En février 2021, Magali Blandin, une mère de famille de 42 ans vivant dans la région de Rennes (Ille-et-Vilaine), ne donne plus signe de vie alors qu’elle devait aller chercher ses enfants à l’école. Cette disparition cacherait en fait un crime dont le scénario hors du commun serait tout droit inspiré d’un film écrit quelques années plus tôt… Et plus incroyable encore, elle dissimulerait une machination familiale enclenchée après l’échec d’une première tentative de meurtre.
Mâcon (Saône-et-Loire), le 3 août 2023. Ce soir-là, vers 23h10, une jeune femme est renversée par un 4x4 dont le conducteur avait passé la soirée dans une boîte de nuit voisine. Malgré de graves blessures aux côtes, à la clavicule, au foie et aux poumons, elle va miraculeusement survivre. Lorsque le véhicule responsable de l’accident est retrouvé deux jours plus tard, un nom surgit dans l’enquête : Marwan Berreni, un comédien popularisé par le feuilleton « Plus belle la vie ». Et ce qui semble n’être qu’un tragique délit de fuite serait en réalité bien plus complexe qu’il n’y paraît…
Capucine, une femme de 35 ans, va être confrontée au passé de son compagnon Thomas Boileau, qui ressurgit brutalement.
Alice partage sa vie avec un homme admirable, Gilles, un médecin très apprécié. Ensemble, ils ont eu Garance, qui fête aujourd'hui son anniversaire. Et c'est justement ce jour-là que leur bonheur familial va imploser… Des policiers viennent interpeller Gilles, soupçonné d'avoir agressé une infirmière dans l'hôpital où il travaille. Impensable pour Alice !
À 26 ans, Charlène, agricultrice, est très amoureuse de son mari Luc, qui n'a pas hésité à sacrifier sa carrière d'avocat pour la suivre dans son exploitation. Ils viennent d'avoir un enfant mais Charlène souffre d'un sévère baby blues qui l'oblige à prendre un traitement. Un jour, Charlène découvre que son enclos a été saccagé et que l'une des bêtes a été tuée… L'œuvre d'un jaloux sûrement, pourtant son voisin prétend avoir assisté à la scène et selon lui le coupable n'est autre que… Luc.
Allison rêve d'incendies qui semblent liés à celui qui a coûté la vie d'un témoin sous protection. La médium réfléchit à l'évolution de sa carrière lorsque le Procureur Devalos est lui-même sollicité par le maire de Phoenix pour prendre sa relève.
Un nouveau voisin installé dans le quartier des Dubois est la cible de violentes protestations. L'homme, ancien professeur de lettres, vient de purger une peine de 10 ans pour viol sur une de ses élèves. La colère monte lorsqu'une adolescente disparaît. Pourtant, Allison est persuadée que le suspect est innocent. Pendant ce temps, une opportunité de carrière s'offre à Joe, mais elle ne coïncide pas avec les projets d'Allison...
Allison a rêvé du meurtre d'un homme percuté par un train. Lorsque cette personne est retrouvée morte, elle reste convaincue que c'est un homicide, contrairement aux conclusions de la police. Pendant ce temps, Joe apprend que les jours de sa mère sont comptés.
Un rêve éveille les soupçons d'Allison au sujet de son frère Michael, dépressif et coaché par un fantôme de mauvaise augure. Les facultés de Bridgette intéressent la directrice de campagne de Devalos, qui brigue désormais le poste de maire de Phoenix.
La vie ne sera jamais plus comme avant chez les Dubois après le décès d'un des membres de la famille. Sept ans plus tard, Devalos est devenu maire de Phoenix. Allison, premier secrétaire du Procureur, instruit le procès d'un baron de la drogue mexicain…
Booth et l'agent de la CIA Danny Beck collaborent pour identifier le meurtrier d'une indic afghane ayant émigré aux États-Unis avec son frère pour aider les forces américaines. Bones, qui souhaite travailler davantage sur le terrain, ne comprend pas que les tarifs de son assurance-vie soient plus élevés que ceux de Booth...
