Marie Lemaire, veuve et héritière de la plus grosse verrerie de Biot, est empoisonnée lors d’un dîner qui regroupe une association de commerçants, faisant de tous les convives de potentiels suspects. Olivia Rousseau, autre participante et ex-maîtresse de François Lemaire, meurt quelques jours après à son domicile. Dans une lettre, elle déclare avoir empoisonné Marie et s’être donné la mort de la même manière. Un dénouement qui pousse la vice-procureure Elisabeth Richard à poursuivre l'enquête.
Lors de la fête annuelle au château de la Rochefoucauld près d'Angoulême, un crime sanglant est commis. La victime est Cédric De Breuil, entrepreneur et époux de la comtesse Louise de Camaran. Une femme qu'Alex Meurisse, le commandant chargé de l'enquête, connait très bien pour avoir vécu une histoire d’amour avec elle vingt ans plus tôt. À l'époque, les parents de Louise ne voyaient pas d'un très bon œil cette relation entre leur fille et le fils de l'intendant de leur domaine. Épaulé par le lieutenant Sarah Slimani, Alex revient sur les lieux de son enfance et ne peut cacher son émotion lorsqu'il retrouve Louise...
Solène est mariée avec Denis, qui a repris avec succès l'entreprise de son beau-père dont elle reste l'héritière. Si la passion a depuis longtemps déserté ce couple, Solène s'en accommode plutôt bien car elle a une liaison avec Marc, qui travaille dans l'entreprise familiale. Tout bascule le jour où elle apprend que son amant vient d'avoir un terrible accident dans l'entreprise : il aurait fait une chute dans l'escalier et se trouve depuis plongé dans un coma profond.
Célia a un mari qu'elle aime par-dessus tout, Éric, et une sœur jumelle, Alice. C'est d'ailleurs Alice qui lui a présenté Éric, et ils se sont rapidement mariés. Après de nombreux traitements, le couple a donné naissance à Anna, qui a désormais 2 ans.
Virginie vit avec son second mari, Frédéric, et son fils Hugo, 17 ans, né d'une première union. Un soir, Frédéric revient avec sa voiture accidentée, sans donner la moindre explication. Le lendemain, Virginie apprend avec stupeur dans la presse qu'un terrible accident a eu lieu à quelques kilomètres : une jeune femme a été percutée par un véhicule identique à celui de son mari…
Accompagnée de Booth, Brennan se rend aux funérailles de Todd Mirga, milliardaire et donateur pour les recherches de l'anthropologue. Quelle n'est pas leur surprise de voir apparaître le défunt à sa propre cérémonie ! L'équipe de l'institut doit donc identifier les cendres du corps incinéré, lesquelles contiennent les restes de 3 personnes différentes...
En s'évadant à travers un parc national, un prisonnier tombe sur un corps, caché dans une souche d'arbre. L'institut découvre qu'il s'agissait d'une jeune femme, atteinte d'un lupus et travaillant dans un dispensaire fournissant du cannabis à usage médical. Cette affaire touche de près Wendell Bray, de retour à l'institut après sa chimiothérapie et lui-même usager du cannabis thérapeutique...
L'institut Jefferson peine à identifier la date exacte de la mort d'une femme, découverte dans un marais. Et pour cause, la victime a été cryogénisée, conduisant Booth et Brennan à enquêter dans cet univers particulier. Par ailleurs, Camille s'apprête à rencontrer les parents d'Arastoo et Booth s'attend à une éventuelle promotion...
Le corps de Stephanie McNamara, découvert en forêt, porte les mêmes blessures que les victimes attribuées par Bones à la « tueuse fantôme ». L'enquête détermine que Stephanie a été violentée par son père lorsqu'elle était enfant et qu'elle est liée à chacune des victimes de la tueuse...
Le FBI et l'institut Jefferson enquêtent sur la mort d'un entraîneur de natation qui menait une double vie en tant que drag queen. Trop occupé par ses entretiens à venir, Booth délègue cette affaire à Sweets, dont Bones apprécie le côté méticuleux. En revanche, l'anthropologue reproche à sa nouvelle stagiaire, pourtant surdouée, de trop fonctionner à l'instinct...
Booth a été grièvement blessé par balle. Deux jours plus tôt, il était contacté par un homme à propos d'un complot au sein du FBI en relation avec l'affaire McNamara. Lorsque l'homme est retrouvé mort, brûlé dans sa caravane, les membres de l'institut doivent résoudre le crime et trouver les preuves d'une conspiration. Booth, lui, doit faire cavalier seul au sein du FBI juste avant son audition pour le poste de directeur des forces de l'ordre à Berlin...
