Le 11 octobre 2015, sur l’île d’Oléron, Lysiane Fraigne disparaît mystérieusement. Cette séduisante et dynamique femme de 54 ans est une figure locale. Pendant de nombreuses années, elle a tenu un restaurant avec son ex-mari, avant de tout plaquer pour une vie sentimentale et professionnelle beaucoup moins rangée. Lysiane Fraigne n’avait aucune raison de se suicider ou d’abandonner sa famille : son nouveau travail, boulangère sur les marchés, lui permet de vivre correctement, de faire des rencontres et surtout, elle allait bientôt devenir grand-mère ! Le jour de sa disparition, son patron, inquiet de ne pas la voir, se rend à son domicile. Chose étrange : la maison est ouverte, tout semble parfaitement en ordre ; sa voiture est garée devant, comme si de rien n’était. Serait-il arrivé quelque chose à la pétillante quinquagénaire ? Un appel à témoins est lancé. Des dizaines de gendarmes passent les alentours au peigne fin. Mais rien n’y fait : Lysiane est introuvable. Pour les enquêteurs, il y a un témoin privilégié qui peut peut-être leur apporter une réponse : son nouveau compagnon, Guilain Fricot, un bouquiniste de 63 ans. Auditionné, il semble découvrir sa disparition. Seulement, à peine sorti de la gendarmerie, il coupe son téléphone, prend la fuite et se débarrasse de son fourgon dans un garage de la région. Tandis que le bouquiniste est activement recherché, les enquêteurs découvrent chez lui la présence de traces de sang appartenant à Lysiane sur un jean et sur des cordelettes. Il aurait également acheté de la chaux et du ciment la veille de la disparition de la boulangère. Guilain Fricot sera finalement interpellé en région parisienne ; il se cachait dans un camp de gens du voyage. Pour la justice, s’il a tué Lysiane Fraigne, dont le corps n’a jamais été retrouvé, c’est parce qu’elle voulait quitter cet homme jaloux et possessif. Il a été condamné à 30 ans de réclusion criminelle en octobre 2018 par la cour d’assises de Charente-Maritime.
Le 27 février 2015, Maureen Jacquier, 19 ans, est découverte lardée de 62 coups de couteau dans son appartement de Toulouse (Haute-Garonne). Quelques mois plus tôt, la jeune mécanicienne aéronautique avait été embauchée sur le site d’Airbus, et pour elle, se faire une place dans ce milieu presque exclusivement masculin était l’aboutissement d'un rêve ! Mais cela a peut-être aussi causé sa perte car c’est sur son lieu de travail qu’elle aurait croisé son meurtrier…
Lorsque Sébastien Megraud disparaît en mai 2013, son ex-femme Vanessa, dont il était encore très proche, a tout de suite compris que c’était grave. Jamais ce père de famille n’aurait abandonné ses deux filles Emma et Marine , alors âgées d’une dizaine d’années. La dernière fois qu’il a été vu, c’était au casino de Salies-du-Salat, un village à 1 heure au sud de Toulouse (Haute-Garonne). L’homme s’y était rendu avec un ami, dans la voiture de celui-ci. Problème, l’ami en question va donner deux versions différentes de la fin de la soirée : d’abord, il affirme l’avoir raccompagné avant de déclarer que Sébastien est en fait rentré à pied… Pourquoi s’est-il ravisé ? Tout aussi étrange : le lendemain de la disparition de son ex-mari, Vanessa pense avoir croisé Sébastien assis sur le siège passager d’une voiture, le crâne rasé. Les bandes de vidéosurveillances du casino vont confirmer que le disparu s’est bien rasé le crâne. Pour quelle raison ? S’est-il passé quelque chose pendant la soirée qui pourrait l’expliquer ?
Lola est une jeune femme de 22 ans confrontée aux soupçons de violence conjugale pesant sur son père et qui ne se doute pas que la vérité est bien plus inavouable encore. Lorsqu'elle rentre en France après plusieurs années à l'étranger, elle a hâte de retrouver ses parents et son petit frère de 15 ans, Kevin. Mais un soir, alors que Lola est absente, la famille semble avoir été victime d'un cambriolage qui a mal tourné : Marie, la mère, aurait été violemment bousculée par les intrus avant d'être transportée d'urgence à l'hôpital...
Ana s'apprête à se marier avec son compagnon Luc et s'installe dans le grand appartement de son fiancé, qui va rapidement devenir son pire cauchemar… Luc commence à avoir un comportement étrange, Ana est filmée dans son sommeil par un intrus… Des images qui la glacent… Et d'où sortent ces objets inquiétants qui apparaissent soudainement sur les meubles de la chambre ?
À son retour de vacances, Marie-France, 48 ans, a décidé de passer quelques jours chez son fils Antoine, 26 ans, sa belle-fille Léna et son petit-fils de deux ans Léon. Sa déception est grande quand Marie-France apprend qu'elle ne pourra voir ni Léon ni Léna parce qu'ils sont « restés en week-end ». Mais tout s'écroule quand Marie-France comprend qu'Antoine lui a menti et qu'en réalité Léon et Léna ont disparu…
Après le décès d'une proche de Devalos, une adolescente exécutée par son amant, Allison remarque le comportement curieux de sa fille aînée. La médium soupçonne que l'esprit vengeur de la jeune femme ait investi le corps d'Ariel…
Quand son amie Rosemary décède soudainement à l'hôpital, Allison accuse un éminent médecin d'avoir commis une faute intentionnelle. Chez les Dubois, Bridgette écrit une histoire très proche de l'expérience que vit son père, en concurrence avec un certain Willem pour un entretien d'embauche...
