Toulouse (Haute-Garonne), le 30 novembre 2017. Un jeune homme fait les cent pas dans la gare Matabiau. Sa petite amie, Célia Orsaz, n’est pas au rendez-vous et son téléphone ne répond pas. Avant de prendre son train, la jeune femme de 18 ans accepte d’accompagner son père, Christophe, à un rendez-vous professionnel dans un hameau reculé de l’Ariège. Seulement, le paysagiste de 46 ans l’ignore mais cette proposition de travail est un piège. Sur place, le paysagiste de 46 ans est battu à mort sous les yeux de sa fille, dont le meurtrier n’a pas immédiatement remarqué la présence. Célia s’est donc retrouvée au mauvais endroit au mauvais moment. Témoin gênant, elle serait la victime collatérale d’un règlement de comptes ! Car derrière la mort de Christophe Orsaz et sa fille Célia, il y aurait non pas une mais deux personnes, un couple : deux amants qui se renvoient la balle sur leurs motivations présumées...
Le 24 août 2021, Jean-Christophe Piel, un kinésithérapeute de 41 ans, est abattu d’une balle dans la tête devant son domicile de Breuil-le-Vert alors qu'il jardinait comme tous les matins avant de partir travailler. Qui pouvait en vouloir à cet homme discret et calme, dont les patients vantent le sérieux et les « doigts d'or » ? Ce que beaucoup ignorent, c’est que le kiné à l’image irréprochable a dû s’installer à Breuil-le-Vert à la suite de graves accusations portées contre lui en 2018, lorsqu’il divorce de sa deuxième femme, Delphine Pinto. Cette dernière prétend en effet qu’il se serait livré à des attouchements sur plusieurs de ses enfants mais faute d’éléments, l’ensemble des charges allait être abandonné par la justice. Alors, lorsque Jean-Christophe Piel est retrouvé mort, les enquêteurs se demandent si son ex-femme pourrait être à l’origine du meurtre…
Mâcon (Saône-et-Loire), le 3 août 2023. Ce soir-là, vers 23h10, une jeune femme est renversée par un 4x4 dont le conducteur avait passé la soirée dans une boîte de nuit voisine. Malgré de graves blessures aux côtes, à la clavicule, au foie et aux poumons, elle va miraculeusement survivre. Lorsque le véhicule responsable de l’accident est retrouvé deux jours plus tard, un nom surgit dans l’enquête : Marwan Berreni, un comédien popularisé par le feuilleton « Plus belle la vie ». Et ce qui semble n’être qu’un tragique délit de fuite serait en réalité bien plus complexe qu’il n’y paraît…
Cette semaine, Margaux, Candice, Nathalie, Joanna et Soleil devront composer la tenue idéale sur le thème « Stylée avec des chaussures vernies » avec un budget de 450 euros.
Booth et Brennan enquêtent dans le milieu musical du death metal pour trouver le meurtrier du bassiste d'un groupe américain, dont le squelette orne la scène d'un groupe norvégien. Après avoir achevé son livre sur son expérience aux côtés de Booth et Brennan, Sweets demande au docteur Gordon de préfacer l'ouvrage...
En se rendant à la veillée funèbre d'un médecin légiste de l'Institut Jefferson, Brennan remarque que le défunt n'est pas mort d'une crise cardiaque mais a été assassiné. En toute discrétion, l'équipe se met au défi de déterminer la cause du décès avant la mise en terre...
Ken, de la police de Tokyo, demande un service à son ami Booth : retrouver sa sœur Sachi, partie à New York et dont il est sans nouvelle depuis peu. Après avoir découvert la dépouille de la jeune femme, curieusement assassinée, Booth et Brennan mènent l'enquête avec leurs homologues japonais venus spécialement les rejoindre, Ken et le docteur Tanaka...
Suite au meurtre d'un étudiant, membre actif d'une fraternité, Booth et Brennan interrogent élèves et professeurs du campus. De son côté, Booth s'entête à trouver un nouvel emploi à son frère Jared qui préfère partir vivre en Inde...
Booth et l'équipe de l'Institut Jefferson doivent résoudre le meurtre d'un critique œnologique. Durant l'enquête, Brennan décide de concevoir un enfant et suggère à Booth d'en être le père biologique. Bouleversé par cette demande, Booth est victime d'hallucinations mettant alors en évidence un grave souci de santé...
Toujours plongé dans le coma, le subconscient de Booth lui fait entrevoir la vie dont il rêvait dans les bras de Brennan : tous deux gèrent en couple une boîte de nuit, où travaille l'équipe de l'Institut Jefferson. Jared et Camilla enquêtent sur un meurtre commis dans le club, menacé de fermeture et défendu par maître Caroline Julian...
La voyante d'Angela indique à Bones un charnier situé sous une fontaine publique. Remis de son opération, Booth est de retour au FBI et participe à l'enquête qui révèle les agissements d'une secte. Cependant, le coma a bouleversé l'agent qui souhaite éclaircir ses sentiments amoureux envers Bones…
Le coursier d'un diamantaire russe est assassiné et sa précieuse mallette dérobée par un agent de la CIA, lui-même exécuté peu de temps après. Booth doit retrouver le meurtrier et le mystérieux contenu avant que la CIA, impliquée dans l'affaire, ne confisque les preuves à l'Institut Jefferson. En parallèle, la publication du nouveau livre de Brennan cause quelques tensions avec Booth.
