À Orvault, dans la banlieue de Nantes (Loire-Atlantique), une maison est à l’abandon depuis qu’en février 2017, une famille s’est volatilisée du jour au lendemain : Pascal Troadec, 49 ans, son épouse Brigitte et leurs deux enfants, Sébastien et Charlotte. Dans le pavillon, aucun signe des quatre corps mais d’importantes traces de sang nettoyées. Dès les premières investigations, les policiers mettent à jour plusieurs messages inquiétants, où le fils aîné du couple semble en rupture avec ses parents et menace de recourir à la violence. Quatre ans après l’affaire Dupont de Ligonnès, survenue à deux kilomètres seulement du domicile des Troadec, la crainte d’une nouvelle tuerie intrafamiliale est dans toutes les têtes. Seulement, les enquêteurs découvrent aussi que le couple s’est brouillé avec le reste de ses proches pour une rocambolesque histoire d’héritage. La mort des Troadec serait-elle alors plutôt motivée par l’appât du gain ?
Val-d'Izé (Ille-et-Vilaine), le 20 décembre 2012. Aurélie Barbot, 29 ans, est abattue d'une balle dans le visage, à bout portant. Rapidement, l'ex-mari d'Aurélie, Sébastien Beaugendre, est soupçonné : depuis le divorce, après 15 ans de vie commune, il supportait mal l'idée d'être séparé de ses trois enfants. Poussé par le désespoir, le père de famille aurait-il commis l'irréparable ? Malgré des traces de poudre retrouvées sur les mains du suspect, les enquêteurs vont douter car un corbeau s'accuse du meurtre et signe ses lettres d'un énigmatique « Madame G. »…
Chelsea développe une application qui permet de trier les bonnes et les mauvaises personnes, mais son idée a été volée par sa collègue. Sa vie est chamboulée par l'arrivée de la Mère Noël, directement du pôle Nord, dont l'aide « magique » est précieuse. Le seul réconfort face à ces situations : passer du temps avec son voisin Fisher, qui, comme Chelsea, a une passion pour Noël…
Rachel, organisatrice d'évènements à New York, s'occupe du 30e anniversaire du parc d'attraction de Dolly Parton. Elle rencontre le directeur général du parc Luke, qui supervise l'évènement. Peu enthousiastes à l'idée de cette collaboration, Rachel et Luke vont apprendre à mieux se connaître pour mener à bien cette mission…
Dans l'avion qui l'amène passer les fêtes de Noël chez ses parents, Lina retrouve Max, un ami d'enfance. Lorsqu'une tempête oblige l'appareil à se poser d'urgence, tous deux vont se lancer dans un road-trip pour atteindre leur destination…
Charlotte, chanteuse de country à succès, est de retour chez ses parents pour fêter Noël. Alors qu'elle cherche l'inspiration pour écrire son nouvel album, Charlotte rencontre Matt, un ex-soldat ami de son frère, venu en ville construire des maisons pour les vétérans…
Une femme, designer pour une entreprise de jouets, est retrouvée morte avec une poupée du Prince Charmington. L'équipe s'adresse alors à Bianca Chiverton, chef de la sécurité de l'usine, et découvre que la victime a été tuée dans le laboratoire de fabrication des prototypes. Parallèlement à l'enquête, le Dr Lance Sweets souhaite obtenir un port d'arme, contre l'avis de Booth...
Un employé du centre des postes, aussi appelé « centre des lettres mortes », découvre un corps réparti dans plusieurs colis. L'enquête permet de remonter jusqu'à une imprimerie et d'identifier la victime, un employé qui avait disparu après avoir remporté, avec plusieurs collègues, une grosse somme d'argent à la loterie... Le grand-père de Booth vient lui annoncer la mort de son père ; Brennan cherche alors à aider son compagnon dans ce deuil qui le laisse pourtant de marbre...
Le corps d'un chasseur de tornades est retrouvé dans un camp de vacances. Porté disparu cinq semaines plus tôt, il observait une série de tornades avec son camping-car transformé en station météo. Booth se rend dans cette région à risque, sans le dire à Bones pour ne pas la mettre en danger. De leur côté, Angela et Hodgins, très fatigués par des nuits difficiles que leur impose leur bébé, reçoivent la visite du père d'Angela, qui souhaite passer davantage de temps avec son petit-fils...
