Un cadavre est retrouvé sur le site d'un immeuble en construction. Après avoir identifié la victime, Booth et Brennan découvrent que l'homme menait une double vie familiale et professionnelle. De bons mobiles pour un meurtre...
Le corps d'une femme enceinte est retrouvé dans une rivière. L'ex-petit ami de la victime est le principal suspect, mais il disparaît lorsque la police cherche à l'interroger. L'équipe découvre alors que le fœtus n'est pas celui de la femme décédée...
Le FBI enquête sur la mort d'une fillette de 9 ans, ancienne Miss, disparue depuis deux mois. Dans un premier temps, Booth et Brennan soupçonnent les parents, puis le frère et la mère d'une concurrente, avant d'étendre leurs recherches à toutes les reines de beauté...
Victor, père de famille, est confronté à une terrible situation sous son propre toit : du jour au lendemain, sa femme Stella et son fils Adam se mettent à lui mentir effrontément. Ils affirment que le bras cassé d'Adam est dû à une vilaine chute en VTT, puis à une bagarre au lycée, puis à une agression dans le voisinage… Pourquoi tous ces mensonges successifs autour d'un bras cassé ?
À quelques semaines de son mariage, Marc Alvares est confronté à une terrible situation… Du jour au lendemain, sa compagne Stéphanie ne veut plus l'épouser. Elle vient de recevoir une lettre, dont elle cache le contenu, qui la bouleverse littéralement. Peu après la réception de cet étrange courrier, Stéphanie annonce à Marc que le mariage n'est plus possible et disparaît sans laisser de traces. Que contenait cette lettre ? Qu'est-ce qui a pu mettre Stéphanie dans un tel état ? Stéphanie est-elle en danger ou est-elle une manipulatrice ? Marc va tout faire pour comprendre ce qui arrive à sa fiancée et découvrir ainsi l'incroyable vérité…
Hervé est un père de famille qui idolâtre l'héroïne de sa vie, Clara, 17 ans, sa fille unique qu'il élève seul depuis la disparition de sa femme. Hervé a toutes les raisons d'être fier de Clara : la jeune femme est championne de patinage artistique. Jusqu'au jour où la police débarque chez eux et accuse la championne-modèle d'avoir commis un acte odieux : on l'a formellement identifiée en train de briser la jambe de sa rivale, Laure, 17 ans, avec une batte de base-ball. Ce n'est que le début d'une terrible enquête pour Hervé, qui mettra tout en œuvre pour innocenter sa fille. Mais au fil des indices, une vérité inacceptable fera son chemin : et si Clara était vraiment coupable de cet acte odieux ?
L'association de Joe et Megan s'effrite bien que l'avenir de leur entreprise soit prometteur. De son côté, Allison aide Scanlon à coincer le meurtrier d'un baron local de la drogue. Or, ses visions les mènent vers un homme handicapé, dans l'incapacité de commettre un crime…
Allison aide une amie du procureur Devalos à résoudre le meurtre de sa sœur survenu six mois auparavant. Dès le départ, la médium est confuse car ses visions indiquent que l'assassin est l'ex-mari, décédé deux ans plus tôt. En parallèle, l'école de Bridget interpelle les Dubois sur les dessins de leur fille.
Allison est perplexe car ses visions lui indiquent qu'un homme est témoin de plusieurs homicides. Loin d'être un fantôme, cet inconnu se livre en réalité à un odieux chantage sur les criminels...
En travaillant sur un crime non résolu, commis il y a 17 ans, Allison expose sa famille à un grave danger en adoptant le comportement compulsif du seul témoin de l'affaire. Dans le même temps, au contact de David, le nouveau collègue de Joe, le mystère s'éclaircit…
Après avoir disparu pendant six heures, Allison rentre à son domicile sans aucun souvenir de son absence. Au fur et à mesure, la mémoire lui revient : elle craint avoir renversé et tué un clandestin avec sa voiture...
En vacances avec Sully, Brennan est rappelée pour enquêter sur la mort d'une jeune asiatique évidée de ses os. Booth retrouve alors l'ancien petit ami de la jeune femme, collectionneur de chinoiseries, et plonge avec Brennan dans l'univers des coutumes ancestrales orientales...
