Emma Colin, jeune diplômée de médecine de Paris, arrive dans le petit village auvergnat de Valerande-les-Chantelles et s’installe dans le cabinet médical de Pierre Josset, le vétérinaire local et enfant du pays, de retour après une carrière citadine et un divorce.
Les éleveurs s’inquiètent des agissements des vautours, réintroduits pour l’équarrissage des animaux morts mais qui s’en prennent aux bêtes en bonne santé. Lorsque des charognards sont retrouvés morts, Manu, le frère agriculteur de Pierre, est accusé par les militants écologistes de les empoisonner. Déterminés à découvrir la vérité, Pierre et Emma font appel à Vincent Lunier, un ornithologue spécialiste des vautours, car la tension est palpable au sein de la communauté.
Alice partage sa vie avec un homme admirable, Gilles, un médecin très apprécié. Ensemble, ils ont eu Garance, qui fête aujourd'hui son anniversaire. Et c'est justement ce jour-là que leur bonheur familial va imploser… Des policiers viennent interpeller Gilles, soupçonné d'avoir agressé une infirmière dans l'hôpital où il travaille. Impensable pour Alice !
À 26 ans, Charlène, agricultrice, est très amoureuse de son mari Luc, qui n'a pas hésité à sacrifier sa carrière d'avocat pour la suivre dans son exploitation. Ils viennent d'avoir un enfant mais Charlène souffre d'un sévère baby blues qui l'oblige à prendre un traitement. Un jour, Charlène découvre que son enclos a été saccagé et que l'une des bêtes a été tuée… L'œuvre d'un jaloux sûrement, pourtant son voisin prétend avoir assisté à la scène et selon lui le coupable n'est autre que… Luc.
La vie de Mireille, mère au foyer et agréée famille d'accueil depuis plusieurs années, va basculer avec l'arrivée de Zoé, une adolescente turbulente placée sous sa tutelle. Tout se passe bien jusqu'au jour où Zoé est admise à l'hôpital pour une fracture au poignet. La jeune fille ne désigne qu'un seul coupable : Antoine, le fils biologique de Mireille, qui l'aurait frappée le matin même. Pour Mireille c'est la stupeur. Antoine a-t-il réellement blessé Zoé ?
Un ex-détenu trouve la mort dans l'explosion d'une mine désaffectée. La victime, qui avait intégré un programme de réinsertion dans une boulangerie, avait semble-t-il réussi à s'échapper avant d'être poursuivie par son tortionnaire… Par ailleurs, Camille est bouleversée par le probable départ d'Arastoo pour l'Iran où il doit rendre visite à son frère atteint d'un cancer incurable.
Dans le cadre d'une enquête sur le meurtre d'un joueur de mini-golf, Booth et Brennan interrogent ses possibles rivaux, qui s'affrontent lors d'un tournoi très compétitif. Par ailleurs, Temperance soupçonne son père de lui cacher quelque chose ; une crainte confirmée lorsque Max est arrêté pour avoir pillé la tombe d'un fugitif recherché par le FBI…
Bones découvre qu'elle est à nouveau enceinte et tous deux décident de garder le secret pour l'instant. La joie de l'anthropologue est néanmoins assombrie lorsque Booth, pour les besoins d'une enquête sur le meurtre d'un joueur de poker, doit infiltrer le milieu malgré son addiction au jeu…
Chili Reuben, présentateur star d'une émission culinaire, a été assassiné. Parmi les derniers établissements visités, le « Royal Diner », dans lequel Booth et Bones ont leurs habitudes, avait récolté de sévères critiques de l'animateur... Par ailleurs, Hodgins apprend que son invention de revêtement anti-casse va être commercialisée, lui promettant une belle fortune à venir.
Une jeune et brillante élève d'une école privée est retrouvée morte après avoir disparu depuis plusieurs jours. Solitaire et harcelée par ses camarades, la jeune fille aurait été kidnappée et poignardée. Cette affaire touche personnellement Bones, qui reconnaît en la victime la jeune fille qu'elle était.