Un crâne et une colonne vertébrale sont retrouvés aux pieds d'une statue de Lincoln au musée de l'héritage américain, avec un message écrit en lettres de sang. Les analyses ADN montrent que le sang appartient à cinq agents du FBI. Les vertèbres de la colonne ayant été assemblées dans un ordre différent, Hodgins pense qu'il s'agit d'un code à décrypter pour retrouver les corps. Booth suspecte un hacker particulièrement brillant, Christopher Pelant, ainsi qu'un journaliste très bien informé, Ezra Krane...
Des restes humains sont découverts dans une cuvette de toilettes. L'identification est rendue possible grâce à un implant oculaire : il s'agit d'un fugitif, condamné pour avoir arnaqué des milliers d'épargnants et échappé d'un pénitencier fédéral quelques mois plus tôt. Cependant, en remontant les canalisations, l'équipe comprend que l'homme a été tué au sein même de la prison et doit alors déterminer, parmi ses nombreux ennemis, qui aurait pu le tuer. Brennan, au terme de sa grossesse, souhaite accoucher à domicile contre l'avis de Booth...
Bones reprend le travail mais peine à laisser Christine à la crèche. Avec Booth, elle doit maintenant élucider la mort d'une jeune femme, dont le corps, traîné sous un camion, a été retrouvé sur l'autoroute. La victime étant une accroc aux bons de réduction, l'équipe enquête sur ses possibles rivales, notamment celle surnommée « la diva des affaires »...
Hodgins peine à identifier une substance bleue ayant tué des charognards qui se sont attaqués au cadavre d'un coiffeur de stars dont les cheveux ont été scalpés. L'enquête cherche à déterminer les mobiles possibles de ce meurtre, parmi les clientes de la victime et ses rivalités au sein du salon. Par ailleurs, Booth prend conseil auprès de Sweets pour rassurer Bones sur l'image qu'elle a d'elle-même après son accouchement...
Suite à la découverte d'un corps dans les bois, l'équipe du Jefferson identifie la victime : un homme, complexé par sa petite taille et souvent raillé par ses collègues, qui avait eu une altercation avec le professeur de karaté de son fils. Par ailleurs, Bones est soucieuse du comportement de Parker, le fils de Booth, de retour du Royaume-Uni pour rencontrer sa demi-sœur Christine...
Suite à la découverte d'un corps par un cochon truffier en Virginie-Occidentale, Camille et Bones diffèrent sur l'âge probable de la victime. L'enquête permet d'identifier le patriarche de la famille Babcock, dont le clan est en guerre contre la famille Mobley depuis le XIXe siècle suite à une histoire d'empoisonnement… À la recherche d'un système de garde fiable, Booth confie Christine au père de Tempérance avec l'espoir qu'il regagnera la confiance de sa fille...
En visite à Los Angeles sur le tournage d'un film d'action, « L'os de la discorde », adapté d'un de ses livres, Bones doit mettre fin au travail du réalisateur excentrique, Jocco Kent, suite au meurtre du directeur des studios. Avec l'aide de Booth, Temperance utilise alors les décors du film pour mener à bien son enquête, tandis que l'équipe du Jefferson l'assiste à distance...
Lors de la fête annuelle au château de la Rochefoucauld près d'Angoulême, un crime sanglant est commis. La victime est Cédric De Breuil, entrepreneur et époux de la comtesse Louise de Camaran. Une femme qu'Alex Meurisse, le commandant chargé de l'enquête, connait très bien pour avoir vécu une histoire d’amour avec elle vingt ans plus tôt. À l'époque, les parents de Louise ne voyaient pas d'un très bon œil cette relation entre leur fille et le fils de l'intendant de leur domaine. Épaulé par le lieutenant Sarah Slimani, Alex revient sur les lieux de son enfance et ne peut cacher son émotion lorsqu'il retrouve Louise...
Le corps sans vie de frère Yves est retrouvé pendu par les pieds dans un cimetière proche de l'abbaye Notre-Dame d'Aiguebelle. Anne Tirard, capitaine de gendarmerie à la section de recherches de Grenoble, et Alex Lazzari, gendarme du cru, sont chargés de l'affaire. La clé de l'énigme résiderait dans la formule secrète d'un élixir végétal que les moines exploitent depuis le Moyen Âge sous la forme d'une liqueur de plantes.