Lors d'une séance d'entraînement, des policiers trouvent le corps d'un petit escroc en faisant exploser un laboratoire clandestin. L'investigation du FBI et de l'Institut Jefferson se complique lorsque l'identification de la victime révèle un second meurtre, lié au premier. Durant l'enquête, le frère cadet de Booth, Jared, lieutenant dans la Navy, est de passage à Washington...
Booth et Brennan s'envolent pour la Chine aider le gouvernement à identifier des ossements anciens. Mais en cours de vol, un homicide a été commis. Une fois la liaison établie avec l'Institut Jefferson, les coéquipiers enquêtent avec les moyens du bord et doivent résoudre ce crime avant l'atterrissage de l'avion et la perte de leur juridiction...
Booth recherche le meurtrier d'un jeune homme dont le cadavre, démembré, est incomplet : la tête manque à l'appel. La victime, auteure de science-fiction, souffrait de troubles du comportement et suivait une thérapie. Avec l'expertise du docteur Sweets, le profil du suspect s'affine, mais Bones et son équipe peinent à trouver le dernier élément du puzzle humain… jusqu'à ce que Zack leur vienne en aide...
Jeanne est médecin généraliste et partage sa vie depuis quelques années avec Clément Girard, 47 ans, courtier en assurances. Ce jour-là, à son cabinet, elle reçoit la visite d'une nouvelle patiente, Chloé Lapeyre. Celle-ci arrive en larmes et demande un arrêt de travail en expliquant qu'elle est victime de harcèlement sexuel au travail… La vie de Jeanne bascule quand elle comprend que le harceleur n'est autre que l'homme avec qui elle vit depuis 8 ans.
Alors que Marjorie, heureuse et enceinte, aborde une nouvelle page de sa vie, son quotidien va soudainement basculer dans l'horreur : son compagnon, prof de sport au lycée, vient d'être arrêté pour détournement de mineure. Pour Marjorie, c'est le choc et l'incrédulité…
Victor, père de famille, est confronté à une terrible situation sous son propre toit : du jour au lendemain, sa femme Stella et son fils Adam se mettent à lui mentir effrontément. Ils affirment que le bras cassé d'Adam est dû à une vilaine chute en VTT, puis à une bagarre au lycée, puis à une agression dans le voisinage… Pourquoi tous ces mensonges successifs autour d'un bras cassé ?
Quand son amie Rosemary décède soudainement à l'hôpital, Allison accuse un éminent médecin d'avoir commis une faute intentionnelle. Chez les Dubois, Bridgette écrit une histoire très proche de l'expérience que vit son père, en concurrence avec un certain Willem pour un entretien d'embauche...
Allison voit des symboles partout et ne sait comment les interpréter : est-ce la conséquence de sa récente opération du cerveau, ou du serial killer qui sévit soudainement à Phoenix ? De son côté, Joe est mitigé quant à son nouvel emploi...
Dans son quartier, Allison retrouve un bébé enlevé par sa nourrice. En le rendant à sa famille, la médium ressent que le bébé n'est pas en sécurité chez lui. Tandis que Joe s'inquiète du comportement possessif d'Allison envers l'enfant, Marie se découvre un incroyable don musical...
À force de rêver du film culte des morts-vivants, dans lequel toute sa famille est mise en scène, Allison se réveille avec des morsures sur le corps. Désormais, elle craint les phases de sommeil dont les cauchemars sont liés au meurtre d'un directeur de funérarium...
Depuis l'accident d'Ariel, Allison roule en voiture de location et capte les conversations des gens via le poste radio. Elle entend notamment l'échange entre un braqueur et sa victime, sur qui le premier a fixé une ceinture d'explosifs pour l'envoyer dévaliser une banque...
Booth et l'équipe de l'Institut Jefferson doivent résoudre le meurtre d'un critique œnologique. Durant l'enquête, Brennan décide de concevoir un enfant et suggère à Booth d'en être le père biologique. Bouleversé par cette demande, Booth est victime d'hallucinations mettant alors en évidence un grave souci de santé...
