Alors que Marjorie, heureuse et enceinte, aborde une nouvelle page de sa vie, son quotidien va soudainement basculer dans l'horreur : son compagnon, prof de sport au lycée, vient d'être arrêté pour détournement de mineure.
Lola est une jeune femme de 22 ans confrontée aux soupçons de violence conjugale pesant sur son père et qui ne se doute pas que la vérité est bien plus inavouable encore. Lorsqu'elle rentre en France après plusieurs années à l'étranger, elle a hâte de retrouver ses parents et son petit frère de 15 ans, Kevin. Mais un soir, alors que Lola est absente, la famille semble avoir été victime d'un cambriolage qui a mal tourné : Marie, la mère, aurait été violemment bousculée par les intrus avant d'être transportée d'urgence à l'hôpital...
Émeline partage sa vie avec Luc, un ancien repris de justice qui travaille comme peintre en bâtiment. Avec leurs deux enfants, le couple veut désormais croire au bonheur. Mais un soir, Luc rentre à la maison blessé. Il s'occupe de refaire des peintures pour la mairie de la ville mais semble s'être énervé et bagarré sur le chantier… Or, le lendemain, Émeline découvre dans le journal que l'adjointe au maire a été victime, la veille, d'un cambriolage qui a mal tourné et se trouve dans le coma.
Allison voit des symboles partout et ne sait comment les interpréter : est-ce la conséquence de sa récente opération du cerveau, ou du serial killer qui sévit soudainement à Phoenix ? De son côté, Joe est mitigé quant à son nouvel emploi...
Dans son quartier, Allison retrouve un bébé enlevé par sa nourrice. En le rendant à sa famille, la médium ressent que le bébé n'est pas en sécurité chez lui. Tandis que Joe s'inquiète du comportement possessif d'Allison envers l'enfant, Marie se découvre un incroyable don musical...
À force de rêver du film culte des morts-vivants, dans lequel toute sa famille est mise en scène, Allison se réveille avec des morsures sur le corps. Désormais, elle craint les phases de sommeil dont les cauchemars sont liés au meurtre d'un directeur de funérarium...
Depuis l'accident d'Ariel, Allison roule en voiture de location et capte les conversations des gens via le poste radio. Elle entend notamment l'échange entre un braqueur et sa victime, sur qui le premier a fixé une ceinture d'explosifs pour l'envoyer dévaliser une banque...
Le jour où Ariel présente son petit ami Kyle à ses parents, Allison craint que celui-ci ne soit impliqué dans un meurtre. Les Dubois sont également inquiétés par Bridgette qui poste sur Internet des vidéos cocasses sur un voisin...
La voyante d'Angela indique à Bones un charnier situé sous une fontaine publique. Remis de son opération, Booth est de retour au FBI et participe à l'enquête qui révèle les agissements d'une secte. Cependant, le coma a bouleversé l'agent qui souhaite éclaircir ses sentiments amoureux envers Bones…
Le coursier d'un diamantaire russe est assassiné et sa précieuse mallette dérobée par un agent de la CIA, lui-même exécuté peu de temps après. Booth doit retrouver le meurtrier et le mystérieux contenu avant que la CIA, impliquée dans l'affaire, ne confisque les preuves à l'Institut Jefferson. En parallèle, la publication du nouveau livre de Brennan cause quelques tensions avec Booth.
Booth et Brennan cherchent la cause du décès d'un adolescent, membre de la communauté Amish. Parti à la découverte du monde moderne, le jeune homme avait un don pour le piano qui aurait pu causer sa perte. Pendant ce temps, Camilla veut aider Michelle, sous sa tutelle, à rester dans le droit chemin.
Le corps d'un voisin est retrouvé dans le four hawaïen autour duquel se réunissent tous les ans les familles d'un quartier chic de banlieue. Pendant que Booth et l'équipe de l'institut Jefferson recherchent le meurtrier, Parker Booth cherche une fiancée pour son père.
Brennan et Booth enquêtent sur un mystérieux cadavre qui se révèle être une momie égyptienne autrefois prêtée à l'Institut Jefferson. Le mystère redouble lorsque le conservateur de l'institut trouve la mort en préparant l'antique défunt pour une exposition...
Les restes d'un fermier, gérant d'un élevage de poulets élevés en batterie, sont retrouvés dans le lit d'une rivière. L'homme était sur le point d'hériter de l'entreprise et comptait de nombreux ennemis. Pendant ce temps, Angela fête ses six mois de célibat d'une façon étonnante.
Booth et Brennan enquêtent sur la mort d'un homme de petite taille, véritable star du catch. Suite à son intervention chirurgicale, Booth passe un test de tir. Il réalise alors qu'il n'est plus un aussi bon tireur d'élite qu'avant et va consulter son ami, le docteur Gordon Wyatt.
Lors d'une visite, un agent immobilier découvre un cadavre consumé dans une maison à vendre. Au cours de l'enquête, l'équipe de l'Institut Jefferson met en évidence deux corps à identifier. Par ailleurs, Booth accueille son grand-père Hank qui l'accompagne tout au long de l'investigation.
Booth et Brennan enquêtent sur la mort d'un facteur, devenu champion du monde d'un jeu vidéo vintage. La victime concentrait tant d'admiration et de jalousie depuis sa victoire que les suspects et les mobiles ne manquent pas.
À la veille des fêtes de fin d'année, Booth et Brennan planchent sur le cas d'un homme qui a tenté de dévaliser une banque déguisé en père Noël. Pendant ce temps, Brennan organise un dîner de Noël à la demande de son père, qui lui présente sa cousine, Margaret.
Psychiatre spécialiste des tueurs en série, Helen Hudson est sauvagement agressée par Daryll Lee Cullum, un psychopathe que la police parvient à arrêter. Helen devient agoraphobe et se terre dans son appartement. Elle garde un contact avec l'extérieur grâce à Internet et à son collaborateur, Andy. Mais après une série de meurtres, l'inspectrice Monahan fait appel à Helen...