aidait des enfants défavorisés mais Caroline tient à ce que l'enquête ne ternisse pas davantage l'image de ces quartiers difficiles. Encouragée par Booth et son éditrice, Bones accepte de créer un compte twitter…
Un ex-détenu trouve la mort dans l'explosion d'une mine désaffectée. La victime, qui avait intégré un programme de réinsertion dans une boulangerie, avait semble-t-il réussi à s'échapper avant d'être poursuivie par son tortionnaire… Par ailleurs, Camille est bouleversée par le probable départ d'Arastoo pour l'Iran où il doit rendre visite à son frère atteint d'un cancer incurable.
Dans le cadre d'une enquête sur le meurtre d'un joueur de mini-golf, Booth et Brennan interrogent ses possibles rivaux, qui s'affrontent lors d'un tournoi très compétitif. Par ailleurs, Temperance soupçonne son père de lui cacher quelque chose ; une crainte confirmée lorsque Max est arrêté pour avoir pillé la tombe d'un fugitif recherché par le FBI…
Bones découvre qu'elle est à nouveau enceinte et tous deux décident de garder le secret pour l'instant. La joie de l'anthropologue est néanmoins assombrie lorsque Booth, pour les besoins d'une enquête sur le meurtre d'un joueur de poker, doit infiltrer le milieu malgré son addiction au jeu…
Chili Reuben, présentateur star d'une émission culinaire, a été assassiné. Parmi les derniers établissements visités, le « Royal Diner », dans lequel Booth et Bones ont leurs habitudes, avait récolté de sévères critiques de l'animateur... Par ailleurs, Hodgins apprend que son invention de revêtement anti-casse va être commercialisée, lui promettant une belle fortune à venir.
Une jeune et brillante élève d'une école privée est retrouvée morte après avoir disparu depuis plusieurs jours. Solitaire et harcelée par ses camarades, la jeune fille aurait été kidnappée et poignardée. Cette affaire touche personnellement Bones, qui reconnaît en la victime la jeune fille qu'elle était.
Avant l'exécution d'Alex Rockwell, condamné pour les meurtres de trois anciens détenus grâce aux preuves apportées par l'institut Jefferson, Bones reprend tous les indices et découvre qu'elle a commis une erreur. L'homme souffrait de lésions osseuses rendant impossibles ces crimes. L'équipe n'a que 48 heures pour l'innocenter à temps et identifier le vrai coupable…
Parti en Iran pour rendre visite à son frère, Arastoo se fait kidnapper par les hommes d'un membre très puissant du gouvernement. Ce dernier lui demande de déterminer la cause du décès de son fils, dont le meurtre a été maquillé en accident. Camille et Booth se rendent à Téhéran tandis que Bones, restée auprès de sa fille, reçoit la visite menaçante du bookmaker de son mari…
Mise en danger par les paris sportifs de Booth, Brennan demande à son mari de quitter le domicile conjugal. Malgré cette séparation perturbante pour tout le monde, l'équipe doit résoudre le meurtre d'une collectionneuse de boîtes à cookies dont le corps a été retrouvé dans une rivière…
Le corps d'un ancien détenu, reconverti en professeur de yoga après avoir appartenu à un gang de motards, est retrouvé dans une forêt incendiée. Booth et Brennan sont sur la voie de la réconciliation alors que Seeley va fêter ses 30 jours d'abstinence au jeu. De leur côté, Angela et Hodgins décident de s'installer à Paris pour changer de vie…
À une semaine du départ d'Angela et Hodgins pour Paris, Bones convainc Booth qu'il est également temps pour eux de changer de vie, entre l'arrivée du bébé et les épreuves endurées cette année. Leur dernière affaire fait alors ressurgir l'ombre de Christopher Pelant lorsqu'un corps écorché est retrouvé planté sur un obélisque dans une mise en scène rappelant les modes opératoires du tueur psychopathe…
Brennan et Booth ont changé de vie : Temperance se consacre à sa carrière d'écrivain et ses deux enfants tandis que Seeley est devenu instructeur pour les jeunes recrues du FBI. Mais un soir, le FBI retrouve un corps calciné dans une fourgonnette et tous les indices semblent indiquer qu'il s'agit de Booth. Brennan revient aussitôt à l'institut Jefferson pour inspecter elle-même les os, refusant de croire à la mort de son mari…
Brennan a prouvé que le corps carbonisé était celui du frère de Booth. Aubrey poursuit l'enquête avec l'agent Grace Miller des affaires internes, dont le co-équipier a disparu avec un document contenant les noms d'une centaine d'agents du FBI infiltrés. Gravement blessé, Booth s'efforce de rester en vie aux côtés des partenaires de crime de son frère…
Temperance est de retour à l'institut Jefferson, de même que Booth a repris son poste au FBI. Tous deux enquêtent sur le meurtre d'un inventeur dont les organes ont été revendus sur le dark web. Par ailleurs, Camille reçoit le soutien de ses collègues après sa rupture avec Arastoo et Hodgins organise une exposition photo pour Angela.
Emma Colin, jeune diplômée de médecine de Paris, arrive dans le petit village auvergnat de Valerande-les-Chantelles et s’installe dans le cabinet médical de Pierre Josset, le vétérinaire local et enfant du pays, de retour après une carrière citadine et un divorce.
Emma Colin, jeune diplômée de médecine de Paris, arrive dans le petit village auvergnat de Valerande-les-Chantelles et s’installe dans le cabinet médical de Pierre Josset, le vétérinaire local et enfant du pays, de retour après une carrière citadine et un divorce.