Accusé d'avoir tué trois agents du FBI, Booth est en prison, confronté à ses nombreux ennemis. Bones parvient à le faire sortir trois mois plus tard en faisant chanter le procureur. En secret du FBI, l'institut Jefferson parvient à faire exhumer le corps d'un acteur clé de la conspiration au sein du FBI pour prouver qu'il a été assassiné, tandis que Booth reprend l'enquête, décidé à se venger...
Sweet a été assassiné dans le cadre de l'enquête sur la conspiration au sein du FBI. Booth, l'agent James Aubrey et toute l'équipe de l'institut, bien que très affectés par le décès de leur ami, poursuivent les investigations et découvrent que cette conspiration est liée aux dossiers secrets de J. Edgar Hoover…
L'animateur d'une émission de radio, connu pour ses propos radicalement conservateurs, est retrouvé mort sous un pont, et les indices sont contradictoires. L'agent Aubrey se montre très insistant pour collaborer avec Booth mais celui-ci n'est pas encore prêt à remplacer Sweets...
Booth et Brennan enquêtent sur la mort d'un jeune créateur de jeux vidéo. Pour les aider, l'Institut Jefferson accueille Jessica Warren, une nouvelle interne issue d'une coopérative éducative, ce qui ne manque pas de troubler Brennan, à la recherche du meilleur système scolaire pour sa fille Christine. Pendant ce temps, Booth et l'agent Aubrey assistent à la création des scènes de combats d'un jeu vidéo pour tenter d'identifier le meurtrier...
Invitée d'honneur à un congrès de sciences médico-légales, Bones est interrompue en plein discours lorsqu'un cadavre en feu est découvert dans un local. L'enquête est menée sur place par les membres de l'institut Jefferson, et tous les participants font figure de suspects, y compris Hodgins à qui la victime avait volé son invention à l'université…
L'enquête sur la découverte d'un corps conduit Booth et Temperance jusqu'à un trafic d'êtres humains. D'origine chinoise, la victime était venue retrouver l'homme qu'elle aimait et travaillait comme employée de maison aux côtés d'autres femmes maltraitées par l'homme possédant l'agence de placement…
Le corps d'un trader est retrouvé coincé sous le tourniquet d'une aire de jeu. Brillant élément, la victime venait pourtant de faire perdre quelques 8 millions de dollars à sa société et ses collaborateurs. Par ailleurs, Bones et Booth doivent s'entendre sur l'éducation de leur fille après qu'elle a prononcé son premier gros mot…
L'institut Jefferson et le FBI enquêtent sur la mort du « seigneur des mots croisés », dont les os ont été endommagés par de l'acide. Par ailleurs, Bones, Angela et Camille tentent de sortir Daisy de l'influence qu'exerce sur elle une doula à la veille de son accouchement…
Le corps d'un professeur de psychologie, disséminé dans plusieurs endroits de l'État, donne du fil à retordre à Bones. L'homme menait des recherches sur l'obéissance aveugle avec des expérimentations plutôt controversées. Pendant que Booth reste au FBI pour réviser le code de la route, Wendell engage une relation avec une infirmière après la fin de son traitement.
Dans les années 50, la sténographe Temperance Brennan travaille au sein de la police de Los Angeles. Malgré la mise à pied de son père, le chef de la police, pour avoir désobéi à ses ordres, l'inspectrice tenace va faire alliance avec un cambrioleur de haut-vol, Seeley Booth, pour le disculper du meurtre d'une femme riche dont les os ont été retrouvés dans son coffre-fort.
Emma Colin, jeune diplômée de médecine de Paris, arrive dans le petit village auvergnat de Valerande-les-Chantelles et s’installe dans le cabinet médical de Pierre Josset, le vétérinaire local et enfant du pays, de retour après une carrière citadine et un divorce.
Les éleveurs s’inquiètent des agissements des vautours, réintroduits pour l’équarrissage des animaux morts mais qui s’en prennent aux bêtes en bonne santé. Lorsque des charognards sont retrouvés morts, Manu, le frère agriculteur de Pierre, est accusé par les militants écologistes de les empoisonner. Déterminés à découvrir la vérité, Pierre et Emma font appel à Vincent Lunier, un ornithologue spécialiste des vautours, car la tension est palpable au sein de la communauté.