Allison voit des symboles partout et ne sait comment les interpréter : est-ce la conséquence de sa récente opération du cerveau, ou du serial killer qui sévit soudainement à Phoenix ? De son côté, Joe est mitigé quant à son nouvel emploi...
Dans son quartier, Allison retrouve un bébé enlevé par sa nourrice. En le rendant à sa famille, la médium ressent que le bébé n'est pas en sécurité chez lui. Tandis que Joe s'inquiète du comportement possessif d'Allison envers l'enfant, Marie se découvre un incroyable don musical...
À force de rêver du film culte des morts-vivants, dans lequel toute sa famille est mise en scène, Allison se réveille avec des morsures sur le corps. Désormais, elle craint les phases de sommeil dont les cauchemars sont liés au meurtre d'un directeur de funérarium...
Ken, de la police de Tokyo, demande un service à son ami Booth : retrouver sa sœur Sachi, partie à New York et dont il est sans nouvelle depuis peu. Après avoir découvert la dépouille de la jeune femme, curieusement assassinée, Booth et Brennan mènent l'enquête avec leurs homologues japonais venus spécialement les rejoindre, Ken et le docteur Tanaka...
Suite au meurtre d'un étudiant, membre actif d'une fraternité, Booth et Brennan interrogent élèves et professeurs du campus. De son côté, Booth s'entête à trouver un nouvel emploi à son frère Jared qui préfère partir vivre en Inde...
Booth et l'équipe de l'Institut Jefferson doivent résoudre le meurtre d'un critique œnologique. Durant l'enquête, Brennan décide de concevoir un enfant et suggère à Booth d'en être le père biologique. Bouleversé par cette demande, Booth est victime d'hallucinations mettant alors en évidence un grave souci de santé...
Toujours plongé dans le coma, le subconscient de Booth lui fait entrevoir la vie dont il rêvait dans les bras de Brennan : tous deux gèrent en couple une boîte de nuit, où travaille l'équipe de l'Institut Jefferson. Jared et Camilla enquêtent sur un meurtre commis dans le club, menacé de fermeture et défendu par maître Caroline Julian...
La voyante d'Angela indique à Bones un charnier situé sous une fontaine publique. Remis de son opération, Booth est de retour au FBI et participe à l'enquête qui révèle les agissements d'une secte. Cependant, le coma a bouleversé l'agent qui souhaite éclaircir ses sentiments amoureux envers Bones…
Le coursier d'un diamantaire russe est assassiné et sa précieuse mallette dérobée par un agent de la CIA, lui-même exécuté peu de temps après. Booth doit retrouver le meurtrier et le mystérieux contenu avant que la CIA, impliquée dans l'affaire, ne confisque les preuves à l'Institut Jefferson. En parallèle, la publication du nouveau livre de Brennan cause quelques tensions avec Booth.
Booth et Brennan cherchent la cause du décès d'un adolescent, membre de la communauté Amish. Parti à la découverte du monde moderne, le jeune homme avait un don pour le piano qui aurait pu causer sa perte. Pendant ce temps, Camilla veut aider Michelle, sous sa tutelle, à rester dans le droit chemin.
Le corps d'un voisin est retrouvé dans le four hawaïen autour duquel se réunissent tous les ans les familles d'un quartier chic de banlieue. Pendant que Booth et l'équipe de l'institut Jefferson recherchent le meurtrier, Parker Booth cherche une fiancée pour son père.
Brennan et Booth enquêtent sur un mystérieux cadavre qui se révèle être une momie égyptienne autrefois prêtée à l'Institut Jefferson. Le mystère redouble lorsque le conservateur de l'institut trouve la mort en préparant l'antique défunt pour une exposition...
Les restes d'un fermier, gérant d'un élevage de poulets élevés en batterie, sont retrouvés dans le lit d'une rivière. L'homme était sur le point d'hériter de l'entreprise et comptait de nombreux ennemis. Pendant ce temps, Angela fête ses six mois de célibat d'une façon étonnante.
Dans la forêt de Brocéliande, un adolescent mutique est retrouvé à proximité d'un corps calciné, impossible à identifier. Marie Delorme et Éric Jourdain, un couple de gendarmes au bord de la rupture, sont en charge de l'enquête. En état de choc, le garçon de 13 ans est incapable de parler. Il dessine cependant. Ses dessins ressemblent aux légendes locales liées au mythe de Merlin l'Enchanteur. Le frère de Marie, pédopsychiatre aux méthodes originales, tente de faire parler l'enfant, persuadé qu'il a été témoin des faits.
Un corps est retrouvé dans un zodiac à la dérive entre le Fort Boyard et l'île d'Aix. Dépêchée sur place, Solène Brach, de la DPJ, demande à Vincent, maire de l'île, de l'assister, mais celui-ci se montre peu enclin à participer à l’enquête. La victime, José Chebec, un Aixois tout juste sorti de prison après avoir effectué vingt ans de réclusion, était devenu gardien du fort. Son complice, Michel, et lui, avaient braqué une bijouterie, faisant deux victimes. José a été condamné, tandis que Michel est resté introuvable...