Dans la nuit du 3 au 4 décembre 1998, vers 3 heures du matin, les gendarmes se rendent dans le bourg de Puy-Moyen, à quelques kilomètres au sud d’Angoulême. On leur a signalé qu’une Fiat Uno rouge deux portes, était en feu. En arrivant sur place, ils découvrent, à l’intérieur de cette voiture aux portes verrouillées, sur le siège conducteur, un cadavre partiellement carbonisé. Il s’agit du corps de Paquita Parra, une jeune femme de 30 ans, employée dans un supermarché qui vit près d’Angoulême. Chose troublante, d’après les résultats de l’autopsie, Paquita a été tuée avant que son véhicule ne prenne feu. Pour la famille Parra, l’annonce de ce drame est un séisme. Très vite l’enquête s’oriente vers un crime passionnel car les gendarmes découvrent que l’ex-petit ami de la jeune femme, un artiste-peintre, entretenait avec elle une relation passionnelle et explosive. Très vite l’enquête s’oriente vers un crime passionnel mais le principal suspect bénéficie finalement d’un non-lieu en 2009. À la faveur d'un coup de théâtre, 20 ans après les faits, l’enquête est relancée et un ADN s’apprête à parler.
À Orvault, dans la banlieue de Nantes (Loire-Atlantique), une maison est à l’abandon depuis qu’en février 2017, une famille s’est volatilisée du jour au lendemain : Pascal Troadec, 49 ans, son épouse Brigitte et leurs deux enfants, Sébastien et Charlotte. Dans le pavillon, aucun signe des quatre corps mais d’importantes traces de sang nettoyées. Dès les premières investigations, les policiers mettent à jour plusieurs messages inquiétants, où le fils aîné du couple semble en rupture avec ses parents et menace de recourir à la violence. Quatre ans après l’affaire Dupont de Ligonnès, survenue à deux kilomètres seulement du domicile des Troadec, la crainte d’une nouvelle tuerie intrafamiliale est dans toutes les têtes. Seulement, les enquêteurs découvrent aussi que le couple s’est brouillé avec le reste de ses proches pour une rocambolesque histoire d’héritage. La mort des Troadec serait-elle alors plutôt motivée par l’appât du gain ?
Dans l'avion qui l'amène passer les fêtes de Noël chez ses parents, Lina retrouve Max, un ami d'enfance. Lorsqu'une tempête oblige l'appareil à se poser d'urgence, tous deux vont se lancer dans un road-trip pour atteindre leur destination…
Charlotte, chanteuse de country à succès, est de retour chez ses parents pour fêter Noël. Alors qu'elle cherche l'inspiration pour écrire son nouvel album, Charlotte rencontre Matt, un ex-soldat ami de son frère, venu en ville construire des maisons pour les vétérans…
Journaliste pour un site de voyage, Caroline doit couvrir le 100e anniversaire de la grande parade de Noël à Carte de Amor au Nouveau Mexique. Peu enthousiaste au début, elle rencontre Oscar, qui lui dévoile les festivités organisées pour l'occasion et la fait tomber sous le charme du village…
Reilly Shore, décoratrice d’intérieur, choisit de se rendre au lac de Mistletoe pour fêter Noël et assister au défilé annuel des bateaux. Alors que le seul hôtel de la ville est complet, Reilly accepte la proposition de Raymond Mitchell et sa fille Emma de séjourner sur leur bateau et de les aider à le décorer. Elle va aussi se dresser contre un projet immobilier sur le port pour sauver la magie de ce lieu dont elle est tombée sous le charme…
Un fort blizzard provoque une coupure générale d'électricité au moment où l'équipe doit résoudre le meurtre d'une femme ayant transmis une maladie contagieuse à son meurtrier. Coincés dans un ascenseur, Booth et Brenan font le point sur leur relation...
Huit paires de pieds ont été retrouvées près de la frontière canadienne. Sept paires ont pu être identifiées mais la huitième, se trouvant sur le territoire canadien, doit être expertisée par un spécialiste canadien. Brenan collabore avec le Dr. Filmore, podologue et ancienne connaissance dont elle ne garde pas un bon souvenir...