Toujours rongé par la culpabilité, Carlos développe quelques problèmes de libido. Gabrielle est prête à tout pour lui venir en aide. Également obnubilée par ce qu'elle a fait, Susan cherche à être punie et multiplie les délits. Inquiète depuis l'avertissement reçu dans sa boîte aux lettres, Bree rend visite à Paul Young. Vivant désormais dans des foyers séparés, Lynette et Tom se livrent une véritable guerre pour conserver l'amour de leurs enfants. Renee, enfin, tente une nouvelle technique d'approche avec Ben. Elle cherche à savoir quels sont ses centres d'intérêt et feint de partager les mêmes passions...
Alors qu'ils n'avaient rien en commun, Susan et Carlos se rapprochent, rongés par la culpabilité, si bien que Mike les soupçonne d'avoir une liaison. Bree suspecte son petit ami d'être l'auteur de la lettre anonyme qu'elle a reçue. Gabrielle lui suggère de l'espionner pour en avoir le cœur net. Alors que son mariage s'écroule, Lynette est perturbée par la venue de sa sœur, d'habitude plutôt volage, qui lui annonce ses récentes fiançailles. Lee demande à Renee d'accompagner Jenny pour l'achat de son premier soutien-gorge...
Le mariage de Danielle est un échec. La jeune femme et son fils se réfugient chez Bree, qui lui donne un peu d'argent pour créer sa propre société. De son côté, Gaby a une vive altercation avec la présidente de l'association des parents d'élèves et ne peut plus déposer Juanita devant l'école. Elle s'insurge et demande à d'autres parents de se joindre à elle pour provoquer une nouvelle élection. Lynette soupçonne Tom d'avoir une liaison. Susan veut reprendre des cours de peinture...
Alors qu'ils font une thérapie de couple, Lynette apprend que Tom sort avec quelqu'un d'autre. La vision d'un modèle nu à son cours d'art provoque l'hilarité chez Susan. Pour la calmer, le professeur prend la décision radicale d'imposer à tous les élèves de se déshabiller lors de la séance suivante. Gabrielle découvre les tâches qui lui incombent en tant que nouvelle présidente de l'association des parents d'élèves tandis que Bree s'investit dans l'association de Ben, qui œuvre pour les sans-abris...
En apprenant que le projet immobilier de Ben doit se construire à l'endroit exact où elles ont enterré Ramon Sanchez, Gabrielle, Bree et Lynette cherchent un moyen d'exhumer et de déplacer le corps. Le soir d'Halloween, Susan se voit confier la garde du fils de son professeur d'art ; un service qui lui est présenté comme un stage... Jalouse des rapports qu'entretiennent Penny et Jane, Lynette entend confectionner elle-même le costume d'Halloween de sa fille...
Bree découvre que c'est Ben qui a déterré le corps du beau-père de Gabrielle. Encouragée par Renée à ne pas se laisser faire, Lynette commence à répandre des mensonges sur le compte de Jane auprès de sa fille Penny. Persuadés de finir en prison, Carlos et Gaby veulent convaincre Bob et Lee que leurs filles ne sont plus des terreurs afin qu'ils deviennent leurs tuteurs légaux. Susan, quant à elle, cherche à satisfaire les exigences artistiques de son professeur...
Persuadé de son implication dans la disparition d'Alejandro, l'agent Chuck Vance commence à faire pression sur Bree. Après avoir peint une toile inspirée par le meurtre, Susan doit trouver un moyen d'empêcher son œuvre d'être exposée et vendue dans une galerie. Noyant sa culpabilité dans l'alcool, Carlos ne peut se rendre au travail ; Gabrielle prend alors les choses en main pour sauver un contrat de plusieurs millions de dollars. De son côté, Lynette fomente un plan pour sauver son couple à l'occasion de son anniversaire de mariage avec Tom...
Chuck Vance contacte individuellement Lynette, Susan et Gaby pour les interroger sur la disparition et le possible meurtre d'Alejandro. Accusée par ses amies d'avoir provoqué Vance en mettant fin à son histoire avec lui, Bree sombre dans le désespoir. Par ailleurs, Lynette demande une faveur à Tom alors qu'il s'apprête à s'envoler avec Jane pour Paris, et Susan se voit offrir une opportunité de carrière à New York...
Un père Noël est retrouvé mort par deux elfes. Booth découvre que celui-ci était un pick-pocket et que sa disparition profitait à ses concurrents. En dépit de son incarcération, le père de Brennan lui demande d'interférer auprès de la justice pour passer Noël en famille...
Le corps d'un célèbre pilote de moto est retrouvé dans la source thermale d'un parc naturel. À la recherche d'indices, Booth et Brennan fréquentent les pistes de courses et l'écurie du champion...
En relevant des indices sur le lieu d'un accident de la route qui a coûté la vie à une femme, la police trouve son bébé, miraculeusement rescapé du sinistre. Brennan devient alors responsable de l'enfant jusqu'à ce que l'enquête pour homicide volontaire soit bouclée...
À Halloween, un enfant s'évanouit de peur devant une véritable momie. L'enquête détermine que le corps est celui d'une jeune adolescente, disparue un an plus tôt. Un second cadavre est découvert dans la maison hantée d'un parc d'attraction. L'équipe, tout en se préparant à une soirée déguisée, tente de retrouver une troisième jeune fille, disparue dans le même parc...