Un corps est retrouvé dans une fosse septique. La victime, ancien détenu devenu agent de recouvrement, venait d'avoir un accident de voiture avant d'être pourchassée et tuée. Durant cette enquête, Bones se voit assistée d'un nouvel interne, un anthropologue cubain hautement qualifié et très séducteur...
Un acteur interprétant une carotte dans un spectacle pour enfants est retrouvé dans un plant de kudzu, végétal se nourrissant des restes. Clark, qui assiste l'équipe sur cette affaire, vient de terminer son livre et demande leur avis aux membres de l'institut. Par ailleurs, Booth souhaite organiser une fête d'anniversaire pour Christine alors que Brennan n'a jamais eu la chance d'en avoir...
Accompagnée de Booth, Brennan se rend aux funérailles de Todd Mirga, milliardaire et donateur pour les recherches de l'anthropologue. Quelle n'est pas leur surprise de voir apparaître le défunt à sa propre cérémonie ! L'équipe de l'institut doit donc identifier les cendres du corps incinéré, lesquelles contiennent les restes de 3 personnes différentes...
En s'évadant à travers un parc national, un prisonnier tombe sur un corps, caché dans une souche d'arbre. L'institut découvre qu'il s'agissait d'une jeune femme, atteinte d'un lupus et travaillant dans un dispensaire fournissant du cannabis à usage médical. Cette affaire touche de près Wendell Bray, de retour à l'institut après sa chimiothérapie et lui-même usager du cannabis thérapeutique...
L'institut Jefferson peine à identifier la date exacte de la mort d'une femme, découverte dans un marais. Et pour cause, la victime a été cryogénisée, conduisant Booth et Brennan à enquêter dans cet univers particulier. Par ailleurs, Camille s'apprête à rencontrer les parents d'Arastoo et Booth s'attend à une éventuelle promotion...
Le corps de Stephanie McNamara, découvert en forêt, porte les mêmes blessures que les victimes attribuées par Bones à la « tueuse fantôme ». L'enquête détermine que Stephanie a été violentée par son père lorsqu'elle était enfant et qu'elle est liée à chacune des victimes de la tueuse...
Le FBI et l'institut Jefferson enquêtent sur la mort d'un entraîneur de natation qui menait une double vie en tant que drag queen. Trop occupé par ses entretiens à venir, Booth délègue cette affaire à Sweets, dont Bones apprécie le côté méticuleux. En revanche, l'anthropologue reproche à sa nouvelle stagiaire, pourtant surdouée, de trop fonctionner à l'instinct...
Booth a été grièvement blessé par balle. Deux jours plus tôt, il était contacté par un homme à propos d'un complot au sein du FBI en relation avec l'affaire McNamara. Lorsque l'homme est retrouvé mort, brûlé dans sa caravane, les membres de l'institut doivent résoudre le crime et trouver les preuves d'une conspiration. Booth, lui, doit faire cavalier seul au sein du FBI juste avant son audition pour le poste de directeur des forces de l'ordre à Berlin...
Accusé d'avoir tué trois agents du FBI, Booth est en prison, confronté à ses nombreux ennemis. Bones parvient à le faire sortir trois mois plus tard en faisant chanter le procureur. En secret du FBI, l'institut Jefferson parvient à faire exhumer le corps d'un acteur clé de la conspiration au sein du FBI pour prouver qu'il a été assassiné, tandis que Booth reprend l'enquête, décidé à se venger...
Sweet a été assassiné dans le cadre de l'enquête sur la conspiration au sein du FBI. Booth, l'agent James Aubrey et toute l'équipe de l'institut, bien que très affectés par le décès de leur ami, poursuivent les investigations et découvrent que cette conspiration est liée aux dossiers secrets de J. Edgar Hoover…
Alors qu'elle passe quelques jours de vacances chez sa mère, en Charente-Maritime, Emma Thélier, capitaine de police, découvre le cadavre d'un homme au détour de son jogging en forêt. D'après ses premières constatations, il aurait été assassiné par balle. Elle se voit confier l'enquête avec le commandant de la gendarmerie Adrien Klévec, fraîchement muté, avec qui elle a eu une aventure sans lendemain la nuit précédant les faits…