Toujours plongé dans le coma, le subconscient de Booth lui fait entrevoir la vie dont il rêvait dans les bras de Brennan : tous deux gèrent en couple une boîte de nuit, où travaille l'équipe de l'Institut Jefferson. Jared et Camilla enquêtent sur un meurtre commis dans le club, menacé de fermeture et défendu par maître Caroline Julian...
La voyante d'Angela indique à Bones un charnier situé sous une fontaine publique. Remis de son opération, Booth est de retour au FBI et participe à l'enquête qui révèle les agissements d'une secte. Cependant, le coma a bouleversé l'agent qui souhaite éclaircir ses sentiments amoureux envers Bones…
Le coursier d'un diamantaire russe est assassiné et sa précieuse mallette dérobée par un agent de la CIA, lui-même exécuté peu de temps après. Booth doit retrouver le meurtrier et le mystérieux contenu avant que la CIA, impliquée dans l'affaire, ne confisque les preuves à l'Institut Jefferson. En parallèle, la publication du nouveau livre de Brennan cause quelques tensions avec Booth.
Booth et Brennan cherchent la cause du décès d'un adolescent, membre de la communauté Amish. Parti à la découverte du monde moderne, le jeune homme avait un don pour le piano qui aurait pu causer sa perte. Pendant ce temps, Camilla veut aider Michelle, sous sa tutelle, à rester dans le droit chemin.
Le corps d'un voisin est retrouvé dans le four hawaïen autour duquel se réunissent tous les ans les familles d'un quartier chic de banlieue. Pendant que Booth et l'équipe de l'institut Jefferson recherchent le meurtrier, Parker Booth cherche une fiancée pour son père.
Brennan et Booth enquêtent sur un mystérieux cadavre qui se révèle être une momie égyptienne autrefois prêtée à l'Institut Jefferson. Le mystère redouble lorsque le conservateur de l'institut trouve la mort en préparant l'antique défunt pour une exposition...
Les restes d'un fermier, gérant d'un élevage de poulets élevés en batterie, sont retrouvés dans le lit d'une rivière. L'homme était sur le point d'hériter de l'entreprise et comptait de nombreux ennemis. Pendant ce temps, Angela fête ses six mois de célibat d'une façon étonnante.
Booth et Brennan enquêtent sur la mort d'un homme de petite taille, véritable star du catch. Suite à son intervention chirurgicale, Booth passe un test de tir. Il réalise alors qu'il n'est plus un aussi bon tireur d'élite qu'avant et va consulter son ami, le docteur Gordon Wyatt.
Lors d'une visite, un agent immobilier découvre un cadavre consumé dans une maison à vendre. Au cours de l'enquête, l'équipe de l'Institut Jefferson met en évidence deux corps à identifier. Par ailleurs, Booth accueille son grand-père Hank qui l'accompagne tout au long de l'investigation.
À travers ce documentaire, Emmanuelle Béart souhaite lever le voile sur l’inceste. En sortant du silence, l’actrice, accompagnée d’Anastasia Mikova, réalisatrice, confronte sa réalité à celle des autres. Victime d’inceste dans sa jeunesse, son objectif est de faire un film sur les ravages de l’inceste au fil du temps, et de mettre des mots sur le combat des victimes, face à leur entourage, face à la justice, face au mutisme de la société, pour avancer et pouvoir se reconstruire.
À travers ce documentaire, Emmanuelle Béart souhaite lever le voile sur l’inceste. En sortant du silence, l’actrice, accompagnée d’Anastasia Mikova, réalisatrice, confronte sa réalité à celle des autres. Victime d’inceste dans sa jeunesse, son objectif est de faire un film sur les ravages de l’inceste au fil du temps, et de mettre des mots sur le combat des victimes, face à leur entourage, face à la justice, face au mutisme de la société, pour avancer et pouvoir se reconstruire.