Emma et Adrien se retrouvent pour des vacances en amoureux. Mais Adrien est appelé sur une affaire à l'école de gendarmerie, où une instructrice vient d'être retrouvée pendue. Cela tombe mal, car Emma est jalouse de la nouvelle collègue d'Adrien, et que la mère d'Emma est folle d'inquiétude depuis que son compagnon s'est volatilisé avec, pense-t-elle, sa maîtresse. Le procureur profite de la présence d'Emma pour lui demander d'aider Adrien à faire la lumière sur le meurtre…
Caroline Dubreuilh, capitaine de gendarmerie, est confrontée à sa première affaire de meurtre. Sabrya, 18 ans, a été tuée en rentrant de la chorale où elle chantait. Caroline est contrainte de collaborer avec Louis Kleber, un flic en mi-temps thérapeutique qui a demandé à être muté dans ce commissariat pour se rapprocher de sa fille avec laquelle il est fâché, Hélène. Celle-ci se trouve être la pianiste de la chorale, où tous les membres semblent avoir quelque chose à cacher…
À son retour de vacances, Marie-France, 48 ans, a décidé de passer quelques jours chez son fils Antoine, 26 ans, sa belle-fille Léna et son petit-fils de deux ans Léon. Sa déception est grande quand Marie-France apprend qu'elle ne pourra voir ni Léon ni Léna parce qu'ils sont « restés en week-end ». Mais tout s'écroule quand Marie-France comprend qu'Antoine lui a menti et qu'en réalité Léon et Léna ont disparu…
Ce devait être le plus beau jour de sa vie mais la cérémonie de mariage de Justine va virer au cauchemar. Mathieu, le marié, ne se présente pas et aucun de ses proches n'a de nouvelles. Pour Justine, cela ne fait aucun doute : il est arrivé quelque chose de très grave. Mais la vérité est bien différente… Justine découvre que son mari a sans doute disparu volontairement.
Karine élève seule sa fille Océane, 16 ans et sans histoire… Du moins c'est ce que croyait Karine avant que des policiers débarquent chez elle pour questionner l'adolescente. Dany, le patron de la boutique où Océane travaille le samedi, a été victime d'une agression et les policiers veulent savoir si la jeune fille a déjà vu le suspect, un voyou du nom de Dimitri. Océane nie le connaître… Seulement Karine a déjà aperçu ce type en compagnie de sa fille…
Une employée de banque se fait passer pour une médium en prédisant le braquage de l'agence à son patron qui doute de la véracité de ces prémonitions ; tout comme Allison durant l'enquête. En l'absence de Joe parti à San Diego, Ariel est responsable de ses sœurs.
Allison s'inquiète de voir son pire cauchemar - perdre sa famille, se réaliser. Pendant ce temps, une guerre des drogues fait rage au Mexique et le bureau du Procureur encourage Allison à collaborer avec un agent de la DEA, qui fait également partie de ses visions funestes.
Après trois mois passés dans le coma et l'ablation d'une tumeur, Allison retrouve peu à peu l'usage de son corps, mais ne fait plus de rêves prémonitoires. Difficile de reprendre son poste au bureau du Procureur mais, au contact de Devalos, ses visions reviennent. Joe, qui a quitté son travail pour s'occuper de sa femme, rencontre un chasseur de têtes qui l'oriente vers l'ingénierie écologique...
Après le décès d'une proche de Devalos, une adolescente exécutée par son amant, Allison remarque le comportement curieux de sa fille aînée. La médium soupçonne que l'esprit vengeur de la jeune femme ait investi le corps d'Ariel…
Quand son amie Rosemary décède soudainement à l'hôpital, Allison accuse un éminent médecin d'avoir commis une faute intentionnelle. Chez les Dubois, Bridgette écrit une histoire très proche de l'expérience que vit son père, en concurrence avec un certain Willem pour un entretien d'embauche...
