Magnac-Laval (Haute-Vienne), le 11 janvier 2014. Peu avant minuit, un jeune pensionnaire de l’internat du Vieux-Collège découvre le corps sans vie de son surveillant, Francis Montmaud. L’homme de 58 ans gît dans l’escalier qui mène au dortoir ; il a reçu douze coups de couteaux, du thorax à la carotide. Pour les gendarmes en charge de l’enquête, ce serait forcément l’un des sept internes qui aurait fait le coup. Seulement, ceux-ci, âgés de 13 à 16 ans, sont unanimes : jamais ils n’auraient pu tuer Francis Montmaud. Tous appréciaient cet homme marié sans enfant qui se comportait comme un père. Alors, les enquêteurs feraient-ils fausse route ?
Mourmelon-le-Grand (Marne), le 2 juin 2018. Kévin Chavatte, 17 ans, est toujours amoureux d’Océane, une jolie blonde du même âge. L’idylle n’a pas duré, mais les deux ex sont restés très complices. Enfin, c’est ce que croyait Kévin… Car pendant des semaines, en secret, Océane, pourtant décrite par tous comme une jeune fille gentille et généreuse, et son nouveau petit ami Adrien auraient, tels deux amants diaboliques, minutieusement élaboré un terrible guet-apens pour assassiner l’adolescent.
Après son divorce avec Bernard, Isabelle a refait sa vie avec Philippe et élève avec lui sa fille Mélanie.
Patricia est prof de maths et élève seule Lucien, son fils de 15 ans, depuis son divorce et le départ de son ex-mari à l'autre bout de la France.
Hélène et Marc sont mariés depuis plus de 10 ans et parents de Sasha, 8 ans. La vie d'Hélène bascule le jour de l'anniversaire de Sasha. Elle attend avec son fils que Marc rentre du travail pour célébrer l'événement, ce dernier est injoignable… Alors qu'elle redoute le pire, Hélène reçoit un appel du commissariat qui va la plonger dans l'incompréhension la plus totale : Marc s'est présenté de lui-même au poste pour signaler que sa disparition est volontaire.
Le corps d'un trader est retrouvé coincé sous le tourniquet d'une aire de jeu. Brillant élément, la victime venait pourtant de faire perdre quelques 8 millions de dollars à sa société et ses collaborateurs. Par ailleurs, Bones et Booth doivent s'entendre sur l'éducation de leur fille après qu'elle a prononcé son premier gros mot…
L'institut Jefferson et le FBI enquêtent sur la mort du « seigneur des mots croisés », dont les os ont été endommagés par de l'acide. Par ailleurs, Bones, Angela et Camille tentent de sortir Daisy de l'influence qu'exerce sur elle une doula à la veille de son accouchement…
Le corps d'un professeur de psychologie, disséminé dans plusieurs endroits de l'État, donne du fil à retordre à Bones. L'homme menait des recherches sur l'obéissance aveugle avec des expérimentations plutôt controversées. Pendant que Booth reste au FBI pour réviser le code de la route, Wendell engage une relation avec une infirmière après la fin de son traitement.
Dans les années 50, la sténographe Temperance Brennan travaille au sein de la police de Los Angeles. Malgré la mise à pied de son père, le chef de la police, pour avoir désobéi à ses ordres, l'inspectrice tenace va faire alliance avec un cambrioleur de haut-vol, Seeley Booth, pour le disculper du meurtre d'une femme riche dont les os ont été retrouvés dans son coffre-fort.
Le corps d'une jeune femme est retrouvé dans un tronc d'arbre. Fille de pasteur et homosexuelle, la victime était également médium. Avalon Harmonia vient apporter son expertise discrète et affirme par ailleurs être en contact avec Sweet, qui aurait célébré ses 30 ans…
Une jeune assistante d'éducation est retrouvée morte dans une librairie abandonnée. Très impliquée dans son travail, la victime aidait des enfants défavorisés mais Caroline tient à ce que l'enquête ne ternisse pas davantage l'image de ces quartiers difficiles. Encouragée par Booth et son éditrice, Bones accepte de créer un compte twitter…
Un ex-détenu trouve la mort dans l'explosion d'une mine désaffectée. La victime, qui avait intégré un programme de réinsertion dans une boulangerie, avait semble-t-il réussi à s'échapper avant d'être poursuivie par son tortionnaire… Par ailleurs, Camille est bouleversée par le probable départ d'Arastoo pour l'Iran où il doit rendre visite à son frère atteint d'un cancer incurable.
