Alors qu’il passe une audition au Théâtre National de Strasbourg, un jeune comédien s’écroule raide mort sur la scène. César Wagner et son équipe se rendent sur place pour éclaircir les circonstances du décès. Le capitaine y retrouve un ancien flirt de lycée, Anne Cornell, désormais directrice du théâtre. Les premières conclusions de l’enquête évoquent un empoisonnement.
Un corps est retrouvé dans un zodiac à la dérive entre le Fort Boyard et l'île d'Aix. Dépêchée sur place, Solène Brach, de la DPJ, demande à Vincent, maire de l'île, de l'assister, mais celui-ci se montre peu enclin à participer à l’enquête. La victime, José Chebec, un Aixois tout juste sorti de prison après avoir effectué vingt ans de réclusion, était devenu gardien du fort. Son complice, Michel, et lui, avaient braqué une bijouterie, faisant deux victimes. José a été condamné, tandis que Michel est resté introuvable...
Rachel, organisatrice d'évènements à New York, s'occupe du 30e anniversaire du parc d'attraction de Dolly Parton. Elle rencontre le directeur général du parc Luke, qui supervise l'évènement. Peu enthousiastes à l'idée de cette collaboration, Rachel et Luke vont apprendre à mieux se connaître pour mener à bien cette mission…
Depuis la disparition de ses parents, AlexiaTaylor dédie tout son temps à son travail et passe Noël toute seule. Cette année pourtant, elle va recevoir un cadeau qui va bouleverser sa vie : un voyage dans le passé. Alexia va alors se réconcilier avec l'esprit de Noël et enfin laisser une place à l'amour dans sa vie.
Kendall dirige le ranch familial, malgré les nombreux obstacles mis en place par son vieux voisin Brick. Alors que Noël approche, elle tombe sous le charme de Clint, un séduisant vétérinaire qui vient l'aider au ranch. Quand elle apprend que c'est le fils de Brick, elle commence à douter de ses réelles intentions…
Quand Abby apprend par sa grand-mère que l'hôtel familial est au bord de la faillite, elle s'inscrit au concours des chefs de Noël car le gagnant remportera 50 000 dollars. Abby n'est pas du tout une bonne cuisinière mais elle compte sur le soutien du Chef Jason Corwin, venu incognito dans son hôtel, pour gagner la récompense…
L'investigation sur le meurtre d'une chirurgienne émérite ébranle la légendaire objectivité du docteur Brennan. Les ressemblances sont si troublantes entre elle et la victime, que l'anthropologue va jusqu'à remettre en cause ses propres choix de vie et avouer ses sentiments à Booth...
Le corps d'une femme est découvert dans la douche d'une villa luxueuse. Les analyses de l'Institut Jefferson montrent que la victime n'est pas la propriétaire, mais une employée, travaillant pour un fournisseur de marchandises contrefaites. Pendant l'enquête, l'agent Booth révèle à Hannah les sentiments forts que le docteur Brennan ressent pour lui. Angela et Hodgins achètent une maison pour fonder leur famille...
L'équipe de l'Institut Jefferson étudie le cadavre d'un homme déguisé en épouvantail. En interrogeant les trois épouses de la victime polygame, plus exactement trois sœurs, Booth et le docteur Brennan découvrent que leur jalousie est à l'origine de nombreuses querelles familiales. De son côté, le docteur Saroyan est préoccupée par sa relation avec le docteur Lidner...
Le corps d'un amateur de bicross est découvert sur le toit d'un immeuble, apparemment décédé des suites d'un saut incroyable en vélo. Pendant que l'agent Booth et le docteur Brennan interrogent les amateurs de BMX que la victime côtoyait, Hodgins et Fisher identifient les multiples fractures du cycliste et Angela tente de recréer le saut effectué. Durant l'enquête, Sweets s'entretient avec Booth avant de demander Daisy en mariage, ce qui encourage l'agent à en faire de même avec Hannah...
Le jour de la Saint-Valentin, une organisatrice de mariage est retrouvée morte dans sa cabine de bronzage. Pendant que Booth et Brennan interrogent les suspects, le docteur Saroyan s'impatiente de traiter ce dossier car elle a rendez-vous le soir même tandis que Hodgins lui cherche le meilleur cadeau possible...
Un faussaire, bénéficiant du service de protection des témoins, est abattu par le sniper justicier, Jacob Broadsky, de retour après le meurtre du Fossoyeur. L'homme est sur le point de s'attaquer à une nouvelle cible, un flic corrompu. Par ailleurs, le père d'Angela rend visite à sa fille pour choisir le prénom du futur bébé...
Un fort blizzard provoque une coupure générale d'électricité au moment où l'équipe doit résoudre le meurtre d'une femme ayant transmis une maladie contagieuse à son meurtrier. Coincés dans un ascenseur, Booth et Brenan font le point sur leur relation...
Huit paires de pieds ont été retrouvées près de la frontière canadienne. Sept paires ont pu être identifiées mais la huitième, se trouvant sur le territoire canadien, doit être expertisée par un spécialiste canadien. Brenan collabore avec le Dr. Filmore, podologue et ancienne connaissance dont elle ne garde pas un bon souvenir...
Brennan doit identifier un cadavre très mystérieux, qui présente tous les signes d'une mort provoquée par l'attaque d'un monstre tout droit sorti d'un mythe : le Chupacabra !
Après avoir trouvé le corps d'un gardien de musée, Brennan et son équipe se lancent à la recherche du meurtrier. Au musée où la victime travaillait, un fragment de carte maritime du 17e siècle a été dérobé ; il serait en mesure de localiser le Santa Esperanza, un navire coulé avec son trésor à bord. Pour cette enquête, Booth demande l'aide de Walker Sherman, un ancien collègue et ami...
Allie est embauchée au sein de la « Brigade de Noël », une société spécialisée dans la préparation des fêtes. Elle est chargée d'aider la famille Church, composée de Gordon, un homme d'affaires débordé, ses deux filles Iris et Rose, et son austère compagne Kimmee. Allie fait de son mieux pour apporter un peu de magie dans leur foyer, ce à quoi Gordon ne sera finalement pas indifférent…
Charlotte Lacy, une actrice qui a du mal à percer, se voit offrir un premier rôle dans la pièce « Un chant de Noël » et tombe amoureuse du metteur en scène à succès, Julian Walker. Lorsque le théâtre perd son régisseur, la troupe va avoir besoin d'un miracle de Noël pour sauver la pièce…