Le corps d'un vendeur de voitures, le meilleur de son agence, est clairement identifié au pied d'une falaise. L'enquête sur les circonstances de la mort donne du fil à retordre à l'équipe de Brennan car les os de la victime se désintègrent à une vitesse phénoménale...
Trois mois après sa disparition, une adolescente est retrouvée dans un silo à sel. Lorsque l'équipe de l'Institut Jefferson découvre qu'elle était enceinte, Booth et Brennan vont enquêter au lycée de la jeune fille où ses amies avaient conclu un pacte de fertilité avec leurs homologues volleyeurs...
L'équipe de l'Institut Jefferson tente d'élucider le meurtre d'un éminent chirurgien, qui fut aussi l'ex-fiancé du docteur Camilla Saroyan. Pour confondre le suspect, Sweets et Angela ont recours à l'hypnose pour détailler la mémoire d'un témoin...
Booth et Brennan enquêtent sur le meurtre d'une future mariée dont le corps a été retrouvé compacté dans une usine de recyclage. Au cours de l'investigation, ils croisent la fiancée du docteur Sweets, en plein essayage de robe de mariée et en compagnie d'un autre homme...
Booth et Brennan enquêtent dans le milieu musical du death metal pour trouver le meurtrier du bassiste d'un groupe américain, dont le squelette orne la scène d'un groupe norvégien. Après avoir achevé son livre sur son expérience aux côtés de Booth et Brennan, Sweets demande au docteur Gordon de préfacer l'ouvrage...
En se rendant à la veillée funèbre d'un médecin légiste de l'Institut Jefferson, Brennan remarque que le défunt n'est pas mort d'une crise cardiaque mais a été assassiné. En toute discrétion, l'équipe se met au défi de déterminer la cause du décès avant la mise en terre...
Ken, de la police de Tokyo, demande un service à son ami Booth : retrouver sa sœur Sachi, partie à New York et dont il est sans nouvelle depuis peu. Après avoir découvert la dépouille de la jeune femme, curieusement assassinée, Booth et Brennan mènent l'enquête avec leurs homologues japonais venus spécialement les rejoindre, Ken et le docteur Tanaka...
Suite au meurtre d'un étudiant, membre actif d'une fraternité, Booth et Brennan interrogent élèves et professeurs du campus. De son côté, Booth s'entête à trouver un nouvel emploi à son frère Jared qui préfère partir vivre en Inde...
Booth et l'équipe de l'Institut Jefferson doivent résoudre le meurtre d'un critique œnologique. Durant l'enquête, Brennan décide de concevoir un enfant et suggère à Booth d'en être le père biologique. Bouleversé par cette demande, Booth est victime d'hallucinations mettant alors en évidence un grave souci de santé...
Toujours plongé dans le coma, le subconscient de Booth lui fait entrevoir la vie dont il rêvait dans les bras de Brennan : tous deux gèrent en couple une boîte de nuit, où travaille l'équipe de l'Institut Jefferson. Jared et Camilla enquêtent sur un meurtre commis dans le club, menacé de fermeture et défendu par maître Caroline Julian...
Alors qu’il passe une audition au Théâtre National de Strasbourg, un jeune comédien s’écroule raide mort sur la scène. César Wagner et son équipe se rendent sur place pour éclaircir les circonstances du décès. Le capitaine y retrouve un ancien flirt de lycée, Anne Cornell, désormais directrice du théâtre. Les premières conclusions de l’enquête évoquent un empoisonnement.
Dans la forêt vosgienne, la gendarmerie retrouve le corps sans vie d'une photographe et militante de la cause animale. Chargés de l’enquête, César Wagner et son équipe soupçonnent la communauté de chasseurs du meurtre de la jeune femme, engagée récemment dans la défense du lynx dans la région. Ce tragique évènement vient exacerber un conflit virulent entre chasseurs et militants écologistes, dans une région où la présence de réserves naturelles est un véritable enjeu politique.