Afin de vendre la maison familiale après le décès de sa mère, Noelle revient dans sa ville natale pour les fêtes de fin d'année. À peine arrivée, elle tombe sur un inconnu, Dave, en train de décorer sa maison car il avait fait la promesse à la mère de Noelle de continuer cette tradition. Alors qu'elle ne devait rester que deux jours, la météo la contraint à prolonger son séjour, ce qui lui permet d'apprendre à mieux connaître Dave…
Le prince Duncan de Balemont doit se marier à Noël avec une parfaite inconnue. Refusant ce mariage arrangé, il fuit l'Europe pour les États-Unis et, après avoir mis sa voiture dans un fossé, se retrouve bloqué dans une petite ville loin de New York. Gardant son identité secrète, le prince tombe alors sous le charme d'Emma, une serveuse élevant seule sa sœur de 17 ans, et décide de rester plus longtemps que prévu...
Cette semaine, Brigitte, Natacha, Marie, Auriana et Thaïs devront composer la tenue idéale sur le thème « Élégante en hiver avec un chapeau » avec un budget de 500 euros.
En se rendant à la veillée funèbre d'un médecin légiste de l'Institut Jefferson, Brennan remarque que le défunt n'est pas mort d'une crise cardiaque mais a été assassiné. En toute discrétion, l'équipe se met au défi de déterminer la cause du décès avant la mise en terre...
Ken, de la police de Tokyo, demande un service à son ami Booth : retrouver sa sœur Sachi, partie à New York et dont il est sans nouvelle depuis peu. Après avoir découvert la dépouille de la jeune femme, curieusement assassinée, Booth et Brennan mènent l'enquête avec leurs homologues japonais venus spécialement les rejoindre, Ken et le docteur Tanaka...
Suite au meurtre d'un étudiant, membre actif d'une fraternité, Booth et Brennan interrogent élèves et professeurs du campus. De son côté, Booth s'entête à trouver un nouvel emploi à son frère Jared qui préfère partir vivre en Inde...
Booth et l'équipe de l'Institut Jefferson doivent résoudre le meurtre d'un critique œnologique. Durant l'enquête, Brennan décide de concevoir un enfant et suggère à Booth d'en être le père biologique. Bouleversé par cette demande, Booth est victime d'hallucinations mettant alors en évidence un grave souci de santé...
Toujours plongé dans le coma, le subconscient de Booth lui fait entrevoir la vie dont il rêvait dans les bras de Brennan : tous deux gèrent en couple une boîte de nuit, où travaille l'équipe de l'Institut Jefferson. Jared et Camilla enquêtent sur un meurtre commis dans le club, menacé de fermeture et défendu par maître Caroline Julian...
La voyante d'Angela indique à Bones un charnier situé sous une fontaine publique. Remis de son opération, Booth est de retour au FBI et participe à l'enquête qui révèle les agissements d'une secte. Cependant, le coma a bouleversé l'agent qui souhaite éclaircir ses sentiments amoureux envers Bones…
Le coursier d'un diamantaire russe est assassiné et sa précieuse mallette dérobée par un agent de la CIA, lui-même exécuté peu de temps après. Booth doit retrouver le meurtrier et le mystérieux contenu avant que la CIA, impliquée dans l'affaire, ne confisque les preuves à l'Institut Jefferson. En parallèle, la publication du nouveau livre de Brennan cause quelques tensions avec Booth.
Booth et Brennan cherchent la cause du décès d'un adolescent, membre de la communauté Amish. Parti à la découverte du monde moderne, le jeune homme avait un don pour le piano qui aurait pu causer sa perte. Pendant ce temps, Camilla veut aider Michelle, sous sa tutelle, à rester dans le droit chemin.
Alors qu'ils font une thérapie de couple, Lynette apprend que Tom sort avec quelqu'un d'autre. La vision d'un modèle nu à son cours d'art provoque l'hilarité chez Susan. Pour la calmer, le professeur prend la décision radicale d'imposer à tous les élèves de se déshabiller lors de la séance suivante. Gabrielle découvre les tâches qui lui incombent en tant que nouvelle présidente de l'association des parents d'élèves tandis que Bree s'investit dans l'association de Ben, qui œuvre pour les sans-abris...