Après la rupture d'une conduite d'eau à proximité d'un cimetière, Brennan doit identifier les dépouilles éparpillées. Pourtant classé site historique depuis les années cinquante, ce lieu funéraire contient le corps d'un homme, enterré trois ans plus tôt : l'ancien prêtre de la paroisse. L'investigation confronte alors l'athéisme de Bones et les croyances de Booth...
À Baltimore, les autorités ont retrouvé le squelette d'un homme assassiné puis coulé dans le béton. La victime, Hugh Kennedy, appartenait à une famille du grand banditisme qu'aurait pu côtoyer le père de Brennan. Or, Booth découvre que Kennedy n'est pas mort, et en partant à sa recherche, se fait kidnapper. Brennan sollicite alors l'aide de son père pour sauver son coéquipier...
Un homme au squelette brisé en mille morceaux est découvert dans un champ en Floride. Il s'agit d'un ancien astronaute qui formait son successeur à l'Agence Spatiale. Cette enquête est l'occasion pour Brennan et Booth d'effectuer un vol en navette dans les conditions de l'apesanteur...
Un squelette étrangement luminescent est retrouvé dans une maison abandonnée. À l'Institut, personne n'est capable d'expliquer ce phénomène de phosphorescence des os. Après identification, Brennan est triste de travailler sur le meurtre d'une chef cuisinier chez qui elle aimait aller dîner. Le fiancé puis l'amant de la victime sont soupçonnés...
Lorsqu'un cadavre de petite taille est retrouvé à l'intérieur d'un entrepôt désaffecté, l'équipe du docteur Sorayan émet des hypothèses contradictoires : enfant ou personne âgée ? Lors de cette affaire, le père de Brennan réapparaît pour parler de sa famille. Enfin, Angela et Hodgins songent à se marier, mais rien ne se passe vraiment comme prévu...
En examinant un crâne marqué par des dents humaines, l'équipe de l'Institut Jefferson met à jour une organisation secrète suspectée de cannibalisme. L'enquête nébuleuse mène Booth et Brennan sur les traces des Illuminati. Pour épouser Hodgins, Angela engage un détective afin de retrouver son premier mari...
Brennan planche sur la mort d'une mère de footballeur dans l'explosion de son mini-van. Booth découvre que, dans les années 70, la victime était un membre actif d'un groupuscule révolutionnaire armé, traqué par le FBI. Pendant son temps libre, Brennan rend visite à son père en prison...
Le fondateur d'une chaîne de supermarchés bio est retrouvé mort dans l'incinérateur organique de sa firme. Booth songe à un acte de vengeance, mais la présence d'une seconde victime sur les lieux remet sa théorie en cause. Dans le cadre de leur collaboration, Booth et Brennan sont assignés à des séances communes de psychothérapie...
Après avoir retrouvé le corps d'une employée dans l'incinérateur de l'Institut Jefferson, Booth et Brennan soupçonnent un trafic d'antiquités au sein de l'établissement. Mais les choses se compliquent lorsqu'ils découvrent que la victime avait une liaison avec l'un des responsables et que les preuves mènent à l'insaisissable « Gormogon », le tueur en série cannibale...
Le corps sans vie de Pierre Saint Florent a été retrouvé sur une plage de Martigues. Le défunt est vêtu d'une tenue de plongeur. Elisabeth Richard, vice-procureure, et Paul Jansac, commandant de gendarmerie, font à nouveau équipe pour enquêter. Le Dr Edmond connaît la victime, âgée de 35 ans. L'autopsie révèle qu'il s'agit d'un crime. Les enquêteurs découvrent rapidement que les familles Saint Florent et Dos Santos se vouent une haine sans merci.
Élisabeth Richard enquête à Maussane, dans les Alpilles, sur le meurtre de Caroline Autiero. La jeune femme photographiait des ruines antiques quand elle a reçu une balle dans la tête. En compagnie de Paul Jansac, Élisabeth interroge Laurent, le mari de Caroline, propriétaire d'un moulin à huile. Il semble très abattu par la nouvelle. Sur une vidéo de surveillance, les enquêteurs découvrent que Laurent et son épouse se sont violemment disputés quelques jours auparavant...