Avant l'exécution d'Alex Rockwell, condamné pour les meurtres de trois anciens détenus grâce aux preuves apportées par l'institut Jefferson, Bones reprend tous les indices et découvre qu'elle a commis une erreur. L'homme souffrait de lésions osseuses rendant impossibles ces crimes. L'équipe n'a que 48 heures pour l'innocenter à temps et identifier le vrai coupable…
Parti en Iran pour rendre visite à son frère, Arastoo se fait kidnapper par les hommes d'un membre très puissant du gouvernement. Ce dernier lui demande de déterminer la cause du décès de son fils, dont le meurtre a été maquillé en accident. Camille et Booth se rendent à Téhéran tandis que Bones, restée auprès de sa fille, reçoit la visite menaçante du bookmaker de son mari…
Mise en danger par les paris sportifs de Booth, Brennan demande à son mari de quitter le domicile conjugal. Malgré cette séparation perturbante pour tout le monde, l'équipe doit résoudre le meurtre d'une collectionneuse de boîtes à cookies dont le corps a été retrouvé dans une rivière…
Le corps d'un ancien détenu, reconverti en professeur de yoga après avoir appartenu à un gang de motards, est retrouvé dans une forêt incendiée. Booth et Brennan sont sur la voie de la réconciliation alors que Seeley va fêter ses 30 jours d'abstinence au jeu. De leur côté, Angela et Hodgins décident de s'installer à Paris pour changer de vie…
À une semaine du départ d'Angela et Hodgins pour Paris, Bones convainc Booth qu'il est également temps pour eux de changer de vie, entre l'arrivée du bébé et les épreuves endurées cette année. Leur dernière affaire fait alors ressurgir l'ombre de Christopher Pelant lorsqu'un corps écorché est retrouvé planté sur un obélisque dans une mise en scène rappelant les modes opératoires du tueur psychopathe…
Brennan et Booth ont changé de vie : Temperance se consacre à sa carrière d'écrivain et ses deux enfants tandis que Seeley est devenu instructeur pour les jeunes recrues du FBI. Mais un soir, le FBI retrouve un corps calciné dans une fourgonnette et tous les indices semblent indiquer qu'il s'agit de Booth. Brennan revient aussitôt à l'institut Jefferson pour inspecter elle-même les os, refusant de croire à la mort de son mari…
Brennan a prouvé que le corps carbonisé était celui du frère de Booth. Aubrey poursuit l'enquête avec l'agent Grace Miller des affaires internes, dont le co-équipier a disparu avec un document contenant les noms d'une centaine d'agents du FBI infiltrés. Gravement blessé, Booth s'efforce de rester en vie aux côtés des partenaires de crime de son frère…
Temperance est de retour à l'institut Jefferson, de même que Booth a repris son poste au FBI. Tous deux enquêtent sur le meurtre d'un inventeur dont les organes ont été revendus sur le dark web. Par ailleurs, Camille reçoit le soutien de ses collègues après sa rupture avec Arastoo et Hodgins organise une exposition photo pour Angela.
Le corps d'un agent immobilier est découvert dans les bois, rongés par des coyotes-loups et le crâne endommagé par le tir d'un jeune chasseur. Pour déterminer les causes de la mort de ce passionné de football virtuel, Bones se fait épauler par une experte en anthropologie médico-légale, le Dr Beth Mayer, dont elle jalouse le talent…
Crossover avec la série Sleepy Hollow. Le corps d'une jeune étudiante en médecine est retrouvé sous le plancher d'une église abandonnée, à côté d'un cercueil contenant le squelette, sans tête, d'un officier anglais du XIXe siècle. L'institut Jefferson voit alors débarquer l'agent Abbie Mills et Ichabod Crane, un duo d'enquêteurs venus relier cette affaire à une série de crimes inexpliqués à Sleepy Hollow et rapatrier la dépouille centenaire…
Le FBI et l'institut Jefferson sont mobilisés sur une enquête très sensible et médiatique : le meurtre du sénateur de Virginie. Ancien directeur de mine, l'homme était très proche de la sénatrice Hayley Winters qui l'avait convaincu de voter un amendement allant contre ses convictions…
Bella Swan, 17 ans, déménage à Forks, petite ville pluvieuse dans l'État de Washington, pour vivre avec son père. Elle s'attend à ce que sa nouvelle vie soit aussi ennuyeuse que la ville elle-même. Or, au lycée, elle est terriblement intriguée par le comportement d'une étrange fratrie de deux filles et trois garçons. Bella tombe follement amoureuse de l'un deux, Edward Cullen. Une relation sensuelle et dangereuse commence alors entre eux : lorsque Bella comprend qu'Edward est un vampire, il est déjà trop tard...
Après les événements mortels survenus dans sa maison, la famille Abbott doit faire face au danger du monde extérieur et se battre en silence pour survivre. Forcés à s'aventurer en terrain inconnu, ils comprennent que les créatures qui attaquent au moindre son ne sont pas la seule menace qui se dresse sur leur chemin.