En apprenant que le projet immobilier de Ben doit se construire à l'endroit exact où elles ont enterré Ramon Sanchez, Gabrielle, Bree et Lynette cherchent un moyen d'exhumer et de déplacer le corps. Le soir d'Halloween, Susan se voit confier la garde du fils de son professeur d'art ; un service qui lui est présenté comme un stage... Jalouse des rapports qu'entretiennent Penny et Jane, Lynette entend confectionner elle-même le costume d'Halloween de sa fille...
Bree découvre que c'est Ben qui a déterré le corps du beau-père de Gabrielle. Encouragée par Renée à ne pas se laisser faire, Lynette commence à répandre des mensonges sur le compte de Jane auprès de sa fille Penny. Persuadés de finir en prison, Carlos et Gaby veulent convaincre Bob et Lee que leurs filles ne sont plus des terreurs afin qu'ils deviennent leurs tuteurs légaux. Susan, quant à elle, cherche à satisfaire les exigences artistiques de son professeur...
Persuadé de son implication dans la disparition d'Alejandro, l'agent Chuck Vance commence à faire pression sur Bree. Après avoir peint une toile inspirée par le meurtre, Susan doit trouver un moyen d'empêcher son œuvre d'être exposée et vendue dans une galerie. Noyant sa culpabilité dans l'alcool, Carlos ne peut se rendre au travail ; Gabrielle prend alors les choses en main pour sauver un contrat de plusieurs millions de dollars. De son côté, Lynette fomente un plan pour sauver son couple à l'occasion de son anniversaire de mariage avec Tom...
Chuck Vance contacte individuellement Lynette, Susan et Gaby pour les interroger sur la disparition et le possible meurtre d'Alejandro. Accusée par ses amies d'avoir provoqué Vance en mettant fin à son histoire avec lui, Bree sombre dans le désespoir. Par ailleurs, Lynette demande une faveur à Tom alors qu'il s'apprête à s'envoler avec Jane pour Paris, et Susan se voit offrir une opportunité de carrière à New York...
Bree se prépare à commettre l'irréversible dans un motel, maintenant que ses amies lui ont tourné le dos et que sa vie est emportée dans une spirale infernale. Gaby commence à suspecter son mari d'être impliqué dans le meurtre de Chuck Vance, renversé par une voiture. Tom se résout à annuler son voyage à Paris pour venir en aide à Lynette, qui lui a confessé être complice d'un meurtre. De son côté, Susan est déterminée à partir à New York, avec ou sans Mike...
Carlos en cure de désintoxication, Gabrielle demande à Lynette de l'aider à préparer un dîner d'affaire très important. Renee vient au secours de Bree et lui propose une sortie pour oublier ses ennuis. Mike découvre que Ben, en prise à des problèmes financiers, a recours à des moyens détournés pour mener à bien son projet. Susan, quant à elle, se met en quête de retrouver la famille d'Alejandro pour voir comment ils font face à la disparition de ce dernier...
Bree continue de sombrer alors que sa consommation d'alcool augmente, de même que ses aventures sans lendemain. Lynette vit son premier rendez-vous galant depuis sa séparation avec Tom. Claudia, la femme d'Alejandro, débarque à Wisteria Lane, persuadée que son mari entretient une liaison avec Susan. Dans le même temps, Gabrielle découvre que son beau-père abusait aussi de Marisa, la fille de Claudia...
Dans la famille Sullivan, la tradition veut que les fiancés se marient à Noël et que la mère de la mariée offre un patchwork fait de ses mains au couple. Leur mère étant décédée, Liam décide d’offrir un patchwork à sa sœur Lauren, sur le point d’épouser Jack. Liam fait appel à Amy, qui donne des cours de couture dans un centre culturel. Devenus très complices, leur idylle naissante va être fragilisée par un projet de voyage que Liam a repoussé dix ans plus tôt lorsqu’il a perdu ses parents…
Elise déteste Noël depuis qu'elle a appris l'infidélité de son mari un soir de réveillon. À présent divorcés, les ex-époux cohabitent à l'agence de voyages qu'Elise a créée et, chaque année, la tension monte à l'approche des fêtes. De son côté, Nick, brillant avocat, est sur le point d'être nommé associé mais son patron ne promeut que des pères de familles. Nick décide alors de trouver une petite amie à présenter à son patron...