Dans le cadre d'une enquête sur le meurtre d'un joueur de mini-golf, Booth et Brennan interrogent ses possibles rivaux, qui s'affrontent lors d'un tournoi très compétitif. Par ailleurs, Temperance soupçonne son père de lui cacher quelque chose ; une crainte confirmée lorsque Max est arrêté pour avoir pillé la tombe d'un fugitif recherché par le FBI…
Bones découvre qu'elle est à nouveau enceinte et tous deux décident de garder le secret pour l'instant. La joie de l'anthropologue est néanmoins assombrie lorsque Booth, pour les besoins d'une enquête sur le meurtre d'un joueur de poker, doit infiltrer le milieu malgré son addiction au jeu…
Chili Reuben, présentateur star d'une émission culinaire, a été assassiné. Parmi les derniers établissements visités, le « Royal Diner », dans lequel Booth et Bones ont leurs habitudes, avait récolté de sévères critiques de l'animateur... Par ailleurs, Hodgins apprend que son invention de revêtement anti-casse va être commercialisée, lui promettant une belle fortune à venir.
Une jeune et brillante élève d'une école privée est retrouvée morte après avoir disparu depuis plusieurs jours. Solitaire et harcelée par ses camarades, la jeune fille aurait été kidnappée et poignardée. Cette affaire touche personnellement Bones, qui reconnaît en la victime la jeune fille qu'elle était.
Avant l'exécution d'Alex Rockwell, condamné pour les meurtres de trois anciens détenus grâce aux preuves apportées par l'institut Jefferson, Bones reprend tous les indices et découvre qu'elle a commis une erreur. L'homme souffrait de lésions osseuses rendant impossibles ces crimes. L'équipe n'a que 48 heures pour l'innocenter à temps et identifier le vrai coupable…
Parti en Iran pour rendre visite à son frère, Arastoo se fait kidnapper par les hommes d'un membre très puissant du gouvernement. Ce dernier lui demande de déterminer la cause du décès de son fils, dont le meurtre a été maquillé en accident. Camille et Booth se rendent à Téhéran tandis que Bones, restée auprès de sa fille, reçoit la visite menaçante du bookmaker de son mari…
Mise en danger par les paris sportifs de Booth, Brennan demande à son mari de quitter le domicile conjugal. Malgré cette séparation perturbante pour tout le monde, l'équipe doit résoudre le meurtre d'une collectionneuse de boîtes à cookies dont le corps a été retrouvé dans une rivière…
Le corps d'un ancien détenu, reconverti en professeur de yoga après avoir appartenu à un gang de motards, est retrouvé dans une forêt incendiée. Booth et Brennan sont sur la voie de la réconciliation alors que Seeley va fêter ses 30 jours d'abstinence au jeu. De leur côté, Angela et Hodgins décident de s'installer à Paris pour changer de vie…
À une semaine du départ d'Angela et Hodgins pour Paris, Bones convainc Booth qu'il est également temps pour eux de changer de vie, entre l'arrivée du bébé et les épreuves endurées cette année. Leur dernière affaire fait alors ressurgir l'ombre de Christopher Pelant lorsqu'un corps écorché est retrouvé planté sur un obélisque dans une mise en scène rappelant les modes opératoires du tueur psychopathe…
C'est à Angoulême où elle vit que Marie Jourdan a convié son ami Paul Danceny à fêter son 35e anniversaire de mariage. Malheureusement, la fête est brutalement interrompue par des policiers qui viennent arrêter son fils Alex, marié et père d'une petite fille, pour le meurtre de sa maîtresse, une journaliste locale. Ce n'est que le début de la descente aux enfers pour Marie, dont le tableau familial idéal est de plus en plus lacéré par les révélations de l'enquête.
Au cœur des alpages, un berger est assassiné. Le village tout entier soupçonne l'ancienne institutrice. En effet, il y a quelques années, le défunt avait brisé la carrière de l'enseignante, mais surtout l’histoire d'amour avec son neveu, mineur à l'époque, dont le retour risque de remettre le feu aux poudres. Un duo d'enquêteurs, formé par l’officier de police judiciaire Marion Guichard et le lieutenant chargé de réguler la vie sauvage dans les campagnes Fred Roos, conduit les investigations...