Brennan doit identifier un cadavre très mystérieux, qui présente tous les signes d'une mort provoquée par l'attaque d'un monstre tout droit sorti d'un mythe : le Chupacabra !
Après avoir trouvé le corps d'un gardien de musée, Brennan et son équipe se lancent à la recherche du meurtrier. Au musée où la victime travaillait, un fragment de carte maritime du 17e siècle a été dérobé ; il serait en mesure de localiser le Santa Esperanza, un navire coulé avec son trésor à bord. Pour cette enquête, Booth demande l'aide de Walker Sherman, un ancien collègue et ami...
La dépouille d'un directeur d'agence de pub est retrouvée dans une jardinière à proximité d'une aire de jeux. Depuis un an, l'homme avait rejoint un groupe de parole prônant l'honnêteté radicale, et avait fini par se mettre à dos famille, collègues et amis. Influencée par l'enquête, l'équipe de l'Institut se plie à l'exercice, mais les résultats sont peu concluants...
Une mystérieuse adolescente, muette et sans domicile fixe, est soupçonnée de meurtre après que l'arme du crime et le sang de la victime ont été retrouvés sur elle. L'agent Booth et l'équipe de l'Institut Jefferson doivent identifier la jeune fille et déterminer si elle est véritablement coupable d'homicide...
Jacob Broadsky, alias La main de Dieu, est de retour. Le FBI intensifie sa traque, mais l'ancien compagnon d'armes de Booth est introuvable. Directement menacé par Broadsky, l'agent Booth redouble de prudence pour protéger ses proches, également pris pour cible par le sniper. Face à l'urgence et au danger de la situation, Booth propose à Bones de dormir chez lui...
Le corps d'un joueur de bowling est retrouvé logé dans le mécanisme de remonte-quilles. Coachés par le père de Brennan, membre de l'équipe à laquelle appartenait la victime, Booth et l'anthropologue mènent leurs investigations sous couverture en se faisant passer pour un couple de joueurs confirmés...
Le corps d'une femme est retrouvé dans un parc national lors d'une partie de paint-ball. La victime souffrait d'amnésie depuis un passage à tabac six mois plus tôt, et recouvrait peu à peu la mémoire après s'être inventée une autre identité. Côté vie privée, Booth et Brennan ont quelques difficultés à se mettre d'accord sur l'endroit où vivre ensemble après l'arrivée du bébé...
Le corps d'une championne « d'ingestion rapide » est retrouvé peu avant une compétition. L'enquête se concentre sur les rivaux, l'ex-mari et le manager de la victime. L'institut Jefferson accueille un nouveau stagiaire, Finn Abernathy, qui impressionne toute l'équipe malgré son passé judiciaire. Vexé de ne pas avoir été convié à l'échographie et d'avoir appris le sexe de l'enfant après tout le monde, Booth cherche à convaincre Brennan qu'elle doit l'impliquer davantage dans son rôle de futur papa...
Le corps sans vie de frère Yves est retrouvé pendu par les pieds dans un cimetière proche de l'abbaye Notre-Dame d'Aiguebelle. Anne Tirard, capitaine de gendarmerie à la section de recherches de Grenoble, et Alex Lazzari, gendarme du cru, sont chargés de l'affaire. La clé de l'énigme résiderait dans la formule secrète d'un élixir végétal que les moines exploitent depuis le Moyen Âge sous la forme d'une liqueur de plantes.
Certaines nuits, au cœur des mines de charbon abandonnées du pays Coron, on entend encore les "cris silencieux" des mineurs enterrés vivants lors de la plus grande catastrophe minière d'Europe, celle de Courrières en 1906. Revenue avec sa famille dans le Nord, la terre de son enfance, la capitaine de police Tess Borski et le commissaire François Dubois sont confrontés à une succession de crimes étranges qui peu à peu font ressurgir ce passé douloureux.